Plant Circular RNA Database

Detail information of AT3G42050_circ_g.13

			
						 General Information
					
						CircRNA Name
						AT3G42050_circ_g.13
					
						ID in PlantcircBase
						ath_circ_025851
					
						Alias
						At_ciR2216
					
						Organism
						
							Arabidpsis thaliana						
					
						Position
						
							chr3: 14230899-14231665  JBrowse»						
					
						Reference genome
						
							TAIR10.38						
					
						Type  
						
							e-circRNA							
									
						Identification method
						find_circ
					
						Parent gene
						
							AT3G42050						
					
						Parent gene annotation
						
							V-type proton ATPase subunit H
							
						Parent gene strand
						-
					
						Alternative splicing
						
							3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 3_circ_igg.29 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						Support reads
						4
					
						Tissues
						leaf
					
						Exon boundary  
						
							Yes-Yes							"Exon boundary" shows whether the splicing sites are on the boundary of exons or not. For example, "Yes-No" represents the donor splicing site is on the exon boundary and the accepter is not on the exon boundary.

						Splicing signals  
						
							CT-AC							The splicing signals of the circRNA. For example, "AG-GT" represents that the donor and the accepter splicing signal is "AG" and "GT", respectively.

						Number of exons covered
						AT3G42050.1:4

General Information
CircRNA Name	AT3G42050_circ_g.13
ID in PlantcircBase	ath_circ_025851
Alias	At_ciR2216
Organism	Arabidpsis thaliana
Position	chr3: 14230899-14231665 JBrowse»
Reference genome	TAIR10.38
Type	e-circRNA
Identification method	find_circ
Parent gene	AT3G42050
Parent gene annotation	V-type proton ATPase subunit H
Parent gene strand	-
Alternative splicing	3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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AT3G41768_circ_g.843 3_circ_igg.844 3_circ_igg.845 3_circ_igg.846 3_circ_igg.847 3_circ_igg.848 3_circ_igg.849 3_circ_igg.850 3_circ_igg.851 3_circ_igg.852 AT3G41768_circ_g.853 3_circ_igg.854 3_circ_igg.855 3_circ_ag.856 3_circ_ag.857 3_circ_igg.858 3_circ_igg.859 AT3G41768_circ_g.860 3_circ_igg.861 3_circ_igg.862 3_circ_igg.863 3_circ_igg.864 3_circ_igg.865 3_circ_igg.866 3_circ_igg.867 3_circ_ag.868 3_circ_ag.869 3_circ_igg.870 AT3G06355_circ_g.1 AT3G06355_circ_g.2 3_circ_igg.3 3_circ_igg.4 3_circ_igg.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 3_circ_igg.10 3_circ_igg.11 3_circ_igg.12 3_circ_igg.13 3_circ_igg.14 AT3G41979_circ_g.1 AT3G41979_circ_g.2 AT3G41979_circ_g.3 3_circ_igg.4 3_circ_igg.5 AT3G41979_circ_g.6 3_circ_igg.7 AT3G41979_circ_g.8 3_circ_igg.9 AT3G41979_circ_g.10 AT3G41979_circ_g.11 3_circ_igg.12 AT3G41979_circ_g.13 AT3G41979_circ_g.14 AT3G41979_circ_g.15 AT3G41979_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_igg.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 3_circ_igg.29 AT3G41979_circ_g.30 3_circ_igg.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_igg.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_igg.39 AT3G41979_circ_g.40 3_circ_igg.41 3_circ_igg.42 3_circ_igg.43 3_circ_igg.44 3_circ_igg.45 3_circ_igg.46 3_circ_ig.47 3_circ_ig.48 3_circ_ig.49 3_circ_ig.50 3_circ_ig.51 3_circ_ig.52 3_circ_ig.53 3_circ_ig.54 3_circ_ig.55 3_circ_ig.56 3_circ_ig.57 3_circ_ig.58 3_circ_ig.59 3_circ_ig.60 3_circ_ig.61 3_circ_ig.62 3_circ_ig.63 3_circ_ig.64 3_circ_ig.65 3_circ_ig.66 3_circ_ig.67 3_circ_ig.68 3_circ_ig.69 3_circ_ig.70 3_circ_ig.71 3_circ_ig.72 3_circ_ig.73 3_circ_ig.74 3_circ_ig.75 3_circ_ig.76 3_circ_ig.77 3_circ_ig.78 3_circ_ig.79 3_circ_ig.80 3_circ_ig.81 3_circ_ig.82 3_circ_ig.83 3_circ_ig.84 3_circ_ig.85 3_circ_ig.86 3_circ_ig.87 3_circ_ig.88 3_circ_ig.89 3_circ_ig.90 3_circ_ig.91 3_circ_ig.92 3_circ_ig.93 3_circ_ig.94 3_circ_ig.95 3_circ_ig.96 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3_circ_ig.168 3_circ_ig.169 3_circ_ig.170 3_circ_ig.171 3_circ_ig.172 3_circ_ig.173 3_circ_ig.174 3_circ_ig.175 3_circ_ig.176 3_circ_ig.177 3_circ_ig.178 3_circ_ig.179 3_circ_ig.180 3_circ_ig.181 3_circ_ig.182 3_circ_ig.183 3_circ_ig.184 3_circ_ig.185 3_circ_ig.186 3_circ_ig.187 3_circ_ig.188 3_circ_ig.189 3_circ_ig.190 3_circ_ig.191 3_circ_ig.192 3_circ_ig.193 3_circ_ig.194 3_circ_ig.195 3_circ_ig.196 3_circ_ig.197 3_circ_ig.198 3_circ_ig.199 3_circ_ig.200 3_circ_ig.201 3_circ_ig.202 3_circ_ig.203 3_circ_ig.204 3_circ_ig.205 3_circ_ig.206 3_circ_ig.207 3_circ_ig.208 3_circ_ig.209 3_circ_ig.210 3_circ_ig.211 3_circ_ig.212 3_circ_ig.213 3_circ_ig.214 3_circ_ig.215 3_circ_ig.216 3_circ_ig.217 3_circ_ig.218 3_circ_ig.219 3_circ_ig.220 3_circ_ig.221 3_circ_ig.222 3_circ_ig.223 3_circ_ig.224 3_circ_ig.225 3_circ_ig.226 3_circ_ig.227 3_circ_ig.228 3_circ_ig.229 3_circ_ig.230 3_circ_ig.231 3_circ_ig.232 3_circ_ig.233 3_circ_ig.234 3_circ_ig.235 3_circ_ig.236 3_circ_ig.237 3_circ_ig.238 3_circ_ig.239 3_circ_ig.240 3_circ_ig.241 3_circ_ig.242 3_circ_ig.243 3_circ_ig.244 3_circ_ig.245 3_circ_ig.246 3_circ_ig.247 3_circ_ig.248 3_circ_ig.249 3_circ_ig.250 3_circ_ig.251 3_circ_ig.252 3_circ_ig.253 3_circ_ig.254 3_circ_ig.255 3_circ_ig.256 3_circ_ig.257 3_circ_ig.258 3_circ_ig.259 3_circ_ig.260 3_circ_ig.261 3_circ_ig.262 3_circ_ig.263 3_circ_ig.264 3_circ_ig.265 3_circ_ig.266 3_circ_ig.267 3_circ_ig.268 3_circ_ig.269 3_circ_ig.270 3_circ_ig.271 3_circ_ig.272 3_circ_ig.273 3_circ_ig.274 3_circ_ig.275 3_circ_ig.276 3_circ_ig.277 3_circ_ig.278 3_circ_ig.279 3_circ_ig.280 3_circ_ig.281 3_circ_ig.282 3_circ_ig.283 3_circ_ig.284 3_circ_ig.285 3_circ_ig.286 3_circ_ig.287 3_circ_ig.288 3_circ_ig.289 3_circ_ig.290 3_circ_ig.291 3_circ_ig.292 3_circ_ig.293 3_circ_ig.294 3_circ_ig.295 3_circ_ig.296 3_circ_ig.297 3_circ_ig.298 3_circ_ig.299 3_circ_ig.300 3_circ_ig.301 3_circ_ig.302 3_circ_ig.303 3_circ_ig.304 3_circ_ig.305 3_circ_ig.306 3_circ_ig.307 3_circ_ig.308 3_circ_ig.309 3_circ_ig.310 3_circ_ig.311 3_circ_ig.312 3_circ_ig.313 3_circ_ig.314 3_circ_ig.315 3_circ_ig.316 3_circ_ig.317 3_circ_ig.318 3_circ_ig.319 3_circ_ig.320 3_circ_ig.321 3_circ_ig.322 3_circ_ig.323 3_circ_ig.324 3_circ_ig.325 3_circ_ig.326 3_circ_ig.327 3_circ_ig.328 3_circ_ig.329 3_circ_ig.330 3_circ_ig.331 3_circ_ig.332 3_circ_ig.333 3_circ_ig.334 3_circ_ig.335 3_circ_ig.336 3_circ_ig.337 3_circ_ig.338 3_circ_ig.339 3_circ_ig.340 3_circ_ig.341 3_circ_ig.342 3_circ_ig.343 3_circ_ig.344 3_circ_ig.345 3_circ_ig.346 3_circ_ig.347 3_circ_ig.348 3_circ_ig.349 3_circ_ig.350 3_circ_ig.351 3_circ_ig.352 3_circ_ig.353 3_circ_ig.354 3_circ_ig.355 3_circ_ig.356 3_circ_ig.357 3_circ_ig.358 3_circ_ig.359 3_circ_ig.360 3_circ_ig.361 3_circ_ig.362 3_circ_ig.363 3_circ_ig.364 3_circ_ig.365 3_circ_ig.366 3_circ_ig.367 3_circ_ig.368 3_circ_ig.369 3_circ_ig.370 3_circ_ig.371 3_circ_ig.372 3_circ_ig.373 3_circ_ig.374 3_circ_ig.375 3_circ_ig.376 3_circ_ig.377 3_circ_ig.378 3_circ_ig.379 3_circ_ig.380 3_circ_ig.381 3_circ_ig.382 3_circ_ig.383 3_circ_ig.384 3_circ_ig.385 3_circ_ig.386 3_circ_ig.387 3_circ_ig.388 3_circ_ig.389 3_circ_ig.390 3_circ_ig.391 3_circ_ig.392 3_circ_ig.393 3_circ_ig.394 3_circ_ig.395 3_circ_ig.396 3_circ_ig.397 3_circ_ig.398 3_circ_ig.399 3_circ_ig.400 3_circ_ig.401 3_circ_ig.402 3_circ_ig.403 AT3G42050_circ_g.1 AT3G42050_circ_g.2 AT3G42050_circ_g.3 AT3G42050_circ_g.4 AT3G42050_circ_g.5 AT3G42050_circ_g.6 AT3G42050_circ_g.7 AT3G42050_circ_g.8 AT3G42050_circ_g.9 AT3G42050_circ_g.10 AT3G42050_circ_g.11 AT3G42050_circ_g.12 AT3G42050_circ_g.14 AT3G42050_circ_g.15 AT3G42050_circ_g.16 AT3G42050_circ_g.17 AT3G42050_circ_g.18 AT3G42050_circ_g.19
Support reads	4
Tissues	leaf
Exon boundary	Yes-Yes "Exon boundary" shows whether the splicing sites are on the boundary of exons or not. For example, "Yes-No" represents the donor splicing site is on the exon boundary and the accepter is not on the exon boundary.
Splicing signals	CT-AC The splicing signals of the circRNA. For example, "AG-GT" represents that the donor and the accepter splicing signal is "AG" and "GT", respectively.
Number of exons covered	AT3G42050.1:4

			
						 Experimental Information
					
						Sanger sequencing for BSS  
						
							NA							Sanger sequencing for back-splicing site (BSS) validation. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the back-splicing site, "No" represents the opposite, "NA" represents "not available".

						PCR primers for BSS   
						
							NA							PCR primers used in back-splicing site (BSS) validation.

						Sanger sequencing for FL   
						
							NA							Sanger sequencing for full-length (FL) sequence validation of circRNAs. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the full-length of circRNA, "No" represents the opposite.

						PCR primers for FL   
						
							NA							 PCR primers used in full-length (FL) sequence validation.

Experimental Information
Sanger sequencing for BSS	NA Sanger sequencing for back-splicing site (BSS) validation. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the back-splicing site, "No" represents the opposite, "NA" represents "not available".
PCR primers for BSS	NA PCR primers used in back-splicing site (BSS) validation.
Sanger sequencing for FL	NA Sanger sequencing for full-length (FL) sequence validation of circRNAs. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the full-length of circRNA, "No" represents the opposite.
PCR primers for FL	NA PCR primers used in full-length (FL) sequence validation.

			
						 Sequences
					
						Splice junction sequence  
						
							AGAGCATTTCATAAATCAAAGCCAAAACATATTCGACAGTTTCTTCCTTGAATATATCACGTAA
GATGCTAACAAAGAGATGAACATAAGCTGGACCATCctgagcacaaagccattccaccaacccc
ttgagaacatcatcaattccattaccaataacagcattaccagcttttggcctagcactatgtt
gagagaag

						Assembled circRNA sequence  
						
							NA
The sequence of a circRNA based on assembly using circseq-cup (Ye et al., 2016) or CIRI-full (Zheng and Zhao, 2018) or CIRCexplorer2 (Zhang et al., 2016).

						Full-length trsnacripts
						
							NA						
					
						Genomic sequence
						
							CTGAGCACAAAGCCATTCCACCAACCCCTTGAGAACATCATCAATTCCATTACCAATAACAGCA
TTACCAGCTTTTGGCCTAGCACTATGTTGAGAGAAGACAAAACCCACCAAGTAAATGAGGCTGT
ATGTTACAGTCATGTTTAATAAAAGTACGATAAGCGGTTTTGAATACCTTATTATCCAGGCAAG
GATCTTACAGCTTTTTTCTTGAATGAACCAATTTCCCTTCCAAAGCAACCTGAAAGAGGACACA
TCTTTTAGATGGCATGATCTTTTGAAGCTAAGCAATTAAGCAGCCAAAATCAAGCACAAATGTA
GCTGAAAGCAGTTTCCATCAATGGCATTTAACATATGTTTCCCGTTTGTCAGGAAGATTGTAGT
TAAAATAATAAACTGACAAGGGCCAGCAGAAACAACAGTTCGACCCAATAACCAATTCTGTCCT
ATAAAAAAAAACTTGCCTGTACCAAATAACAATTGTAAAACTTTTGCATAGGGACTCACCTCAA
GAAAGGCTCATAAGTATCCTCATTTGCCAAAGATTCATCATGGAATAATCGAGCTCGTGTTGGG
TTTGCTGGAAACATTTGATACATTAATATTAGTCAGTAACTAAAATGAAGAAAAGGTAAAATGC
AAAAATATTTAAATTTTCATTTACCTGAGAGCATTTCATAAATCAAAGCCAAAACATATTCGAC
AGTTTCTTCCTTGAATATATCACGTAAGATGCTAACAAAGAGATGAACATAAGCTGGACCATC

Sequences
Splice junction sequence	AGAGCATTTCATAAATCAAAGCCAAAACATATTCGACAGTTTCTTCCTTGAATATATCACGTAA GATGCTAACAAAGAGATGAACATAAGCTGGACCATCctgagcacaaagccattccaccaacccc ttgagaacatcatcaattccattaccaataacagcattaccagcttttggcctagcactatgtt gagagaag
Assembled circRNA sequence	NA The sequence of a circRNA based on assembly using circseq-cup (Ye et al., 2016) or CIRI-full (Zheng and Zhao, 2018) or CIRCexplorer2 (Zhang et al., 2016).
Full-length trsnacripts	NA
Genomic sequence	CTGAGCACAAAGCCATTCCACCAACCCCTTGAGAACATCATCAATTCCATTACCAATAACAGCA TTACCAGCTTTTGGCCTAGCACTATGTTGAGAGAAGACAAAACCCACCAAGTAAATGAGGCTGT ATGTTACAGTCATGTTTAATAAAAGTACGATAAGCGGTTTTGAATACCTTATTATCCAGGCAAG GATCTTACAGCTTTTTTCTTGAATGAACCAATTTCCCTTCCAAAGCAACCTGAAAGAGGACACA TCTTTTAGATGGCATGATCTTTTGAAGCTAAGCAATTAAGCAGCCAAAATCAAGCACAAATGTA GCTGAAAGCAGTTTCCATCAATGGCATTTAACATATGTTTCCCGTTTGTCAGGAAGATTGTAGT TAAAATAATAAACTGACAAGGGCCAGCAGAAACAACAGTTCGACCCAATAACCAATTCTGTCCT ATAAAAAAAAACTTGCCTGTACCAAATAACAATTGTAAAACTTTTGCATAGGGACTCACCTCAA GAAAGGCTCATAAGTATCCTCATTTGCCAAAGATTCATCATGGAATAATCGAGCTCGTGTTGGG TTTGCTGGAAACATTTGATACATTAATATTAGTCAGTAACTAAAATGAAGAAAAGGTAAAATGC AAAAATATTTAAATTTTCATTTACCTGAGAGCATTTCATAAATCAAAGCCAAAACATATTCGAC AGTTTCTTCCTTGAATATATCACGTAAGATGCTAACAAAGAGATGAACATAAGCTGGACCATC

			
						 Conservation Information
					
						Conserved circRNAs
						
							NA						
					
						PMCS
						0.162806826

Conservation Information
Conserved circRNAs	NA
PMCS	0.162806826

			
						 Functional Information
					
						Coding potential
						Y
					
						Potential coding position
						
							14231573-14230901(-)
						
						Potential amino acid sequence
						
							MLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGI
DDVLKGLVEWLCAQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEYVLALIYEMLSANPTRARLFHDESLAN
EDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQDGPAY
VHLFVSILRDIFKEETVEYVLALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQ
EKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEY
VLALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGN
AVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQ(-)
						
						Sponge-miRNAs
						
							NA						
					
						circRNA-miRNA-mRNA network
						 VISUALIZATION
					
						Potential function description
						NA

Functional Information
Coding potential	Y
Potential coding position	14231573-14230901(-)
Potential amino acid sequence	MLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGI DDVLKGLVEWLCAQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEYVLALIYEMLSANPTRARLFHDESLAN EDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQDGPAY VHLFVSILRDIFKEETVEYVLALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQ EKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEY VLALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGN AVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQ(-)
Sponge-miRNAs	NA
circRNA-miRNA-mRNA network	VISUALIZATION
Potential function description	NA

			
						 Other Information
					
						References
						Ye et al., 2015

circRNA

Detail information of AT3G42050_circ_g.13

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