circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of AT3G42050_circ_g.4


General Information
CircRNA Name AT3G42050_circ_g.4
ID in PlantcircBase ath_circ_025842
Alias At_ciR2103
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr3: 14229547-14230001  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   e-circRNA
Identification method find_circ, CIRI-full
Parent gene AT3G42050
Parent gene annotation V-type proton ATPase subunit H
Parent gene strand -
Alternative splicing 3_circ_igg.3 3_circ_ag.4 3_circ_ag.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_ag.9 3_circ_igg.10 3_circ_ag.11 3_circ_ag.12 3_circ_ag.13 3_circ_ag.14 3_circ_igg.15 3_circ_igg.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_ag.19 3_circ_ag.20 3_circ_igg.21 3_circ_igg.22 3_circ_ag.23 3_circ_ag.24 3_circ_ag.25 3_circ_ag.26 3_circ_igg.27 3_circ_ag.28 3_circ_ag.29 3_circ_ag.30 3_circ_ag.31 3_circ_igg.32 3_circ_igg.33 3_circ_igg.34 3_circ_ag.35 3_circ_igg.36 3_circ_igg.37 3_circ_igg.38 3_circ_ag.39 3_circ_igg.40 3_circ_ag.41 AT3G33530_circ_g.1 AT3G33530_circ_g.2 AT3G33530_circ_g.3 AT3G33530_circ_g.4 AT3G33530_circ_g.5 3_circ_igg.6 3_circ_igg.7 3_circ_igg.8 3_circ_igg.9 AT3G33530_circ_g.10 AT3G33530_circ_g.11 AT3G33530_circ_g.12 AT3G33530_circ_g.13 AT3G33530_circ_g.14 AT3G33530_circ_g.15 AT3G33530_circ_g.16 3_circ_igg.17 3_circ_igg.18 3_circ_igg.19 3_circ_igg.20 3_circ_ag.21 3_circ_igg.22 3_circ_igg.23 3_circ_ag.24 3_circ_igg.25 3_circ_igg.26 3_circ_igg.27 3_circ_igg.28 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Support reads 4
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered AT3G42050.1:2
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CTTCCGTGAGCCTTTGCATTGTCCTCGATGTTGCCAAGTACTCTATTGCAGGTTCATAATAGGA
CAGAAGCCAGATGCAGAGACATGTTTCATACAGAAGctcgtcactccatgcttgtgtttttaga
ctgtggataatatgtgggagtccaagatcaaccatctgggcaccaaatgtaccttttggaagaa
ggttcctg
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 252
Transcript exons: 14229547-14229672,14229876-14230001
CTCGTCACTCCATGCTTGTGTTTTTAGACTGTGGATAATATGTGGGAGTCCAAGATCAACCATC
TGGGCACCAAATGTACCTTTTGGAAGAAGGTTCCTGAATGTCAATATGACCACCCTGACAACCT
TTTCCTTAGTCGAGTGCTTAACCACTTCCGTGAGCCTTTGCATTGTCCTCGATGTTGCCAAGTA
CTCTATTGCAGGTTCATAATAGGACAGAAGCCAGATGCAGAGACATGTTTCATACAGAAG
Genomic sequence CTCGTCACTCCATGCTTGTGTTTTTAGACTGTGGATAATATGTGGGAGTCCAAGATCAACCATC
TGGGCACCAAATGTACCTTTTGGAAGAAGGTTCCTGAATGTCAATATGACCACCCTGACAACCT
GTAAGATAAGATATCGTCAAATAAACATAACAAGTGCATCACGCCGCATTTATCCAAATTAATT
ATTCAAAACGAATAAAAGAAACAAAAATCTTGGTATTGTGGGACAGAGATTCTGATTGATCAAC
CAAACTATGTCATATGATCTTTAACTAATTGCAGGACAGCGATGACCAAGTCATAAAAGAGAAC
ATAGCTCACCTTTTCCTTAGTCGAGTGCTTAACCACTTCCGTGAGCCTTTGCATTGTCCTCGAT
GTTGCCAAGTACTCTATTGCAGGTTCATAATAGGACAGAAGCCAGATGCAGAGACATGTTTCAT
ACAGAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.306296837
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 14229921-14229549(-)
Potential amino acid sequence MQRLTEVVKHSTKEKVVRVVILTFRNLLPKGTFGAQMVDLGLPHIIHSLKTQAWSDELLYETCL
CIWLLSYYEPAIEYLATSRTMQRLTEVVKHSTKEKVVRVVILTFRNLLPKGTFGAQMVDLGLPH
IIHSLKTQAWSDELLYETCLCIWLLSYYEPAIEYLATSRTMQRLTEVVKHSTKEKVVRVVILTF
RNLLPKGTFGAQMVDLGLPHIIHSLKTQAWSDELLYETCLCIWLLSYYEPAIEYLATSRTMQRL
TEVVKHSTKEKVVRVVILTFRNLLPKGTFGAQMVDLGLPHIIHSLKTQAWSDE(-)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015
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