circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of AT3G41768_circ_g.71


General Information
CircRNA Name AT3G41768_circ_g.71
ID in PlantcircBase ath_circ_024622
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14197812-14197956  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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Support reads 161
Tissues seed
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTCGACGGATCG
CATGGCCTtactcggataaccgtagtaattctagagctaatacgtgcaacaaaccccgacttat
ggaagggacgcatttat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TACTCGGATAACCGTAGTAATTCTAGAGCTAATACGTGCAACAAACCCCGACTTATGGAAGGGA
CGCATTTATTAGATAAAAGGTCGACGCGGGCTCTGCCCGTTGCTCTGATGATTCATGATAACTC
GACGGATCGCATGGCCT
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_038334 osa_circ_038196 osa_circ_038376 osa_circ_038375
osa_circ_038335 osa_circ_038298 osa_circ_038256 osa_circ_038255
osa_circ_038198 osa_circ_038197 osa_circ_038333
PMCS 1.039240046
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017
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