Detail information of A01_circ_ag.4


General Information
CircRNA Name A01_circ_ag.4
ID in PlantcircBase ghi_circ_000027
Alias ghi_circ_000009_byXiang
Organism Gossypium hirsutum
Position chrA01: 5987406-5992144  JBrowse»
Reference genome v1.1
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing A01_circ_ag.2 A01_circ_ag.3
Support reads 677/89
Tissues root/stem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACGATTTTAGCTACTACAAGCTAGAAGGAGTGAACCATTTCATGAGCCAGTACAATGAAGGAGA
AGGGATAAAGGAGAGTGATTGTGGGAGGAAATGCACctctgattgcaagtgtttggggtacttt
taccacagggaaacatccaaatgttggatcgctaatgagttgaaaacccttgctaaaacctcta
actcttcc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTCTGATTGCAAGTGTTTGGGGTACTTTTACCACAGGGAAACATCCAAATGTTGGATCGCTAAT
GAGTTGAAAACCCTTGCTAAAACCTCTAACTCTTCCCATGTTGGTTATATAAAGGCACCCAACA
AGTGACGGGAATCCTATTAAGTATTTGTACTTTTTCCTCTGTATTTTCCAGTTTCTTTATTGTA
AGCTAATAAGTATTTGTAAGTTTGAATTACAAATTAAAGTTTTATTTAAAAGTATCAATCAAGT
GTATTTGTAGTCAATAAACTCAATTCGAAATGCATTGAGTGGATCAAGTGCAAGTTCTCATGGC
TCTTCTCTTTTGGCGCATAAACGAATAGACAGAATGGTACAGAATAGTAAAGGAACTCTGTAGT
GTTCCCAGAATAGGAAAACTATTTTTGTTAATCAATACTTATTTTTCTTAAAATCTTAAATTAA
ATTAAATTAAATTGATACCATTAACTTGAAATATCGTGATCTAAAATTTCTATATTGCATCATG
CTTTGATTGGTATTATCAATATAATATTGAGAAAAGGGGATGGAAGATAACAGAATTTAAATTC
ATATAATTTAAGTGCTTGTGAGAAGCTTTCATTATTGCTCTAAATATCTGTTGGTTTAGTTGAT
ATGATCAAACGTTGAAAAAAATTTTATTTTTTTAAGGAATTTATCGAAGTGAATTAATCCTTCA
TATTATGTAAGTTTATTAAGAGATTAAATATTAATCACGATTTTTAAAGGTGCTTTATACTTAG
GACAAGTACCAAAACCTTAATCATTGATGAAGGTAGGAGAAAATTTTATATCTTCCCTAAACAA
TTGGAATATATTTAAATTGTGAAGTTGAAATATGAAAGCAATTAATAGCTAAAATTTTGTTACC
AGATACAGCGCAATCTAAACCACAAGCGAGGGTCCCGTAGAGATGCTTTGTTGCCTTATCTTCC
AACCGGCCCGCCATTTAGATGTAATTGCACCACAGCTAAGCTTGATGTCTTCAAGACTTTCAAA
GCCGTCACAAAAGACTCAAACCAACGGTGGCTTGCTCGTGTTTATCCATTACAATATCTCCTAA
CACTGAAAAATTAGTAAAGTATATTTTTATAAATAAAGTAATTATATTATTATGAAGGTATTTG
TATTTTTTTATATTTTTATATAAAATTAATATAAATTTAATTACGATGAAATTTGAATTCATAA
TATAATGAATTTTAAATATTTAATTTTATTTTTTAAATCACATATAATTTCTACCTCAAGTTTT
AATAAATATATTATTGTTACATAAATCGTGGGTATGACTTAATTTAATAAATTGTTAAATAACT
TATGAACATCTCTTTTATCACTAAAATTTTAAACTAAAAGTGAATAATTTATTTACCTAAATAA
ATATAAATGTGTAGTTAAGGTTTAGTGCAGGGGCTTTGGCCTCCTAAAAATTAGAAAATTAAAA
TTCTAGTTCTCTGTAAATGATCAAATTATAAATTAATATAAGGGAAAATTCTGCTTTGGTTTTC
TAAAAAATTTCCGAATTCACCCCTAGTTTAGGGCATTATTTTCATAAACATATTGAATTAGTTA
ATTAGATCAGTTGAACCGAGAATCAACTGAAGTAGTACTAAATACACAAATCATCATCTATACC
TATACCAAAATTATTTTTATCAGATGCACTAACATTGAAAACTATTTTTTTTCACAAGTAAGTT
GGTGGTGGTGACAAATGTCTCATTTATTTAATTTTTAAAAAAAATTAAAACTATTCAAAAGATA
CTCATCATCATGGTAAGAATACAAGTGAATTTATGATAAACTAAATAATTATCTATTACTTATT
GGTCGATTGAATTGATGCCACGAGATGAAAATCACTTATAAATAATTATAAGACACGTTAAAAT
ATACATATAGTGACCTAAACCTAAGAGACACTACTTTAGTTTCCTTGCTGAACTTCAAAACTTT
ATTTGCTTGCCAGTAAATATAGATAAAAATAATAATACAAGTAGGATATGATATGATTGGTTAT
CCCCACGATTGTAGATATAAATTTTGTTTTACAATTAAAAATATAGAAAGGAAGATCACTTAGA
CACACTACGTGTCCCAGCTTGCCTTTACGCAAAATGATAATGAATTTATTTATTAATGTTTTGA
TGACCAAGTTTTTCCATAATCTTGACCTCTTAATAAATAATTTACATGATGCTGACCCTCTAAA
TTTAACTAATTAAATCCTATTTATTTATCAATATTTTATAAATCTTAAAACATGACAAATTATG
AAATAATCTAACAGAGACATGCACGTAACCATAGGGTTTATAAGAACTGTCTTGTCTGTAGCAA
ATTGAAGAAACGTTTTTTGGCGTCTCACCTTCTAAATTATGTCGTTTTATTATAGTATAAATGA
TTGATGCTTTAGCTTTGATTTTTGTTTTCCCTTTTATAGGAATATTAAAATGCCAAGTGTAGAT
AATGCAAGACAGGAAATGACAGCGGGTGGGCCTAGAATCCTGAAATTATTTTGGTCAAGCAAGG
CCCTTGTAATTATTAATTGAGCAGCCAACTTTTGCCAAACTATTAAAGTTGAGGTCTTATTCTT
CCTCCACTCCCTGTAATATCGAGAACTTTAAATTTAAGTCCTACCTTTCATACTAGTCCCTTTA
CTTGTTTGTTTGAAAATTAAAGTACAATTGATGACACTTTTATTGAATTTGAGTTATCAATTGG
ACTTCATTCAATTTTTAAATCAGACTTTTGATTTTTTTTTAAGTTTTACTATTACAAATACAAT
ACAAGTACAAATATATGTCCGATCAACTATAATATAGAATCAAACCAACACAAAGGCAAAACCC
TCACATGGTAAATGTGTATGGTGAGACAAGAGACTCATTGCAATTATGCATGATGAACTCAAAC
TTGGGTATTCAAATTTAAAGAAATTTCATTAATACTATTATCAATTAAACTTTAAATTTTAAGT
TAAACAACCGGAGGGATTTAATTTTTGGAGCTAAAGACATAGGGATTAAATTTTAAAGGTCTTA
AGATTACACAGACTGTGGGGAGAATTAAACCAAAATTTAATTACTCTCTTTTCAATCGACTTAA
ATATTTAGCCTAAGTCAATCCTAATCCTAAATTTAAGAGAAGCTAATTAAACATTTAAATGGCT
TACTTCTGAAGGGAAAATTGTTCAGTCGGCGGTGCAATTCGAAGAATAATTATAGTTCCATTGT
AGCAGCCTCTGCTTTAACTTGGCTGACCAGATTTTGGAATATCAACATCGATTGCACCTAAGAT
AATATAAGGTCAAAATCATTGTGGATCAGATTGATATCTTCTAGTAGAAGGCAAAGATTGTGTT
TTTTTTTTCAAAATATTTTTGAAAACCCAATTTTTTAATCTCATGAATCTATTTTATTATACCT
TTGATGGTATGCAATGTGCCTTCATTGAATCCTTATAAATAGACCATGCTTGGTTGCTCCATCT
CCATATCATCAAAGCTACCATATCCAAAAATGTCTCTTTACCCTTCTCTCACCATGTCATTGCT
GTCTTTTTCCTTGTTGTTGCTGTTTGCTTTTAGTGCCAAAGCTGTTGTTCCCCCATCTGAAACT
TTTAGGTTTGTCAACGAAGGGGAATTTGGGCCTTTTATTGTTGAATATGGTGCAGATTACCGTG
TCATAAGCATAGCTAATGCCCCCTTCCAGCTTGCGTTTTATAACACCACCCCTAATGCCTTCAC
CCTTGCGTTACGCATGGCTACAACGCGTTCGGAGTCGCTCTTCCGATGGGTTTGGGAGGCCAAC
AGGGGGAACCCTGTTCGCGAGAACGCCACGTTCTCTCTCGGGACTGACGGGAACCTTGTCTTGG
CTGATGCCGATGGTCGGATTGCTTGGCAAAGTAACACTGCCAACAAAGGTGTGGTAGGGTTCCA
ATTGTTGCCTAATGGTAACATGGTGTTACACGATTCCAATGGCAAGTTCATTTGGCAAAGTTTT
GATCATCCAACTGATACACTCTTGGTGGGTCAGTCGCTTAGAGCCGGAGGGGCGACGAAGCTTG
TGAGTCGGGCTTCTGCTCAAAACAATGTCAACGGAGCCTATAGCTTGGTGATGGAGCCTAAACA
GTTGGTTTTGCAGTACAAGGGAATGAACTCTCCTAAACCACTTGTCTACTTCAAATCATCCGTT
TGGCCAAGTACACAAGATGGTACTTTACAAACTGTGACACTAAATGTCGAGGAAACAAATGATG
GTTTTGCTTATGACGTTTTGTTAGACTACACAGCGGCTAACTCGGCCATCGGGACCGGAAATCT
CATCTTGATAAGGCCGAAATATAACAGCACATTGTCGATTCTTCGACTCGGGATCGATGGAAAC
CTGAGGGTTTTTACCTACTATGACAAGGTTGATTCACAAGCATGGGAAGAGACTTTCACTCTCT
TCTCTAGGGACTCAATATGGGGCAATGAATGCGAACTGCCGGAGAGGTGTGGGAACTTTGGACT
CTGTGAGGAGAACCAATGCGTTGCTTGCCCGTCACCAAACGGATTACTCGGTTGGAGCCAGAAT
TGTCAGCCGAAGAAGGTGAACTGTAGACCGAACGATTTTAGCTACTACAAGCTAGAAGGAGTGA
ACCATTTCATGAGCCAGTACAATGAAGGAGAAGGGATAAAGGAGAGTGATTGTGGGAGGAAATG
CAC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Xiang et al., 2018