Detail information of POPTR_0016s03080_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name POPTR_0016s03080_circ_ag.4
ID in PlantcircBase pop_circ_003825
Alias Chr16:1740996|1745740
Organism Populus trichocarpa
Position chr16: 1541987-1546781  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0016s03080_circ_ag.1 POPTR_0016s03080_circ_ag.2 POPTR_0016s03080_circ_ag.3
Support reads NA
Tissues stem cambium
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   CT-CA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTCATTTAACAGCAAAAACGAAATCACCAAATTGTTTTAAGATTTTGAGGCGAAACGTGCATTC
ATTCATACCCATAGGAGACCAGCAATTGTAACCTCActgaggtcatatttttcttgcagtgtta
gcaatgcatcaacaaaatgattcttgaccccaccacttttcttgcgtgcattgttatgttcctc
catgatag
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTGAGGTCATATTTTTCTTGCAGTGTTAGCAATGCATCAACAAAATGATTCTTGACCCCACCAC
TTTTCTTGCGTGCATTGTTATGTTCCTCCATGATAGATCTAACCAGCCTGTCTCGACGAGCATT
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TGATCCCTTAGGGATGTCATAGCCGCCGATTTTAACAGTAGTACTGGCACGATGAGGTAGCATC
AGTGGTGTTGGTGGGTGCAACCTCAGCGATTCCTTGACTACAGCTTGCAGGTAAGGGAGATTTG
GGAAATCTGCCTCAGTCATGACACGTTCGAACCCAACCACTCGGTCTAGCTCATCTTGAGCCTT
CTGTTGAACCCTTGGGTTCTTGATTAGCTCAGCCATTGCCCACTCCACTGTGATTGCTGTTGTA
TCCATGCCAGCAGTAATCATGTCCTGCACAAATTATTAGGTGCGAGTTTAATTAGGCCATAATC
AGTCATAGCTCGTCGACCGATGATTCATTTAACAGCAAAAACGAAATCACCAAATTGTTTTAAG
ATTTTGAGGCGAAACGTGCATTCATTCATACCCATAGGAGACCAGCAATTGTAACCTCA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.118394527
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zheng et al., 2020