circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of 3_circ_ig.313


General Information
CircRNA Name 3_circ_ig.313
ID in PlantcircBase ath_circ_025748
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14201683-14201921  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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Support reads 35
Tissues seed
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AACGGCTCAGCCGGAGGTAGGGTCCAGCGGCTGGAAGAGCACCGCACGTCGCGTGGTGTCCGGT
GCGCCCCCGGCGGCCCTTGAAAATCCGGAGGACCGAcgcgaacttcgaaaggggatccggttaa
aattccggaaccgggacgtggcggttgacggcaacgttagggagtccggagacgtcggcggggg
cctcggga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CGCGAACTTCGAAAGGGGATCCGGTTAAAATTCCGGAACCGGGACGTGGCGGTTGACGGCAACG
TTAGGGAGTCCGGAGACGTCGGCGGGGGCCTCGGGAAGAGTTATCTTTTCTGTTTAACAGCCTG
CCCACCCTGGAAACGGCTCAGCCGGAGGTAGGGTCCAGCGGCTGGAAGAGCACCGCACGTCGCG
TGGTGTCCGGTGCGCCCCCGGCGGCCCTTGAAAATCCGGAGGACCGA
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_038226 osa_circ_038354 osa_circ_038317 osa_circ_038282
osa_circ_038227 osa_circ_038355 osa_circ_038318 osa_circ_038225
PMCS 0.931606346
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017
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