Detail information of 5_circ_ag.6


General Information
CircRNA Name 5_circ_ag.6
ID in PlantcircBase ath_circ_039370
Alias 5:6753369-6757914
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr5: 6753369-6757914  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ; CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT5G19990_circ_g.1 5_circ_ag.2 5_circ_ag.3 AT5G19990_circ_g.4 5_circ_ag.5 5_circ_ag.7 5_circ_ag.8 5_circ_ag.9 AT5G19990_circ_g.10 5_circ_ag.11 5_circ_ag.12 5_circ_ag.13 5_circ_ag.14 AT5G20000_circ_g.1 AT5G20000_circ_g.2 AT5G20000_circ_g.3
Support reads 12/22
Tissues seedling;flower
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AGTAGATCCCTTGGTTAACCTTATGAAAGTTGAGAAGGTTCCAGACTCCACATATGACATGATT
GGTGGTCTTGACCAGCAAATCAAGGAAATAAAGGAGgtcattgagctgccaatcaagcatcctg
aattgtttgagtctcttggaattgcgcagccaaaggtacacttgaatcttaaaccttcttctcc
atattgtg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTCATTGAGCTGCCAATCAAGCATCCTGAATTGTTTGAGTCTCTTGGAATTGCGCAGCCAAAGG
TACACTTGAATCTTAAACCTTCTTCTCCATATTGTGATGATGCTAAGTGGATTAGACGTAATCT
CATCTCTCTGTCTTTCTAGGGTGTGTTGTTATACGGTCCACCTGGAACTGGGAAGACACTATTG
GCTCGGGCTGTTGCACATCACACTGACTGTACTTTCATAAGAGTTTCTGGTTCCGAGCTTGTCC
AGAAATACATTGGAGAAGGTTCTAGAATGGTCAGAGAACTTTTTGTGATGGCAAGGTTAGTATA
TGGTAGTCCCTATTTTAAATTTCAAGCATGGTAATAGTGGTTGATAGGAAAATATGGAACTGTT
GATAAGATAACATCTTTTAACATGTCCGCCATTAGTTGCTATAAAATGGACATGAGCTGTTAAG
TTAAATGGGGAAAGTGTTCTTTGTTGCTACAATGAATATGGTTCCGTTGTGAATGAATATCGTT
CTATAAAGTATTCTTTGTCATAGTGCTTAGCATTTAGGCCACAGTGCCAAGTCTCATGTAAGGA
GCAAATTACAAATAGGTGAGATGATTCGTTGAAAATACTCTTTCCAGTTGGCTTACACCGGTTT
ATGGTTTTCAGGGAGCATGCACCATCAATCATCTTCATGGATGAAATCGATAGTATTGGGTCTG
CTCGTATGGAATCTGGAAGTGGAAATGGTGACAGTGAGGTGCAACGGACCATGCTCGAGCTTCT
CAATCAACTTGACGGTTTTGAAGCGTCAAACAAAATCAAGGTACCTATTAAGTTGTAAAGGAAA
AAAAACCATAAGTTGAATAGGATGAGTCTGTGTTATTGTAGTCTGAAATTGCTGACAGAGTCAT
ATTCTCTTTAATGACTGTTGCAGGTTTTGATGGCTACAAATCGTATTGATATTCTGGATCAAGC
TCTTCTCAGGCCTGGAAGAATTGATAGGAAAATTGAATTTCCTAATCCTAATGAAGAGGTAATA
CTTGTGCTCTGAGAAAATGATATTGACTGTTGTTTTTGGTGATATGAATACATTATTCGTCAAA
GTAGGCACCTTATTTAGTATTTAGACTATCATTTGCAGCATAAAAAACTTTTCTTTATCTCCAT
ACTCATTTTACTCAAGTGAGGCAGGACGGTTTGGCTAATGTATGTTTCCAAAATGTGTTGCAGT
CACGTTTTGACATCTTGAAGATTCACTCGAGGAAAATGAATTTGATGCGTGGAATCGATCTGAA
AAAGATTGCAGAGAAGATGAATGGCGCTTCAGGTGCTGAGCTGAAGGTAAAGTGTTTTCTATTT
CTCTACTTCTATCTTGTTCTCTCTACATTTTGCCTCTCTCTTATGTTTTTGGTTAATACGGTCA
GGCTGTGTGCACGGAGGCGGGAATGTTTGCTCTGCGTGAGAGGAGAGTACACGTGACACAAGAA
GACTTTGAGATGGCGGTGGCCAAGGTAATGAAGAAAGACACGGAGAAGAACATGTCTCTGCGTA
AGCTGTGGAAGTAGGAATCTCTCATGGAAAGACTTTCTTTACTTTACTGTTTGTTGTTTGATTC
TGAAACCTTTTTTCGGTTGTCTCATGAAAACATTTTAGAACAAAGTTTTTACTATCTAGACACG
AGTTTATCTAGTATGCGATTTGAGGTCAATGGAAGGAAATTCCCAAAACTCAAGAACCTGAGCT
TATAAGACCAAAACAAGCAGAACCTTCACATGTTAAGAGTTCTTCTGTCCGAAACTGTCATATT
CCATTAGAGAGAAAAAGCCTATAATGTAAATGTTATGATAATTTATTTCAATTACAAATTTTAC
GCACGAATTTGGTTTATTCGGTATGGTTTAGCTCGGTTACCAAAGTTTTGGTGTATGCTTAAGT
TGTGGTTTTGGACTTTTTGTATTGCAGACTTATAAAATAACAAAACCAAGCGGTTTATAAATTT
TGTTAATTTTGGGTTGGTTCCGTCATTCCATTTTTTATTTTTCTCCCAAATAAAAAATCATATG
AAATTAAACTTAAAAAGAGCAAGATCTTTAATACAAGATCTTTAATACAAGTTTAGCAAAAAAA
AGATCTTTAATACAAATGATAACATAGTTACAAAATTATACAAAACATATGATATTAATGAATT
ATATAATACACAATAAGCAATGGAAAAGAAAAATACAATAGCTTATATCTTGTTCTCTGGACAT
TTTGCACCTTTCTTATGTTTCCAGTTATTACGTTTAAACTTTGTGCACAGAAACGAAAATATTT
GATATGCGTGAGAGGAGAGTACACGTGACATAAGAATACTGAGATGGCGGTGGCGAAAGTAACG
AAAAACACACACAAAGAAGAACAAGCCTCTGAGTAAGTTCTGGAAGTAGGAATCTCTTTGTTAT
GTAATTCAAGTCAATGGAAAACCACATTTTCATTTCGGATATGACAAATTAGAGTTTCTTTACT
TTGCTGTCGATTGCTGGTTTTGAAACCCTTTTTCGGTTGATTCATCAAACATTTTTAGATTAAG
TTTTTATGACCTAAATATTTTTTTTTTATATCTAAATGTGTCTTTAAAACGAACACATGTTCAA
AGTTTTTATGTCCAAATCAGTTATCATATTTGATTAGAGAGAAAAAAGCTATAAAGTTAATATT
ATTATAATTTAATTAATATGACTATTTTAGTAATAAAATCCTTCAACTAAAGATGAATCGTGAG
AAAACCTATCAATTATTTATTTAGTGAAAAAACTCTAAACTTAAAATTTGTTAATGTAAATCCT
CATCCATCTATATTGTCGTGAAAATTGGACGGATTACAATTAAAATAAAATGTAATATTTTTCA
CAAATTGAAAAATAATAAATATACACTTAAACAATAAAAATTGTAAATAAAAACAACAAAATGT
TCTTATTTATACCGAATCTAAATTTTCTAATTTATTTAAGCTCTAAAATTTAGAAAGTGAAAAA
TGAGATTTTTATAAGGTTTGTGTGTTGTCGAAGTCGATTCATTTTAATTTGACCCTAACCCGTC
TAATTTTTATTACTAAAAATGAAGAGAGAATTGTATTAACAGAATTTAAATTAAAGGGTATTTT
TACAATCATCTTTAGTCGAGTGGTTTTATTACTAAAAACTTTTTTTTAAAATACAAATGTTTAT
GCAATAATATGGTTTATTCGGTGTGGTTTTAGTTGGGTTACCCAAAAAAGTTTTAATAATAGGC
TTTAGTTGTGGTTTTGGTATTGCAGACATTAAAAATAACAAAACCAAGCGGTTTATAGACTCGG
TTTATTTTGGGTCGTTCGTTTTCCATTTTATTCTCACAAAATAAAAAATAGTAAATTGAACTTA
CAAAAAAAAAAAAGATGTCTTGTTGGATAATCCAAGGTTCTTTTCTATATAAAGGTTCTTTGCT
CATGATCTTAGTCCCTGTGATCTATCTTTGAATCTCAAAAGCATACTTGAGAGAGATCTGTTTC
GATAATTTGCTTCAATCACCGTGTTAATGGCGGCCGTAGGAGTGGAGGCGAGACCTCCTGTGAC
AGCGATGGAGGAAACCTGCAACGTTAAGGGAGCGGCGGCGAAACAAGGAGAAGGGCTTAACAAG
TACTACCTCCAGCATCTCGATGAGCTCCAGCGCCTGCAACGCGAAAAGTCGTATAACCTTAATC
GTCTTGAAGCTCAGAGGAATGAACTCAATTCTCGAGGTCTCTTTTTCCTTCTCTAACTCTAATT
TTCATTGAATTTCTTTGCAAAGTTGGATCTTTTGATCATCTTCTTAAGTTTAGTAATCTCGAAT
TCCATATTAGGACTTTAGATTTCGTCTGGGTGCTTTAAATTTATAAATTGTTGCGGTGATTGTT
TGGATTGAGGGTTTCTGATCTTTTCCAGAACTGGATCTAAACTATGCTGCGCCTTGATTTTTAG
CATCACTAAGTTACCCTATTGAGATTTCTTCTTGATTCTGTTTGTGTTGAGTATGAATCAGCTT
CTGTCAATATTTGATTGTTTAGCAAAGTATGTAGTGATTGATACAATCGATGTATACTGCTGAA
CATTTTAAACCTTGTTGTCATTGTAAACTGAACAGTACGAATGCTCAGAGAAGAGTTACAGCTC
CTTCAAGAACCTGGGTCCTATGTGGGTGAAGTGGTAAAAGTGATGGGAAAAAACAAGGTCTTGG
TTAAGGTATGAATGTTTTTATCGTATTATCTAGATTGGTTTTTGAATTGTTTGCAATCATATGA
ACATTGATAGAATAATACTTTCCCATGTTTCAGGTTCATCCAGAGGGGAAGTATGTTGTCGATA
TTGACAAAAGTATAGACATAACGAAACTCACTCCATCAACGAGAGTTGCTCTCCGTAATGATAG
CTATGTTCTCCACCTGGTTCTGCCAAGTAAAGTAGATCCCTTGGTTAACCTTATGAAAGTTGAG
AAGGTTCCAGACTCCACATATGACATGATTGGTGGTCTTGACCAGCAAATCAAGGAAATAAAGG
AG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.839198241
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Philips et al., 2020