Detail information of POPTR_0016s03080_circ_ag.3


General Information
CircRNA Name POPTR_0016s03080_circ_ag.3
ID in PlantcircBase pop_circ_003824
Alias Chr16:1740769|1745513
Organism Populus trichocarpa
Position chr16: 1541760-1546554  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0016s03080_circ_ag.1 POPTR_0016s03080_circ_ag.2 POPTR_0016s03080_circ_ag.4
Support reads NA
Tissues stem cambium
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   TA-AT
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AAGGGAGATTTGGGAAATCTGCCTCAGTCATGACACGTTCGAACCCAACCACTCGGTCTAGCTC
ATCTTGAGCCTTCTGTTGAACCCTTGGGTTCTTGATtagctcagccattgcccactccactgag
attgctgttgtatccatgccagcactgatcatgtcctgcacaaaatattagatacaagtataat
taaaccct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TAGCTCAGCCATTGCCCACTCCACTGAGATTGCTGTTGTATCCATGCCAGCACTGATCATGTCC
TGCACAAAATATTAGATACAAGTATAATTAAACCCTAATCAGTCATAGCCAGTCAACCAAAGAT
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GTCGACATCCTCCTCAAAGAACCTCTCCGGCCGGAACTCTAAAGGGTTCTTCCACAAAGCTGGA
TCACGAGCCACAGCCCATACGTTTACGTGAACAACTGATCCCTTAGGGATGTCATAGCCGCCGA
TTTTAACAGTAGTACTGGCACGATGAGGTAGCATCAGTGGTGTTGGTGGGTGCAACCTCAGCGA
TTCCTTGACTACAGCTTGCAGGTAAGGGAGATTTGGGAAATCTGCCTCAGTCATGACACGTTCG
AACCCAACCACTCGGTCTAGCTCATCTTGAGCCTTCTGTTGAACCCTTGGGTTCTTGAT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 1.052507284
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zheng et al., 2020