Detail information of BGIOSGA033127_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA033127_circ_igg.1
ID in PlantcircBase osi_circ_008510
Alias Chr10:19513065_19517112(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr10: 16549258-16553300  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   igg-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing BGIOSGA033127_circ_g.1 BGIOSGA033127_circ_g.2 BGIOSGA033127_circ_g.2 BGIOSGA033127_circ_g.3 BGIOSGA033127_circ_g.4
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GAGAGTATATTAGATTGTCCATGGAAGAAGATGGTGAAGATGCTTCAAATGGAAGTGGTGATGT
GTGGGATGAATCGCTTGAAGCTCCATTTTGAAATATggtgaactctttgattgaagatgcaaaa
gctggtgctacattgaatgttactgggagctctgctagcacaaatgctgcttcaagtggttctt
tgccatca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTGAACTCTTTGATTGAAGATGCAAAAGCTGGTGCTACATTGAATGTTACTGGGAGCTCTGCT
AGCACAAATGCTGCTTCAAGTGGTTCTTTGCCATCAATGTTTCCGGCTGGTAGTGCTCCTCCCC
TTTCTCCTAGAAGCACTTCTGGCTCCCCCCGTGTTATGAGGCGAGGATCTGGAGCTGGACCATC
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CTGTTTAATTTCGAGTGCAAATGTGTGGTGGAACCAGCTATTGTCCTGTTTTATGTCCAGGCAT
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ATGGGGCTAGCAAGGAGCTTGCCTATTGAGTTTTGCCTTACAGTGGCTTTAATATTGTAGTATA
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GGGACTTAAAACGGTGTAAACTCTCAGGGAATATATTCAACATCCTATTCAATCTCAACAAATT
TATGGCATTTGAAACTCGTGATCCATTCCTCATTCGCCAGGTGATCACAACTTCTTGCCATAAA
GCAGTGAATTCACTGTTAATCATCTAAATAACAAGTTGGATCATCTTTTTATTTCAGGAACGTG
AAAATCCAACTTTAACCGAGTGGGATCGGTTCGCACATAGAGAGTATATTAGATTGTCCATGGA
AGAAGATGGTGAAGATGCTTCAAATGGAAGTGGTGATGTGTGGGATGAATCGCTTGAAGCTCCA
TTTTGAAATAT
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_007102
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021