中美植物与健康医学联合研究中心

中心介绍

中心简介

        中美植物与健康医学联合研究中心 (简称“中心”) 于2017年9月由浙江大学空气污染与健康研究中心、浙江大学生物信息学研究所浙江大学作物科学研究所美国弗吉尼亚大学公共健康中心联合成立。依托浙江大学与弗吉尼亚大学在农学、医学、生物、信息、计算机等领域的雄厚研究力量,中心引入国内首套先进的3D离体细胞全烟气暴露毒理评价系统,建成国内首家模拟人体吸烟状态的烟气与健康研究平台。同时,中心还建成植物离体单细胞组学分析平台,为动植物癌症细胞进化和转移比较研究提供了重要工具;基于癌细胞进化规律和机器学习分析技术,研发成功了疑难癌症精准溯源技术(TOD-CUP),提供在线分析平台。我们努力打造集“大作物、大健康、大数据”于一体的国际一流植物与健康医学研究中心。

        研究方向
        •   农产品生物安全检测与风险评价
        •   植物跨界调控(人体内植物性来源非编码基因调控机制)
        •   植物“抗癌”机制(植物为什么不会得“癌症”?)
        •   动植物癌细胞进化与转移比较研究



团队介绍


                团队负责人

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樊龙江 教授

浙江大学生物信息学研究所执行所长,浙江大学中美作物分子育种联合实验室主任,浙江大学作物科学研究所教授,浙江大学空气污染与健康研究中心PI,浙江大学附属第一医院兼职教授。教育部新世纪人才,浙江省生物信息学会副理事长。其论文发表在Nature Communications、Trends in Plant Science、Bioinformatics 等期刊上。


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Michael Timko 教授

美国弗吉尼亚大学生物系Lewis & Clark Chair 教授,弗吉尼亚大学医学院公共健康系教授,浙江大学光彪教授,弗吉尼亚大学人类生物学重大项目负责人。其论文发表在Science、PNAS等期刊上。



                团队主要成员

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                合作团队

♦  浙江大学医学院 邵吉民 教授 齐宏妍 副教授
♦  浙江大学转化医学研究院 林伟强 副教授
♦  浙江大学附属第一医院 方维佳 主任 蒋微琴 副主任
♦  美国北卡中心大学
    North Carolina Central University, US
谢加华 教授
♦  德国基尔大学
    Kiel University, Germany
蔡大广 教授 Michael Kleine 教授
♦  德国PLANTON 生物检测公司
     PLANTON GmbH, Germany
Michael Kleine  执行总裁
♦  美国范德堡大学医学研究中心
    Vanderbilt University Medical Center, US
郭兴益 副教授
♦  美国安德森癌症中心
     MD Anderson Cancer Center, US
沈一飞 博士



新闻动态

        ➤ 浙江大学新农村发展研究院教师招聘启事(欢迎加入生物信息与大数据团队)

        ➤ Michael Timko教授报告癌症发生生物标记及其植物比较研究(2019-08-01)

        ➤ 樊龙江教授任《Frontiers in Genetics》副主编(Associate Editor)(2019-04-04)

        ➤ 樊龙江教授团队国际烟草科学研究合作组织(CORESTA)大会报告(2018-10-26)

        ➤ 美国俄克拉荷马大学健康科学中心主任李师博教授等一行访问中心(2018-09-29)

        ➤ 浙大附属第一医院李明定教授团队来访参观烟气安全生物评价平台(2018-05-23)

        ➤ 浙大附属第一医院方维佳主任来访指导烟气风险生物学评价(2018-05-16)

        ➤ 樊龙江教授应邀第五届全国计算生物学和生物信息学大会报告(2018-04-23)

        ➤ 全球知名统计软件公司SAS创始人John Sall博士来访(2018-04-10)

        ➤ 英美烟草(BAT)植物生物技术主管和顾问来访(2017-10-09)

        ➤ 陈曦讲师参加“农业健康与环境”组学大数据整合生物信息学研讨会并做大会报告(2017-08-07)

发表成果

➤ Genomic evidence of human selection on Vavilovian mimicry.Ye Chu-Yu, Wei Tang, Dongya Wu, Lei Jia, Jie Qiu, Meihong Chen, Lingfeng Mao, Feng Lin, Haiming Xu, Xiaoyue Yu, Yongliang Lu, Yonghong Wang, Kenneth M Olsen, Michael P. Timko, Longjiang Fan*.Nature Ecology & Evolution, 2019 .In press.(IF:10.97)

➤ Evidence for the role of the cecal microbiome in maintenance of immune regulation and homeostasis. Preeti Chhabra, Anthony J. Spano, Daniel Bowers, Tiantian Ren, Daniel J. Moore, MD, Michael P. Timko, Martin Wu, and Kenneth L. Brayman*. Annals of Surgery, 2018. doi: 10.1097/SLA.0000000000002930.(IF: 9.36)

➤ A naive Bayes algorithm for tissue origin diagnosis (TOD-Bayes) of synchronous multifocal tumors in the hepatobiliary and pancreatic system. Weiqin Jiang#, Yifei Shen#, Yongfeng Ding#, Chuyu Ye, Yi Zheng, Peng Zhao,Lulu Liu, Zhou Tong,Linfu Zhou, Shuo Sun, Xingchen Zhang, Lisong Teng, Michael P. Timko, Longjiang Fan*, Weijia Fang*. International Journal of Cancer, 2018. doi: 10.1002/ijc.31054. (IF: 6.21)

➤ PcircRNA_finder: a software for circRNA prediction in plants. Li Chen, Yongyi Yu, Xinchen Zhang, Chen Liu, Chuyu Ye, Longjiang Fan*. Bioinformatics, 2016. doi: 10.1093/bioinformatics/btw496.(IF: 8.86)

➤ Transcriptome sequencing reveals e-cigarette vapor and mainstream-smoke from tobacco cigarettes activate different gene expression profiles in human bronchial epithelial cells. Yifei Shen, Michael Wolkowitz, Tatyana Kotova, Longjiang Fan, Michael Timko*. Scientific Reports, 2016. doi: 10.1038/srep23984. (IF: 4.53)

➤ Regulation of nicotine biosynthesis by an endogenous target mimicry of miRNA in tobacco. Fangfang Li, Weidi Wang, Nan Zhao, Bingguang Xiao, Peijian Cao, Xingfu Wu, Chuyu Ye, Enhui Shen, Jie Qiu, Qian-Hao Zhu, Jiahua Xie, Xueping Zhou*, Longjiang Fan*. Plant Physiology, 2015. doi: 10.1111/pp.15.00649(IF: 7.02)



  



科研合作


3D离体细胞全烟气暴露平台




科学的实验设计

从细胞选择,烟气暴露参数,到细胞毒性检测
每一步都经过科学、缜密的设计,多次试验以保障研究结果高质量

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完善的生物信息学分析流程

多组学分析手段,全面评估烟气对细胞的影响

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典型结果实例展示

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细胞凋亡荧光染色检测

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代谢通路表达差异分析

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基因拓扑网络扰动值评价

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转移肿瘤环化RNA分析

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肿瘤特征基因聚类分析

学术前沿

➤ Excessive miR-25-3p maturation via N6-methyladenosine stimulated by cigarette smoke promotes pancreatic cancer progression. Jialiang Zhang et al., Nature Communications, 2019. doi: 10.1038/s41467-019-09712-x.(IF: 11.88)

➤ Spatiotemporal developmental trajectories in the Arabidopsis root revealed using high-throughput single-cell RNA sequencing. Tom Denyer et al., Developmental Cell, 2019. doi: 10.1016/j.devcel.2019.02.022.(IF:9.19 )

➤ Defining the developmental program leading to meiosis in maize. Brad Nelms and Virginia Walbot. Science, 2019. doi: 10.1126/science.aav6418.(IF:41.04 )

➤ Human genome-wide repair map of dna damage caused by the cigarette smoke carcinogen benzo[a]pyrene. Wentao Li et al., Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017. doi: 10.1073/pnas.1706021114.(IF:9.58)

➤ Mutational signatures associated with tobacco smoking in human cancer. Ludmil Alexandrov et al., Science, 2016. doi: 10.1126/science.aag0299.(IF: 41.04)

➤ Walls around tumours —why plants do not develop cancer. John Doonan and Robert Sablowski. Nature Reviews Cancer, 2010. doi: 10.1038/nrc2942.(IF: 50.52)



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陈曦博士

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