circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of 3_circ_ig.288


General Information
CircRNA Name 3_circ_ig.288
ID in PlantcircBase ath_circ_025723
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14201598-14201753  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI, circRNA_finder
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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Support reads 5
Tissues seed
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GCTTAAGCGCGAACTTCGAAAGGGGATCCGGTTAAAATTCCGGAACCGGGACGTGGCGGTTGAC
GGCAACGTTAGGGAaggggaaaggttccatgtgaacggcacttgcacatgggttagtcgatcct
aagagtcgggggaaacccgtctgatagc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AGGGGAAAGGTTCCATGTGAACGGCACTTGCACATGGGTTAGTCGATCCTAAGAGTCGGGGGAA
ACCCGTCTGATAGCGCTTAAGCGCGAACTTCGAAAGGGGATCCGGTTAAAATTCCGGAACCGGG
ACGTGGCGGTTGACGGCAACGTTAGGGA
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_038347 osa_circ_038311 osa_circ_038275 osa_circ_038217
PMCS 0.918931373
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017
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