circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of AT3G42050_circ_g.7


General Information
CircRNA Name AT3G42050_circ_g.7
ID in PlantcircBase ath_circ_025845
Alias At_ciR1640
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14229876-14230482  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   e-circRNA
Identification method CIRCexplorer, find_circ
Parent gene AT3G42050
Parent gene annotation V-type proton ATPase subunit H
Parent gene strand -
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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3_circ_ig.239 3_circ_ig.240 3_circ_ig.241 3_circ_ig.242 3_circ_ig.243 3_circ_ig.244 3_circ_ig.245 3_circ_ig.246 3_circ_ig.247 3_circ_ig.248 3_circ_ig.249 3_circ_ig.250 3_circ_ig.251 3_circ_ig.252 3_circ_ig.253 3_circ_ig.254 3_circ_ig.255 3_circ_ig.256 3_circ_ig.257 3_circ_ig.258 3_circ_ig.259 3_circ_ig.260 3_circ_ig.261 3_circ_ig.262 3_circ_ig.263 3_circ_ig.264 3_circ_ig.265 3_circ_ig.266 3_circ_ig.267 3_circ_ig.268 3_circ_ig.269 3_circ_ig.270 3_circ_ig.271 3_circ_ig.272 3_circ_ig.273 3_circ_ig.274 3_circ_ig.275 3_circ_ig.276 3_circ_ig.277 3_circ_ig.278 3_circ_ig.279 3_circ_ig.280 3_circ_ig.281 3_circ_ig.282 3_circ_ig.283 3_circ_ig.284 3_circ_ig.285 3_circ_ig.286 3_circ_ig.287 3_circ_ig.288 3_circ_ig.289 3_circ_ig.290 3_circ_ig.291 3_circ_ig.292 3_circ_ig.293 3_circ_ig.294 3_circ_ig.295 3_circ_ig.296 3_circ_ig.297 3_circ_ig.298 3_circ_ig.299 3_circ_ig.300 3_circ_ig.301 3_circ_ig.302 3_circ_ig.303 3_circ_ig.304 3_circ_ig.305 3_circ_ig.306 3_circ_ig.307 3_circ_ig.308 3_circ_ig.309 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Support reads 6/3
Tissues leaf/seedlings
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered AT3G42050.1:2
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCTGAACAAATGACGATCTGACAACAGGTTCCTTAAGCAGTGACGACAGGCAGCTGATTGCAAT
TGGAACACCACGAGTAGGATGAGAAGGTTGCTTCAActtttccttagtcgagtgcttaaccact
tccgtgagcctttgcattgtcctcgatgttgccaagtactctattgcaggttcataataggaca
gaagccag
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 288
Transcript exons: 14229876-14230001,14230321-14230482
CTTTTCCTTAGTCGAGTGCTTAACCACTTCCGTGAGCCTTTGCATTGTCCTCGATGTTGCCAAG
TACTCTATTGCAGGTTCATAATAGGACAGAAGCCAGATGCAGAGACATGTTTCATACAGAAGCT
GGATAGACTGCTGAGTGGATGCTGGGGAAATTAAAGGGACAAGTAACTTCACCCCATCTGCCTG
AACAAATGACGATCTGACAACAGGTTCCTTAAGCAGTGACGACAGGCAGCTGATTGCAATTGGA
ACACCACGAGTAGGATGAGAAGGTTGCTTCAA
Genomic sequence CTTTTCCTTAGTCGAGTGCTTAACCACTTCCGTGAGCCTTTGCATTGTCCTCGATGTTGCCAAG
TACTCTATTGCAGGTTCATAATAGGACAGAAGCCAGATGCAGAGACATGTTTCATACAGAAGCT
GTCGGTCGAAAGCACACAAATCACATGAATTAGGCACTGAGAAACTATGACAAAAAAAAAAGAG
AGAGGTGCTTCTTCCTTCTGAAAACTGAAACAGAACTATTTCAAAGTTTAATAATTTGTTCAGC
CCGCATTTTAGAATAAGGGAGCGATAGATTTAGTAGTCATTTGAAAAGGACGTTATTTTCCCCC
AAAATGTATGTCTAGTCATTGCCTTTCCGTTAAGGATTTTGCATGATTTGGAAACTGCAATACT
TATTTCCTGCTTTATGGAAGCATTATTCACTGAAAACTACTTCCATTAGATATACAGTTACCTG
GATAGACTGCTGAGTGGATGCTGGGGAAATTAAAGGGACAAGTAACTTCACCCCATCTGCCTGA
ACAAATGACGATCTGACAACAGGTTCCTTAAGCAGTGACGACAGGCAGCTGATTGCAATTGGAA
CACCACGAGTAGGATGAGAAGGTTGCTTCAA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.351326942
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 14229921-14229878(-)
Potential amino acid sequence MQRLTEVVKHSTKEKLKQPSHPTRGVPIAISCLSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPAST
QQSIQLLYETCLCIWLLSYYEPAIEYLATSRTMQRLTEVVKHSTKEKLKQPSHPTRGVPIAISC
LSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPASTQQSIQLLYETCLCIWLLSYYEPAIEYLATSRT
MQRLTEVVKHSTKEKLKQPSHPTRGVPIAISCLSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPAST
QQSIQLLYETCLCIWLLSYYEPAIEYLATSRTMQRLTEVVKHSTKEK(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015;Pan et al., 2017
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