Detail information of 5_circ_ag.8


General Information
CircRNA Name 5_circ_ag.8
ID in PlantcircBase ath_circ_039372
Alias At_ciR292
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr5: 6753516-6758064  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI, find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT5G19990_circ_g.1 5_circ_ag.2 5_circ_ag.3 AT5G19990_circ_g.4 5_circ_ag.5 5_circ_ag.6 5_circ_ag.7 5_circ_ag.9 AT5G19990_circ_g.10 5_circ_ag.11 5_circ_ag.12 5_circ_ag.13 5_circ_ag.14 AT5G20000_circ_g.1 AT5G20000_circ_g.2 AT5G20000_circ_g.3
Support reads 9/95
Tissues leaf/root, leaf, aerial, inflorescences, whole_plant
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTTTAAATTTTATATAATATCTTTACTGGTTTATCAGGTCATTGAACTGCCAATCAAGCATCCT
GAATTGTTTGAGTCTCTTGGAATTGCGCAGCCAAAGggtgtgttgttatacggtccacctggaa
ctgggaagacactattggctcgggctgttgcacatcacactgactgtactttcataagagtttc
tggttccg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGTGTTGTTATACGGTCCACCTGGAACTGGGAAGACACTATTGGCTCGGGCTGTTGCACATC
ACACTGACTGTACTTTCATAAGAGTTTCTGGTTCCGAGCTTGTCCAGAAATACATTGGAGAAGG
TTCTAGAATGGTCAGAGAACTTTTTGTGATGGCAAGGTTAGTATATGGTAGTCCCTATTTTAAA
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GAAAATTGGACGGATTACAATTAAAATAAAATGTAATATTTTTCACAAATTGAAAAATAATAAA
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ATTGTAAACTGAACAGTACGAATGCTCAGAGAAGAGTTACAGCTCCTTCAAGAACCTGGGTCCT
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ATCGTATTATCTAGATTGGTTTTTGAATTGTTTGCAATCATATGAACATTGATAGAATAATACT
TTCCCATGTTTCAGGTTCATCCAGAGGGGAAGTATGTTGTCGATATTGACAAAAGTATAGACAT
AACGAAACTCACTCCATCAACGAGAGTTGCTCTCCGTAATGATAGCTATGTTCTCCACCTGGTT
CTGCCAAGTAAAGTAGATCCCTTGGTTAACCTTATGAAAGTTGAGAAGGTTCCAGACTCCACAT
ATGACATGATTGGTGGTCTTGACCAGCAAATCAAGGAAATAAAGGAGGTATGCATAGTGAAAGA
AACAAACGATACTAAAAGTCACTGGTTTCATGCTTTTAAATTTTATATAATATCTTTACTGGTT
TATCAGGTCATTGAACTGCCAATCAAGCATCCTGAATTGTTTGAGTCTCTTGGAATTGCGCAGC
CAAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.830626191
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015;Chu et al., 2017