circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of AT3G42050_circ_g.11


General Information
CircRNA Name AT3G42050_circ_g.11
ID in PlantcircBase ath_circ_025849
Alias At_ciR986
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14230321-14231665  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene AT3G42050
Parent gene annotation V-type proton ATPase subunit H
Parent gene strand -
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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3_circ_ig.239 3_circ_ig.240 3_circ_ig.241 3_circ_ig.242 3_circ_ig.243 3_circ_ig.244 3_circ_ig.245 3_circ_ig.246 3_circ_ig.247 3_circ_ig.248 3_circ_ig.249 3_circ_ig.250 3_circ_ig.251 3_circ_ig.252 3_circ_ig.253 3_circ_ig.254 3_circ_ig.255 3_circ_ig.256 3_circ_ig.257 3_circ_ig.258 3_circ_ig.259 3_circ_ig.260 3_circ_ig.261 3_circ_ig.262 3_circ_ig.263 3_circ_ig.264 3_circ_ig.265 3_circ_ig.266 3_circ_ig.267 3_circ_ig.268 3_circ_ig.269 3_circ_ig.270 3_circ_ig.271 3_circ_ig.272 3_circ_ig.273 3_circ_ig.274 3_circ_ig.275 3_circ_ig.276 3_circ_ig.277 3_circ_ig.278 3_circ_ig.279 3_circ_ig.280 3_circ_ig.281 3_circ_ig.282 3_circ_ig.283 3_circ_ig.284 3_circ_ig.285 3_circ_ig.286 3_circ_ig.287 3_circ_ig.288 3_circ_ig.289 3_circ_ig.290 3_circ_ig.291 3_circ_ig.292 3_circ_ig.293 3_circ_ig.294 3_circ_ig.295 3_circ_ig.296 3_circ_ig.297 3_circ_ig.298 3_circ_ig.299 3_circ_ig.300 3_circ_ig.301 3_circ_ig.302 3_circ_ig.303 3_circ_ig.304 3_circ_ig.305 3_circ_ig.306 3_circ_ig.307 3_circ_ig.308 3_circ_ig.309 3_circ_ig.310 3_circ_ig.311 3_circ_ig.312 3_circ_ig.313 3_circ_ig.314 3_circ_ig.315 3_circ_ig.316 3_circ_ig.317 3_circ_ig.318 3_circ_ig.319 3_circ_ig.320 3_circ_ig.321 3_circ_ig.322 3_circ_ig.323 3_circ_ig.324 3_circ_ig.325 3_circ_ig.326 3_circ_ig.327 3_circ_ig.328 3_circ_ig.329 3_circ_ig.330 3_circ_ig.331 3_circ_ig.332 3_circ_ig.333 3_circ_ig.334 3_circ_ig.335 3_circ_ig.336 3_circ_ig.337 3_circ_ig.338 3_circ_ig.339 3_circ_ig.340 3_circ_ig.341 3_circ_ig.342 3_circ_ig.343 3_circ_ig.344 3_circ_ig.345 3_circ_ig.346 3_circ_ig.347 3_circ_ig.348 3_circ_ig.349 3_circ_ig.350 3_circ_ig.351 3_circ_ig.352 3_circ_ig.353 3_circ_ig.354 3_circ_ig.355 3_circ_ig.356 3_circ_ig.357 3_circ_ig.358 3_circ_ig.359 3_circ_ig.360 3_circ_ig.361 3_circ_ig.362 3_circ_ig.363 3_circ_ig.364 3_circ_ig.365 3_circ_ig.366 3_circ_ig.367 3_circ_ig.368 3_circ_ig.369 3_circ_ig.370 3_circ_ig.371 3_circ_ig.372 3_circ_ig.373 3_circ_ig.374 3_circ_ig.375 3_circ_ig.376 3_circ_ig.377 3_circ_ig.378 3_circ_ig.379 3_circ_ig.380 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Support reads 6
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered AT3G42050.1:5
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AGAGCATTTCATAAATCAAAGCCAAAACATATTCGACAGTTTCTTCCTTGAATATATCACGTAA
GATGCTAACAAAGAGATGAACATAAGCTGGACCATCctggatagactgctgagtggatgctggg
gaaattaaagggacaagtaacttcaccccatctgcctgaacaaatgacgatctgacaacaggtt
ccttaagc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTGGATAGACTGCTGAGTGGATGCTGGGGAAATTAAAGGGACAAGTAACTTCACCCCATCTGCC
TGAACAAATGACGATCTGACAACAGGTTCCTTAAGCAGTGACGACAGGCAGCTGATTGCAATTG
GAACACCACGAGTAGGATGAGAAGGTTGCTTCAACTGCATATCAAAATTAAGGATTGAGATATC
GATGGAGGACATCAAAAGCTTTTCTGGATTCACTATGTCACAATATTAAAGGTTCCTTCCAGAT
CACCAAATTTGCATCTATTTACCAAAATCAAACAATTTTGCATACATCCAAGAATTGTTTGTAT
TCGATTGAACTAATTTGGTATTAATTAGTGTCTTCATTTGTGTTATATAACAAAGCCATGGCAA
GGGTAACACAGAAAATACTAACTGCCTCTGTTTCCCCCTCTAATTGCAAGCTCTACCAATGAGC
TGTAGCTCTAACAATGGCATTTTCTATAAGACAAAGACAACTAACACTTAAACACTAATGCAAG
ACCAACCTTAACTAGAAAGAAAACAAAGAGGAAAGAGAGAAAGAGAAAAGAAGAAGAAGAAGAA
ACCTGAGCACAAAGCCATTCCACCAACCCCTTGAGAACATCATCAATTCCATTACCAATAACAG
CATTACCAGCTTTTGGCCTAGCACTATGTTGAGAGAAGACAAAACCCACCAAGTAAATGAGGCT
GTATGTTACAGTCATGTTTAATAAAAGTACGATAAGCGGTTTTGAATACCTTATTATCCAGGCA
AGGATCTTACAGCTTTTTTCTTGAATGAACCAATTTCCCTTCCAAAGCAACCTGAAAGAGGACA
CATCTTTTAGATGGCATGATCTTTTGAAGCTAAGCAATTAAGCAGCCAAAATCAAGCACAAATG
TAGCTGAAAGCAGTTTCCATCAATGGCATTTAACATATGTTTCCCGTTTGTCAGGAAGATTGTA
GTTAAAATAATAAACTGACAAGGGCCAGCAGAAACAACAGTTCGACCCAATAACCAATTCTGTC
CTATAAAAAAAAACTTGCCTGTACCAAATAACAATTGTAAAACTTTTGCATAGGGACTCACCTC
AAGAAAGGCTCATAAGTATCCTCATTTGCCAAAGATTCATCATGGAATAATCGAGCTCGTGTTG
GGTTTGCTGGAAACATTTGATACATTAATATTAGTCAGTAACTAAAATGAAGAAAAGGTAAAAT
GCAAAAATATTTAAATTTTCATTTACCTGAGAGCATTTCATAAATCAAAGCCAAAACATATTCG
ACAGTTTCTTCCTTGAATATATCACGTAAGATGCTAACAAAGAGATGAACATAAGCTGGACCAT
C
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.143465403
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 14231573-14230323(-)
Potential amino acid sequence MLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGI
DDVLKGLVEWLCAQLKQPSHPTRGVPIAISCLSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPASTQ
QSIQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEYVLALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRL
LWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQLKQPSHPTRGVPIAI
SCLSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPASTQQSIQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEYV
LALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTYEPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNA
VIGNGIDDVLKGLVEWLCAQLKQPSHPTRGVPIAISCLSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLI
SPASTQQSIQDGPAYVHLFVSILRDIFKEETVEYVLALIYEMLSANPTRARLFHDESLANEDTY
EPFLRLLWKGNWFIQEKSCKILAWIISARPKAGNAVIGNGIDDVLKGLVEWLCAQLKQPSHPTR
GVPIAISCLSSLLKEPVVRSSFVQADGVKLLVPLISPASTQQSIQ(-)
Sponge-miRNAs ath-miR5021
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015
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