circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of 3_circ_igg.17


General Information
CircRNA Name 3_circ_igg.17
ID in PlantcircBase ath_circ_024405
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 13815519-14201043  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ig-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 3_circ_igg.29 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Support reads 2
Tissues seed
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGGTAAAGCCAGAGGAAACTCTGGTGGAAGCCCGCAGCGATACTGACGTGCAAATCGTTCGTCT
GACTTGGGTATAGGGGCGAAAGACTAATCGAACCATcggatcccatcagaactccgcagttaag
cgtgcttgggcgagagtagtactaggatgggtgacctcgaggaatgtcctcgtattgcatccct
cttttttt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TOO LONG (>5KB) TO SHOW GENOMIC SEQUENCE OF THIS CIRCULAR RNA. PLEASE FIND THE CORRESPONDING GENOMIC SEQUENCE AT DOWNLOAD SECTION.
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.087885526
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs ath-miR831-3p ath-miR5641 ath-miR776 ath-miR426 ath-miR5021 ath-miR414 ath-miR5658
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017
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