Detail information of POPTR_0016s03080_circ_ag.2


General Information
CircRNA Name POPTR_0016s03080_circ_ag.2
ID in PlantcircBase pop_circ_003823
Alias Chr16:1740666-1745411
Organism Populus trichocarpa
Position chr16: 1541657-1546452  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI2; circRNA_finder
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0016s03080_circ_ag.1 POPTR_0016s03080_circ_ag.3 POPTR_0016s03080_circ_ag.4
Support reads 5,3,3
Tissues leaf; cambium; xylem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGTCATAGCCGCCGATTTTAACAGTAGTACTGGCACGATGAGGTAGCATCAGTGGTGTTGGTGG
GTGCAACCTCAGCGATTCCTTGACTACAGCTTGCAGggtaagggagatttgggaaatctgcttc
agtcatgacacgttcgaacccaaccactcggtctagctcatcttgagccttctgttgaaccctt
gggttctt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTAAGGGAGATTTGGGAAATCTGCTTCAGTCATGACACGTTCGAACCCAACCACTCGGTCTAG
CTCATCTTGAGCCTTCTGTTGAACCCTTGGGTTCTTGATTAGCTCAGCCATTGCCCACTCCACT
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GATGACCGATCATAGACGTGACCAGATTGATGGCAAGCTGTGCACCAGGGCACACCCTTCTTCC
AGCGCCGAATGGAAGTAGCCTGAAATCATGACCCTTCATGTCGACATCCTCCTCAAAGAACCTC
TCCGGCCGGAACTCTAAAGGGTTCTTCCACAAAGCTGGATCACGAGCCACAGCCCATACGTTTA
CGTGAACAACTGATCCCTTAGGGATGTCATAGCCGCCGATTTTAACAGTAGTACTGGCACGATG
AGGTAGCATCAGTGGTGTTGGTGGGTGCAACCTCAGCGATTCCTTGACTACAGCTTGCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.110757567
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Song et al., 2020