Detail information of 5_circ_ag.5


General Information
CircRNA Name 5_circ_ag.5
ID in PlantcircBase ath_circ_039369
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr5: 6753029-6757597  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI, SMALT, Segemehl
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT5G19990_circ_g.1 5_circ_ag.2 5_circ_ag.3 AT5G19990_circ_g.4 5_circ_ag.6 5_circ_ag.7 5_circ_ag.8 5_circ_ag.9 AT5G19990_circ_g.10 5_circ_ag.11 5_circ_ag.12 5_circ_ag.13 5_circ_ag.14 AT5G20000_circ_g.1 AT5G20000_circ_g.2 AT5G20000_circ_g.3
Support reads 12/3
Tissues siliques and seeds/root, inflorescences
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AGTACGAATGCTCAGAGAAGAGTTACAGCTCCTTCAAGAACCTGGGTCCTATGTGGGTGAAGTG
GTAAAAGTGATGGGAAAAAACAAGGTCTTGGTTAAGgttcatccagaggggaagtatgttgttg
atattgacaaaagtatagacattacgaaaatcactccatcaacgagagttgctcttcgtaatga
tagctatg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTCATCCAGAGGGGAAGTATGTTGTTGATATTGACAAAAGTATAGACATTACGAAAATCACTC
CATCAACGAGAGTTGCTCTTCGTAATGATAGCTATGTTCTCCACCTGGTTCTGCCAAGTAAAGT
AGATCCCTTGGTTAACCTTATGAAAGTTGAGAAGGTTCCAGACTCCACCTATGACATGATTGGT
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AATCGATGTATACTGCTGAACATTTTAAACCTTGTTGTCATTGTAAACTGAACAGTACGAATGC
TCAGAGAAGAGTTACAGCTCCTTCAAGAACCTGGGTCCTATGTGGGTGAAGTGGTAAAAGTGAT
GGGAAAAAACAAGGTCTTGGTTAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.835688512
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Lu et al., 2015;Chu et al., 2017