Detail information of 5_circ_ag.7


General Information
CircRNA Name 5_circ_ag.7
ID in PlantcircBase ath_circ_039371
Alias Chr5:6753515|6758064
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr5: 6753515-6758064  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRCexplorer; CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT5G19990_circ_g.1 5_circ_ag.2 5_circ_ag.3 AT5G19990_circ_g.4 5_circ_ag.5 5_circ_ag.6 5_circ_ag.8 5_circ_ag.9 AT5G19990_circ_g.10 5_circ_ag.11 5_circ_ag.12 5_circ_ag.13 5_circ_ag.14 AT5G20000_circ_g.1 AT5G20000_circ_g.2 AT5G20000_circ_g.3
Support reads 2
Tissues seedling
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-TA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTTTAAATTTTATATAATATCTTTACTGGTTTATCAGGTCATTGAACTGCCAATCAAGCATCCT
GAATTGTTTGAGTCTCTTGGAATTGCGCAGCCAAAGgggtgtgttgttatacggtccacctgga
actgggaagacactattggctcgggctgttgcacatcacactgactgtactttcataagagttt
ctggttcc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGGTGTGTTGTTATACGGTCCACCTGGAACTGGGAAGACACTATTGGCTCGGGCTGTTGCACAT
CACACTGACTGTACTTTCATAAGAGTTTCTGGTTCCGAGCTTGTCCAGAAATACATTGGAGAAG
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TAACGAAACTCACTCCATCAACGAGAGTTGCTCTCCGTAATGATAGCTATGTTCTCCACCTGGT
TCTGCCAAGTAAAGTAGATCCCTTGGTTAACCTTATGAAAGTTGAGAAGGTTCCAGACTCCACA
TATGACATGATTGGTGGTCTTGACCAGCAAATCAAGGAAATAAAGGAGGTATGCATAGTGAAAG
AAACAAACGATACTAAAAGTCACTGGTTTCATGCTTTTAAATTTTATATAATATCTTTACTGGT
TTATCAGGTCATTGAACTGCCAATCAAGCATCCTGAATTGTTTGAGTCTCTTGGAATTGCGCAG
CCAAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.131196101
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to methyl jasmonate
Other Information
References Zhang et al., 2020