Plant Circular RNA Database

Detail information of AT3G33530_circ_g.13

			
						 General Information
					
						CircRNA Name
						AT3G33530_circ_g.13
					
						ID in PlantcircBase
						ath_circ_024442
					
						Alias
						3:14091203-14091790
					
						Organism
						
							Arabidpsis thaliana						
					
						Position
						
							chr3: 14091203-14091790  JBrowse»						
					
						Reference genome
						
							TAIR10.38						
					
						Type  
						
							e-circRNA							
									
						Identification method
						find_circ; CIRI2
					
						Parent gene
						
							AT3G33530						
					
						Parent gene annotation
						
							Transducin family protein / WD-40 repeat family protein
							
						Parent gene strand
						+
					
						Alternative splicing
						
							3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 3_circ_igg.29 3_circ_igg.30 3_circ_igg.31 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3_circ_ig.241 3_circ_ig.242 3_circ_ig.243 3_circ_ig.244 3_circ_ig.245 3_circ_ig.246 3_circ_ig.247 3_circ_ig.248 3_circ_ig.249 3_circ_ig.250 3_circ_ig.251 3_circ_ig.252 3_circ_ig.253 3_circ_ig.254 3_circ_ig.255 3_circ_ig.256 3_circ_ig.257 3_circ_ig.258 3_circ_ig.259 3_circ_ig.260 3_circ_ig.261 3_circ_ig.262 3_circ_ig.263 3_circ_ig.264 3_circ_ig.265 3_circ_ig.266 3_circ_ig.267 3_circ_ig.268 3_circ_ig.269 3_circ_ig.270 3_circ_ig.271 3_circ_ig.272 3_circ_ig.273 3_circ_ig.274 3_circ_ig.275 3_circ_ig.276 3_circ_ig.277 3_circ_ig.278 3_circ_ig.279 3_circ_ig.280 3_circ_ig.281 3_circ_ig.282 3_circ_ig.283 3_circ_ig.284 3_circ_ig.285 3_circ_ig.286 3_circ_ig.287 3_circ_ig.288 3_circ_ig.289 3_circ_ig.290 3_circ_ig.291 3_circ_ig.292 3_circ_ig.293 3_circ_ig.294 3_circ_ig.295 3_circ_ig.296 3_circ_ig.297 3_circ_ig.298 3_circ_ig.299 3_circ_ig.300 3_circ_ig.301 3_circ_ig.302 3_circ_ig.303 3_circ_ig.304 3_circ_ig.305 3_circ_ig.306 3_circ_ig.307 3_circ_ig.308 3_circ_ig.309 3_circ_ig.310 3_circ_ig.311 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						Support reads
						2
					
						Tissues
						flower
					
						Exon boundary  
						
							Yes-Yes							"Exon boundary" shows whether the splicing sites are on the boundary of exons or not. For example, "Yes-No" represents the donor splicing site is on the exon boundary and the accepter is not on the exon boundary.

						Splicing signals  
						
							GT-AG							The splicing signals of the circRNA. For example, "AG-GT" represents that the donor and the accepter splicing signal is "AG" and "GT", respectively.

						Number of exons covered
						AT3G33530.4:2
AT3G33530.5:2
AT3G33530.3:2
AT3G33530.1:2
AT3G33530.2:2

General Information
CircRNA Name	AT3G33530_circ_g.13
ID in PlantcircBase	ath_circ_024442
Alias	3:14091203-14091790
Organism	Arabidpsis thaliana
Position	chr3: 14091203-14091790 JBrowse»
Reference genome	TAIR10.38
Type	e-circRNA
Identification method	find_circ; CIRI2
Parent gene	AT3G33530
Parent gene annotation	Transducin family protein / WD-40 repeat family protein
Parent gene strand	+
Alternative splicing	3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 3_circ_igg.29 3_circ_igg.30 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3_circ_igg.23 3_circ_igg.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 3_circ_igg.29 AT3G41979_circ_g.30 3_circ_igg.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_igg.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_igg.39 AT3G41979_circ_g.40 3_circ_igg.41 3_circ_igg.42 3_circ_igg.43 3_circ_igg.44 3_circ_igg.45 3_circ_igg.46 3_circ_ig.47 3_circ_ig.48 3_circ_ig.49 3_circ_ig.50 3_circ_ig.51 3_circ_ig.52 3_circ_ig.53 3_circ_ig.54 3_circ_ig.55 3_circ_ig.56 3_circ_ig.57 3_circ_ig.58 3_circ_ig.59 3_circ_ig.60 3_circ_ig.61 3_circ_ig.62 3_circ_ig.63 3_circ_ig.64 3_circ_ig.65 3_circ_ig.66 3_circ_ig.67 3_circ_ig.68 3_circ_ig.69 3_circ_ig.70 3_circ_ig.71 3_circ_ig.72 3_circ_ig.73 3_circ_ig.74 3_circ_ig.75 3_circ_ig.76 3_circ_ig.77 3_circ_ig.78 3_circ_ig.79 3_circ_ig.80 3_circ_ig.81 3_circ_ig.82 3_circ_ig.83 3_circ_ig.84 3_circ_ig.85 3_circ_ig.86 3_circ_ig.87 3_circ_ig.88 3_circ_ig.89 3_circ_ig.90 3_circ_ig.91 3_circ_ig.92 3_circ_ig.93 3_circ_ig.94 3_circ_ig.95 3_circ_ig.96 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3_circ_ig.168 3_circ_ig.169 3_circ_ig.170 3_circ_ig.171 3_circ_ig.172 3_circ_ig.173 3_circ_ig.174 3_circ_ig.175 3_circ_ig.176 3_circ_ig.177 3_circ_ig.178 3_circ_ig.179 3_circ_ig.180 3_circ_ig.181 3_circ_ig.182 3_circ_ig.183 3_circ_ig.184 3_circ_ig.185 3_circ_ig.186 3_circ_ig.187 3_circ_ig.188 3_circ_ig.189 3_circ_ig.190 3_circ_ig.191 3_circ_ig.192 3_circ_ig.193 3_circ_ig.194 3_circ_ig.195 3_circ_ig.196 3_circ_ig.197 3_circ_ig.198 3_circ_ig.199 3_circ_ig.200 3_circ_ig.201 3_circ_ig.202 3_circ_ig.203 3_circ_ig.204 3_circ_ig.205 3_circ_ig.206 3_circ_ig.207 3_circ_ig.208 3_circ_ig.209 3_circ_ig.210 3_circ_ig.211 3_circ_ig.212 3_circ_ig.213 3_circ_ig.214 3_circ_ig.215 3_circ_ig.216 3_circ_ig.217 3_circ_ig.218 3_circ_ig.219 3_circ_ig.220 3_circ_ig.221 3_circ_ig.222 3_circ_ig.223 3_circ_ig.224 3_circ_ig.225 3_circ_ig.226 3_circ_ig.227 3_circ_ig.228 3_circ_ig.229 3_circ_ig.230 3_circ_ig.231 3_circ_ig.232 3_circ_ig.233 3_circ_ig.234 3_circ_ig.235 3_circ_ig.236 3_circ_ig.237 3_circ_ig.238 3_circ_ig.239 3_circ_ig.240 3_circ_ig.241 3_circ_ig.242 3_circ_ig.243 3_circ_ig.244 3_circ_ig.245 3_circ_ig.246 3_circ_ig.247 3_circ_ig.248 3_circ_ig.249 3_circ_ig.250 3_circ_ig.251 3_circ_ig.252 3_circ_ig.253 3_circ_ig.254 3_circ_ig.255 3_circ_ig.256 3_circ_ig.257 3_circ_ig.258 3_circ_ig.259 3_circ_ig.260 3_circ_ig.261 3_circ_ig.262 3_circ_ig.263 3_circ_ig.264 3_circ_ig.265 3_circ_ig.266 3_circ_ig.267 3_circ_ig.268 3_circ_ig.269 3_circ_ig.270 3_circ_ig.271 3_circ_ig.272 3_circ_ig.273 3_circ_ig.274 3_circ_ig.275 3_circ_ig.276 3_circ_ig.277 3_circ_ig.278 3_circ_ig.279 3_circ_ig.280 3_circ_ig.281 3_circ_ig.282 3_circ_ig.283 3_circ_ig.284 3_circ_ig.285 3_circ_ig.286 3_circ_ig.287 3_circ_ig.288 3_circ_ig.289 3_circ_ig.290 3_circ_ig.291 3_circ_ig.292 3_circ_ig.293 3_circ_ig.294 3_circ_ig.295 3_circ_ig.296 3_circ_ig.297 3_circ_ig.298 3_circ_ig.299 3_circ_ig.300 3_circ_ig.301 3_circ_ig.302 3_circ_ig.303 3_circ_ig.304 3_circ_ig.305 3_circ_ig.306 3_circ_ig.307 3_circ_ig.308 3_circ_ig.309 3_circ_ig.310 3_circ_ig.311 3_circ_ig.312 3_circ_ig.313 3_circ_ig.314 3_circ_ig.315 3_circ_ig.316 3_circ_ig.317 3_circ_ig.318 3_circ_ig.319 3_circ_ig.320 3_circ_ig.321 3_circ_ig.322 3_circ_ig.323 3_circ_ig.324 3_circ_ig.325 3_circ_ig.326 3_circ_ig.327 3_circ_ig.328 3_circ_ig.329 3_circ_ig.330 3_circ_ig.331 3_circ_ig.332 3_circ_ig.333 3_circ_ig.334 3_circ_ig.335 3_circ_ig.336 3_circ_ig.337 3_circ_ig.338 3_circ_ig.339 3_circ_ig.340 3_circ_ig.341 3_circ_ig.342 3_circ_ig.343 3_circ_ig.344 3_circ_ig.345 3_circ_ig.346 3_circ_ig.347 3_circ_ig.348 3_circ_ig.349 3_circ_ig.350 3_circ_ig.351 3_circ_ig.352 3_circ_ig.353 3_circ_ig.354 3_circ_ig.355 3_circ_ig.356 3_circ_ig.357 3_circ_ig.358 3_circ_ig.359 3_circ_ig.360 3_circ_ig.361 3_circ_ig.362 3_circ_ig.363 3_circ_ig.364 3_circ_ig.365 3_circ_ig.366 3_circ_ig.367 3_circ_ig.368 3_circ_ig.369 3_circ_ig.370 3_circ_ig.371 3_circ_ig.372 3_circ_ig.373 3_circ_ig.374 3_circ_ig.375 3_circ_ig.376 3_circ_ig.377 3_circ_ig.378 3_circ_ig.379 3_circ_ig.380 3_circ_ig.381 3_circ_ig.382 3_circ_ig.383 3_circ_ig.384 3_circ_ig.385 3_circ_ig.386 3_circ_ig.387 3_circ_ig.388 3_circ_ig.389 3_circ_ig.390 3_circ_ig.391 3_circ_ig.392 3_circ_ig.393 3_circ_ig.394 3_circ_ig.395 3_circ_ig.396 3_circ_ig.397 3_circ_ig.398 3_circ_ig.399 3_circ_ig.400 3_circ_ig.401 3_circ_ig.402 3_circ_ig.403 AT3G42050_circ_g.1 AT3G42050_circ_g.2 AT3G42050_circ_g.3 AT3G42050_circ_g.4 AT3G42050_circ_g.5 AT3G42050_circ_g.6 AT3G42050_circ_g.7 AT3G42050_circ_g.8 AT3G42050_circ_g.9 AT3G42050_circ_g.10 AT3G42050_circ_g.11 AT3G42050_circ_g.12 AT3G42050_circ_g.13 AT3G42050_circ_g.14 AT3G42050_circ_g.15 AT3G42050_circ_g.16 AT3G42050_circ_g.17 AT3G42050_circ_g.18 AT3G42050_circ_g.19
Support reads	2
Tissues	flower
Exon boundary	Yes-Yes "Exon boundary" shows whether the splicing sites are on the boundary of exons or not. For example, "Yes-No" represents the donor splicing site is on the exon boundary and the accepter is not on the exon boundary.
Splicing signals	GT-AG The splicing signals of the circRNA. For example, "AG-GT" represents that the donor and the accepter splicing signal is "AG" and "GT", respectively.
Number of exons covered	AT3G33530.4:2 AT3G33530.5:2 AT3G33530.3:2 AT3G33530.1:2 AT3G33530.2:2

			
						 Experimental Information
					
						Sanger sequencing for BSS  
						
							NA							Sanger sequencing for back-splicing site (BSS) validation. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the back-splicing site, "No" represents the opposite, "NA" represents "not available".

						PCR primers for BSS   
						
							NA							PCR primers used in back-splicing site (BSS) validation.

						Sanger sequencing for FL   
						
							NA							Sanger sequencing for full-length (FL) sequence validation of circRNAs. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the full-length of circRNA, "No" represents the opposite.

						PCR primers for FL   
						
							NA							 PCR primers used in full-length (FL) sequence validation.

Experimental Information
Sanger sequencing for BSS	NA Sanger sequencing for back-splicing site (BSS) validation. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the back-splicing site, "No" represents the opposite, "NA" represents "not available".
PCR primers for BSS	NA PCR primers used in back-splicing site (BSS) validation.
Sanger sequencing for FL	NA Sanger sequencing for full-length (FL) sequence validation of circRNAs. "Yes" represents Sanger sequencing has been performed to valid the full-length of circRNA, "No" represents the opposite.
PCR primers for FL	NA PCR primers used in full-length (FL) sequence validation.

			
						 Sequences
					
						Splice junction sequence  
						
							TTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGCTGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCATCTACTGGA
TTATCGTCACCTGAAGCCAGGAAGATAGACTCTATGgcactgcggatgattttacagttaggag
tgaaaccatcttggtttaatacgtctagcacaactttggagaagaggcctcatttaatccgtgg
gatggctt

						Assembled circRNA sequence  
						
							Yes
The sequence of a circRNA based on assembly using circseq-cup (Ye et al., 2016) or CIRI-full (Zheng and Zhao, 2018) or CIRCexplorer2 (Zhang et al., 2016).

						Full-length trsnacripts
						
							Transcript length: 492
Transcript exons: 14091203-14091407,14091504-14091790
GCACTGCGGATGATTTTACAGTTAGGAGTGAAACCATCTTGGTTTAATACGTCTAGCACAACTT
TGGAGAAGAGGCCTCATTTAATCCGTGGGATGGCTTCATCCTCTAAGGATCTACGGAGTTACAT
GATTCAGTTACCGCCTTTAGGGGACCCTGTAGTGCCCGAAATGCTGTTGAAGATACTAGAACCT
TATCGGAAAGAAGGTTGCTTGCTGGACGATGAAAGAGCAAAACTTTACGCTGATGTGGTCAAGA
AAGGTTATGCTGCAAGATTTGCTTTTGCAGCTTCTGTTTTTGGTGAAACCTCAGAAGCACTTTT
CTGGTTGCAACTTCCTCAAGCCATTCGCCATCTGATGAACAAGCTAACGAGAAGGTCTCCGCAG
AAAATCTCTTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGCTGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCAT
CTACTGGATTATCGTCACCTGAAGCCAGGAAGATAGACTCTATG
						
						Genomic sequence
						
							GCACTGCGGATGATTTTACAGTTAGGAGTGAAACCATCTTGGTTTAATACGTCTAGCACAACTT
TGGAGAAGAGGCCTCATTTAATCCGTGGGATGGCTTCATCCTCTAAGGATCTACGGAGTTACAT
GATTCAGTTACCGCCTTTAGGGGACCCTGTAGTGCCCGAAATGCTGTTGAAGATACTAGAACCT
TATCGGAAAGAAGGTTGATCTCATTTGTCACCACAGACTAGCCTCTCTCTGTTAAGATACCTGT
TTAAGTATTCTATTTTCTTACCTTCTCTAATTTCTTGTATCCTAGGTTGCTTGCTGGACGATGA
AAGAGCAAAACTTTACGCTGATGTGGTCAAGAAAGGTTATGCTGCAAGATTTGCTTTTGCAGCT
TCTGTTTTTGGTGAAACCTCAGAAGCACTTTTCTGGTTGCAACTTCCTCAAGCCATTCGCCATC
TGATGAACAAGCTAACGAGAAGGTCTCCGCAGAAAATCTCTTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGC
TGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCATCTACTGGATTATCGTCACCTGAAGCCAGGAAG
ATAGACTCTATG

Sequences
Splice junction sequence	TTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGCTGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCATCTACTGGA TTATCGTCACCTGAAGCCAGGAAGATAGACTCTATGgcactgcggatgattttacagttaggag tgaaaccatcttggtttaatacgtctagcacaactttggagaagaggcctcatttaatccgtgg gatggctt
Assembled circRNA sequence	Yes The sequence of a circRNA based on assembly using circseq-cup (Ye et al., 2016) or CIRI-full (Zheng and Zhao, 2018) or CIRCexplorer2 (Zhang et al., 2016).
Full-length trsnacripts	Transcript length: 492 Transcript exons: 14091203-14091407,14091504-14091790 GCACTGCGGATGATTTTACAGTTAGGAGTGAAACCATCTTGGTTTAATACGTCTAGCACAACTT TGGAGAAGAGGCCTCATTTAATCCGTGGGATGGCTTCATCCTCTAAGGATCTACGGAGTTACAT GATTCAGTTACCGCCTTTAGGGGACCCTGTAGTGCCCGAAATGCTGTTGAAGATACTAGAACCT TATCGGAAAGAAGGTTGCTTGCTGGACGATGAAAGAGCAAAACTTTACGCTGATGTGGTCAAGA AAGGTTATGCTGCAAGATTTGCTTTTGCAGCTTCTGTTTTTGGTGAAACCTCAGAAGCACTTTT CTGGTTGCAACTTCCTCAAGCCATTCGCCATCTGATGAACAAGCTAACGAGAAGGTCTCCGCAG AAAATCTCTTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGCTGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCAT CTACTGGATTATCGTCACCTGAAGCCAGGAAGATAGACTCTATG
Genomic sequence	GCACTGCGGATGATTTTACAGTTAGGAGTGAAACCATCTTGGTTTAATACGTCTAGCACAACTT TGGAGAAGAGGCCTCATTTAATCCGTGGGATGGCTTCATCCTCTAAGGATCTACGGAGTTACAT GATTCAGTTACCGCCTTTAGGGGACCCTGTAGTGCCCGAAATGCTGTTGAAGATACTAGAACCT TATCGGAAAGAAGGTTGATCTCATTTGTCACCACAGACTAGCCTCTCTCTGTTAAGATACCTGT TTAAGTATTCTATTTTCTTACCTTCTCTAATTTCTTGTATCCTAGGTTGCTTGCTGGACGATGA AAGAGCAAAACTTTACGCTGATGTGGTCAAGAAAGGTTATGCTGCAAGATTTGCTTTTGCAGCT TCTGTTTTTGGTGAAACCTCAGAAGCACTTTTCTGGTTGCAACTTCCTCAAGCCATTCGCCATC TGATGAACAAGCTAACGAGAAGGTCTCCGCAGAAAATCTCTTCCCCTACTTTAGACTCAGGAGC TGATGAAGTAGCTATGCCGAGTAAAATACCATCTACTGGATTATCGTCACCTGAAGCCAGGAAG ATAGACTCTATG

			
						 Conservation Information
					
						Conserved circRNAs
						
							NA						
					
						PMCS
						0.246899783

Conservation Information
Conserved circRNAs	NA
PMCS	0.246899783

			
						 Functional Information
					
						Coding potential
						NA
					
						Potential coding position
						
							NA
						
						Potential amino acid sequence
						
							NA
						
						Sponge-miRNAs
						
							NA						
					
						circRNA-miRNA-mRNA network
						 VISUALIZATION
					
						Potential function description
						NA

Functional Information
Coding potential	NA
Potential coding position	NA
Potential amino acid sequence	NA
Sponge-miRNAs	NA
circRNA-miRNA-mRNA network	VISUALIZATION
Potential function description	NA

			
						 Other Information
					
						References
						Philips et al., 2020

circRNA

Detail information of AT3G33530_circ_g.13

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