circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of 3_circ_igg.238


General Information
CircRNA Name 3_circ_igg.238
ID in PlantcircBase ath_circ_024789
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14198490-14200169  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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3_circ_ig.239 3_circ_ig.240 3_circ_ig.241 3_circ_ig.242 3_circ_ig.243 3_circ_ig.244 3_circ_ig.245 3_circ_ig.246 3_circ_ig.247 3_circ_ig.248 3_circ_ig.249 3_circ_ig.250 3_circ_ig.251 3_circ_ig.252 3_circ_ig.253 3_circ_ig.254 3_circ_ig.255 3_circ_ig.256 3_circ_ig.257 3_circ_ig.258 3_circ_ig.259 3_circ_ig.260 3_circ_ig.261 3_circ_ig.262 3_circ_ig.263 3_circ_ig.264 3_circ_ig.265 3_circ_ig.266 3_circ_ig.267 3_circ_ig.268 3_circ_ig.269 3_circ_ig.270 3_circ_ig.271 3_circ_ig.272 3_circ_ig.273 3_circ_ig.274 3_circ_ig.275 3_circ_ig.276 3_circ_ig.277 3_circ_ig.278 3_circ_ig.279 3_circ_ig.280 3_circ_ig.281 3_circ_ig.282 3_circ_ig.283 3_circ_ig.284 3_circ_ig.285 3_circ_ig.286 3_circ_ig.287 3_circ_ig.288 3_circ_ig.289 3_circ_ig.290 3_circ_ig.291 3_circ_ig.292 3_circ_ig.293 3_circ_ig.294 3_circ_ig.295 3_circ_ig.296 3_circ_ig.297 3_circ_ig.298 3_circ_ig.299 3_circ_ig.300 3_circ_ig.301 3_circ_ig.302 3_circ_ig.303 3_circ_ig.304 3_circ_ig.305 3_circ_ig.306 3_circ_ig.307 3_circ_ig.308 3_circ_ig.309 3_circ_ig.310 3_circ_ig.311 3_circ_ig.312 3_circ_ig.313 3_circ_ig.314 3_circ_ig.315 3_circ_ig.316 3_circ_ig.317 3_circ_ig.318 3_circ_ig.319 3_circ_ig.320 3_circ_ig.321 3_circ_ig.322 3_circ_ig.323 3_circ_ig.324 3_circ_ig.325 3_circ_ig.326 3_circ_ig.327 3_circ_ig.328 3_circ_ig.329 3_circ_ig.330 3_circ_ig.331 3_circ_ig.332 3_circ_ig.333 3_circ_ig.334 3_circ_ig.335 3_circ_ig.336 3_circ_ig.337 3_circ_ig.338 3_circ_ig.339 3_circ_ig.340 3_circ_ig.341 3_circ_ig.342 3_circ_ig.343 3_circ_ig.344 3_circ_ig.345 3_circ_ig.346 3_circ_ig.347 3_circ_ig.348 3_circ_ig.349 3_circ_ig.350 3_circ_ig.351 3_circ_ig.352 3_circ_ig.353 3_circ_ig.354 3_circ_ig.355 3_circ_ig.356 3_circ_ig.357 3_circ_ig.358 3_circ_ig.359 3_circ_ig.360 3_circ_ig.361 3_circ_ig.362 3_circ_ig.363 3_circ_ig.364 3_circ_ig.365 3_circ_ig.366 3_circ_ig.367 3_circ_ig.368 3_circ_ig.369 3_circ_ig.370 3_circ_ig.371 3_circ_ig.372 3_circ_ig.373 3_circ_ig.374 3_circ_ig.375 3_circ_ig.376 3_circ_ig.377 3_circ_ig.378 3_circ_ig.379 3_circ_ig.380 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Support reads 16
Tissues seed
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGTCCGAAAGCTGTAGATGACCCAAAGTCCATATAGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGC
TGAGTTTAAGCATATCAATAAGCGGAGGAAAAGAAAatcataggatttcgatcctattgtgttg
gccttcgggatcggagtaatgattaacagggacagtcgggggcattcgtatttcatagtcagag
gtgaaatt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATCATAGGATTTCGATCCTATTGTGTTGGCCTTCGGGATCGGAGTAATGATTAACAGGGACAGT
CGGGGGCATTCGTATTTCATAGTCAGAGGTGAAATTCTTGGATTTATGAAAGACGAACAACTGC
GAAAGCATTTGCCAAGGATGTTTTCATTAATCAAGAACGAAAGTTGGGGGCTCGAAGACGATCA
GATACCGTCCTAGTCTCAACCATAAACGATGCCGACCAGGGATCAGCGGATGTTGCTTATAGGA
CTCCGCTGGCACCTTATGAGAAATCAAAGTTTTTGGGTTCCGGGGGGAGTATGGTCGCAAGGCT
GAAACTTAAAGGAATTGACGGAAGGGCACCACCAGGAGTGGAGCCTGCGGCTTAATTTGACTCA
ACACGGGGAAACTTACCAGGTCCAGACATAGTAAGGATTGACAGACTGAGAGCTCTTTCTTGAT
TCTATGGGTGGTGGTGCATGGCCGTTCTTAGTTGGTGGAGCGATTTGTCTGGTTAATTCCGTTA
ACGAACGAGACCTCAGCCTGCTAACTAGCTACGTGGAGGCATCCCTTCACGGCCGGCTTCTTAG
AGGGACTATGGCCGTTTAGGCCAAGGAAGTTTGAGGCAATAACAGGTCTGTGATGCCCTTAGAT
GTTCTGGGCCGCACGCGCGCTACACTGATGTATTCAACGAGTTCACACCTTGGCCGACAGGCCC
GGGTAATCTTTGAAATTTCATCGTGATGGGGATAGATCATTGCAATTGTTGGTCTTCAACGAGG
AATTCCTAGTAAGCGCGAGTCATCAGCTCGCGTTGACTACGTCCCTGCCCTTTGTACACACCGC
CCGTCGCTCCTACCGATTGAATGATCCGGTGAAGTGTTCGGATCGCGGCGACGTGGGTGGTTCG
CCGCCCGCGACGTCGCGAGAAGTCCACTAAACCTTATCATTTAGAGGAAGGAGAAGTCGTAACA
AGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGTCGATACCTGTCCAAAACAGAACGACCCG
CGAACCAAAGATCACCACTCTCGGTGGGCCGGTTTCTTAGCCGATTCCTTGCCCGCCGGATCCG
TGGTTTCGCGTATCGGCATGATCGGGAGCTTTTATCTCGGTCTTGTCGTGCGCGTTGCTTCCGG
ATATCACAAAACCCCGGCACGAAAAGTGTCAAGGAACATGCAAACGAACGGCTGGCATTCGCCT
CCCCGGAGACGGAGTGTGGGCGGATGCTGTGCCGCGAACTGAAGTCTAAAACGACTCTCGGCAA
CGGATATCTCGGCTCTCGCATCGATGAAGAACGTAGCGAAATGCGATACTTGGTGTGAATTGCA
GAATCCCGTGAACCATCGAGTCTTTGAACGCAAGTTGCGCCCCAAGCCTTCTGGCCGAGGGCAC
GTCTGCCTGGGTGTCACAAATCGTCGTCCCTCACCATCCTTTGCTGATGCGGGACGGAAGCTGG
TCTCCCGTGTGTTACCGCACGCGGTTGGCCTAAATCCGAGCCAAGGACGCCTGGAGCGTACCGA
CATGCGGTGGTGAACTTGATCCATTACATTTTATCGGTCGCTCTTGTCCGAAAGCTGTAGATGA
CCCAAAGTCCATATAGCGACCCCAGGTCAGGCGGGATTACCCGCTGAGTTTAAGCATATCAATA
AGCGGAGGAAAAGAAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.647363714
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017
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