Detail information of Zm00001d033850_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Zm00001d033850_circ_g.1
ID in PlantcircBase zma_circ_003690
Alias shoot_test_circ_002638
Organism Zea mays
Position chr1: 275839813-275844721  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   u-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene Zm00001d033850
Parent gene annotation alpha tubulin1
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d033850_circ_g.2 Zm00001d033850_circ_g.3 Zm00001d033850_circ_g.4 Zm00001d033850_circ_g.5 Zm00001d033850_circ_g.6 Zm00001d033850_circ_g.7 Zm00001d033850_circ_g.8 Zm00001d033850_circ_g.9 Zm00001d033850_circ_g.10 Zm00001d033850_circ_g.11 Zm00001d033850_circ_g.12 Zm00001d033850_circ_g.13 Zm00001d033850_circ_g.14 Zm00001d033850_circ_g.15 Zm00001d033850_circ_g.16 Zm00001d033850_circ_g.17 Zm00001d033850_circ_g.18 Zm00001d033850_circ_g.19 Zm00001d033850_circ_g.20 Zm00001d033850_circ_g.21
Support reads NA
Tissues shoot
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-TA
Number of exons covered Zm00001d033850_T001:4
Zm00001d033850_T004:2
Zm00001d033850_T016:1
Zm00001d033850_T005:2
Zm00001d033850_T020:1
Zm00001d033850_T010:4
Zm00001d033850_T007:2
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Zm00001d033850_T017:1
Zm00001d033850_T003:4
Zm00001d033850_T022:1
Zm00001d033850_T014:3
Zm00001d033850_T019:1
Zm00001d033850_T009:5
Zm00001d033850_T023:1
Zm00001d033850_T013:3
Zm00001d033850_T015:2
Zm00001d033850_T011:4
Zm00001d033850_T006:2
Zm00001d033850_T008:1
Zm00001d033850_T002:3
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GCCGGCCGCCGCTCCACCCGTACGACGACACCATGAGGGAGTGCATTTCGATCCACATCGGCCA
GGCCGGTATCCAGGTCGGAAACGCGTGCTGGGAGCTgcccagcaccgcagaggcgcagagacag
gcgtcttcgtactcgcctatctccgcgactcaaagcttcttccatttcctaccgccgccgctgc
agctccac
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GCCCAGCACCGCAGAGGCGCAGAGACAGGCGTCTTCGTACTCGCCTATCTCCGCGACTCAAAGC
TTCTTCCATTTCCTACCGCCGCCGCTGCAGCTCCACCCCATTCCGTCGACACCATGAGGGAGTG
CATCTCGATCCACATCGGCCAAGCCGGTATCCAGGTCGGAAACGCGTGCTGGGAGCTCTACTGC
CTCGAGCATGGCATTCAGGTAACGAGCTGTCCAATTCCTCTTCCATTCTCGCACTGTTAGGTTA
GATGTGTAATCGGTATGGGACTTCCGTCGCTGATGCGTGCTGTATTCGGTGGGACTAAATCGGG
GGAGGAAATGGCATTTCAAATCGGTAGATCTGTAGGGATCTGGCTGTATGTGATGGTGGCTGCC
CAGATCCGCGTTTGTCAGGTCTGATCCGTATATATGGTGAGATGGTGTCTGATCGAGGTTCGGT
TGTTTTTATCTGGATTTTTGGATAGAAAACTCGAATGGCGATTAGCCGAAATTGCGCATTATTT
TCCATGATCCAATGAATTTAGTAGTTATGTATCATATTTGTTGTTAATTTATGCCTATACGTGT
GTTAGGTGTGAGTGCCCTGAAATCGTTTAAATGCACAGGCATTCACGATCTGTAAATTTTCATA
GGCCAAGTTCCTATTGCATGCCTATACCTTCGATTCGATGTACGGTTACAGAGTTAGTATACTT
AATGTTAATTGATGTACAATACATCTATTCGTACTGTTAGAGCATCTCCAACAAGGAGCTCTAA
AATAGAGCCCTAAAAGTTAAAATAGGACCGTATTTAAAGTGTGTTTAGGATTACTCCAACAGTT
AGGCCTTAAATAATTCTATTTAGGAAATAAATCACGTTATTAGGAAATAAATAGTTGTAGACTA
AGAGGAAAGGAGGATAGGGCTCCAACGGTGTACTATATTTAGGACCCGAGAGACCGAGCCCTAT
AATCTTTTGATGATTTTTTATAAAATAGGGCTACTGTTGGAGAGCGTTTTATAATCCCACACCC
TATATTTCAAAATACAGCCTTGTTTAGACTATCTCCAGCGTGTAGTGTTAAATAGGAGACGCGG
AACTGTAGACTGTTTGACACTGTTTGCATAGTGAAATTTGAATTTTGAAATAGTGGATGTGATA
GGAGATAGAATTGGGGATCTGCTGGAGATAGCCTAGGGCCCCTTTTGGAGATGCTCTTAGATCT
GCAAAAAAATATGAATACGCATCAGCATTAGACGCCTTGACCCAATTGCCTTTTGCTGTTTAGA
TCTGTTAGAAAGATTATATATACAGGAATGCTGTTATACTAAATTGCTTTTGTCCTAGTTGTTA
TTAGCTTTATGTAGGACTAAATGCTGTTCACATATCCGAAGTGTTTGCAATCATGGATTTAATC
ATGGCTCCTTAGGACAATTGAAATTTCGAATTGTGTTTAGGGGTGGTAATGGACTCTAGATTTT
ACACTAAAATTTAAGGATCGGGCTCTAATCCTATTCATTTTTGAATTAAAATTATTTAAGGGCC
CTAACTTTTTATGAAGAAGCGTTTGGATCGTGATCCATTACCACCCCTAATTGTGTGTCATGGT
TTGAAATATGTCCATTCAGGCATGTGTTACCTTAAGATTATGCGTCTGTCTGGTGTACTAGTGT
AGGTGGCATGCAATTTTTTTTACACAGACTGCTTATGTTCTCCTTTTGTAAGGGCCTGTTTGGA
AGCTCCCAGTTTTTAAGAAACTGGTTTATAGAATTAGAGGTGGTTCCAAACATACCAGTTTATG
TCTCAGTTTATAGAAATTGATTGTCAGTTCCTTAAAAACCAATAAGCTATCAAGCTAGTCTCTC
CTAGCTAAAAGATAAAAACCAGTTTCTTAAAAACTGGATTGCTTCCAAACAGGACCTAATTGGC
ATAAATAACACTGCTACATTTGTATTTTGTTCAGGCCGATGGTCAGATGCCCGGTGACAAGACC
ATTGGGGGTGGTGATGATGCTTTCAACACCTTCTTCAGTGAGACTGGTGCTGGGAAGCACGTCC
CTCGTGCTGTTTTTGTTGACCTTGAACCAACTGTCATCGATGAGGTGAGGACTGGCACCTACCG
CCAGCTCTTCCACCCTGAGCAGCTTATCAGTGGCAAGGAGGATGCAGCCAACAACTTCGCCCGT
GGTCACTACACCAGTAAGTAACCTGATCTGACTGTCAGTTTACAATGCTCCTGGATATTTGCTT
TGTAATGAACATCTTATTTAAACTTGATTGCTTGTCTTGCAGTTGGCAAGGAGATTGTTGACCT
GTGCCTTGATCGCATCAGGAAGCTTGCCGACAACTGCACTGGTCTCCAGGGCTTCCTCGTCTTC
AACGCTGTTGGCGGAGGAACAGGCTCTGGCCTTGGTTCCCTCCTCCTGGAGCGTCTGTCTGTTG
ACTACGGCAAGAAGTCTAAGCTTGGTTTCACTGTGTACCCATCCCCCCAAGTTTCGACCTCAGT
GGTTGAGCCATACAACAGTGTCCTGTCCACCCACTCCCTCCTTGAGCACACTGATGTGGCTATC
CTGCTGGACAACGAGGCCATCTATGACATCTGCCGCCGTTCCCTTGACATTGAGCGCCCAACCT
ACACCAACCTCAACAGGCTTGTGTCCCAGGTACTGTCTTGGTTTACAGCCTAAGCATTAAGTAA
ATGGTCTGTAATCTGGGCTTTTCTCTTTAACCATCAGTTGTTCCTGTCGTTGTACAGGTCATCT
CATCCCTGACTGCCTCCCTGAGGTTCGATGGTGCTCTTAACGTGGATGTGAATGAGTTCCAGAC
CAACTTGGTGCCCTACCCGAGGATCCACTTCATGCTTTCCTCCTATGCTCCAGTCATCTCTGCT
GAGAAGGCCTACCACGAGCAGCTGTCTGTGGCCGAGATCACCAACAGCGCCTTCGAGCCATCCT
CCATGATGGCCAAGTGCGATCCCCGCCATGGTAAGTACATGGCCTGCTGCCTCATGTACCGTGG
TGATGTGGTCCCCAAGGATGTGAATGCTGCTGTGGCCACCATCAAGACCAAGCGCACCATCCAG
TTTGTGGACTGGTGCCCAACTGGCTTTAAGTGCGGCATTAACTACCAGCCTCCAAGTGTGGTGC
CTGGTGGTGACCTGGCCAAGGTGCAGCGCGCTGTGTGCATGATCTCCAACTCCACCAGTGTTGT
GGAGGTGTTCTCCCGCATCGACCACAAGTTCGACCTCATGTACGCCAAGCGTGCCTTCGTGCAC
TGGTATGTCGGTGAGGGTATGGAGGAGGGCGAGTTCTCTGAGGCCCGTGAGGATCTGGCAGCGC
TCGAGAAGGACTACGAGGAGGTTGGTGCTGAGTTTGATGAGGGTGAGGAAGGTGATGATGGTGA
TGAGTACTAGAAGTATCCTGATGCGGTCATCGTCAGGCTTGTGTGCTGCTCTTGTCCCCGTTGT
GGTTTGCAACACCTGATGTTGTAAGACTTTCTGGTTATGTCCGCCCCGCTGTGCCACTGGGTTA
TTAAGAACGTCGTTATGGATGGTTGTCTACACTACATTATTGCTTCTCGATATTGGAAAACTGT
TATGCGCCTCGGTGGATTGTGTTGTTGTCGTAATGTCATCACTCATACGCCGCTGGGAATTTTG
AGGCCTGTCAAGCATCAGGATTGCGTTATGAGTTAAATGCTTCAGCGACGTTTAAACTTGTCTA
AGGTGCCATCTAGATCATGAACTTGTCAAGGGTTGCCACTTAGATCATGAACTTCGTAAATATG
TTTTTGGATCCAAAATATGTTTTTGATCCTTAAGGGTGTGTTTGGTTGAATGTATAAGAAGGGA
TGAAAGAGGAATGTCATAATTTCTATAGTGTTTGGTTGAGAGACAAGTGAGGACGAGATAAATA
CCTAAGAAGGGATGAAAGAGGAATGCCACAATTTCTATAGTGTTTGGTTCAGAGACAAGTGACA
ATTTCTATAGTGTTTGGTTGAGAGACAAGTGAGGGCGAGTAAATACCGCAATAATTTTTTGGTG
GCACCGAATTTTTGTGAAGTTGTATACATTTTGGACACCAATAGAAAATAGAATTAAAAAAATA
TAAAACTGGTGTCATTTAAATCAGTGTCACGTTATTAAAATTTAAAACTATCAACTAAAATTGT
CTAATGGATTATTTATGTGGTTTTGTAAAGTTGTGGAGATTAAACAACCAGTTTTGAAGATAAG
TAAGTGAAATAGTCAAATATAAAACTAGGTTAAGAATTTAGGTACACTTACGACTAGTTTAGAT
GCCGCAAAATGGGTTAAATTTTTCTTCTTATTCAAAATTAAATAATAAGGTGAATTTAACTACT
CTAATTTCCTCTGTTTTTTTAACTCCCAAACTATCCCTTATTCGTAATAATAGGAAGCGGTGAC
AGTTTGGTGGTGAGAACTCAGGTATCAACAAAAAGAAATGTATTTTTGAAATATTTTGCTCGTA
ATGCCCTGCAAGGTTTCGATTTCCGTAGCCAGTACATGTCCGCTCTTGACCCAGGTACTGTGTC
ACGAACCAACCGACCGTTGAACGGACGTGGAGCACGAACCATTAAAACAATCAAAATCTCAGGG
GCTCAAACGAAAAAACACCGCCCCCTTCCCTCGCTTGCGCTGGCACTCCATCGTGGGCTCGTGG
CCCAGGCTGTCGTTCTGTTCTATAAAGCGAGACGAGTGGGAGCAGGCGTAACCCTAATTGAGCA
TCGCAGAGATAGGCGTCTTCGTACTCGCCTACCTCCGCGGCTCAAACCTTTCCCCCTTCTCCCA
ATTCCTTCCGCCGGCCGCCGCTCCACCCGTACGACGACACCATGAGGGAGTGCATTTCGATCCA
CATCGGCCAGGCCGGTATCCAGGTCGGAAACGCGTGCTGGGAGCT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.082447738
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Tang et al., 2018