Detail information of A01_circ_ag.3


General Information
CircRNA Name A01_circ_ag.3
ID in PlantcircBase ghi_circ_000026
Alias ghi_circ_000008_byXiang
Organism Gossypium hirsutum
Position chrA01: 5987290-5992028  JBrowse»
Reference genome v1.1
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing A01_circ_ag.2 A01_circ_ag.4
Support reads 29/22
Tissues root/stem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GAGGTGTGGGAACTTTGGACTCTGTGAGGAGAACCAATGCGTTGCTTGCCCGTCACCAAACGGA
TTACTCGGTTGGAGCCAGAATTGTCAGCCGAAGAAGgtgaattgtaggccgaatggtttcagct
actacaagctagaaggagttgaccatttcatgagccagtacaacgaaggagaagggataaagga
gagtgatt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTGAATTGTAGGCCGAATGGTTTCAGCTACTACAAGCTAGAAGGAGTTGACCATTTCATGAGCC
AGTACAACGAAGGAGAAGGGATAAAGGAGAGTGATTGTGGGAGGAAATGCACCTCTGATTGCAA
GTGTTTGGGGTACTTTTACCACAGGGAAACATCCAAATGTTGGATCGCTAATGAGTTGAAAACC
CTTGCTAAAACCTCTAACTCTTCCCATGTTGGTTATATAAAGGCACCCAACAAGTGACGGGAAT
CCTATTAAGTATTTGTACTTTTTCCTCTGTATTTTCCAGTTTCTTTATTGTAAGCTAATAAGTA
TTTGTAAGTTTGAATTACAAATTAAAGTTTTATTTAAAAGTATCAATCAAGTGTATTTGTAGTC
AATAAACTCAATTCGAAATGCATTGAGTGGATCAAGTGCAAGTTCTCATGGCTCTTCTCTTTTG
GCGCATAAACGAATAGACAGAATGGTACAGAATAGTAAAGGAACTCTGTAGTGTTCCCAGAATA
GGAAAACTATTTTTGTTAATCAATACTTATTTTTCTTAAAATCTTAAATTAAATTAAATTAAAT
TGATACCATTAACTTGAAATATCGTGATCTAAAATTTCTATATTGCATCATGCTTTGATTGGTA
TTATCAATATAATATTGAGAAAAGGGGATGGAAGATAACAGAATTTAAATTCATATAATTTAAG
TGCTTGTGAGAAGCTTTCATTATTGCTCTAAATATCTGTTGGTTTAGTTGATATGATCAAACGT
TGAAAAAAATTTTATTTTTTTAAGGAATTTATCGAAGTGAATTAATCCTTCATATTATGTAAGT
TTATTAAGAGATTAAATATTAATCACGATTTTTAAAGGTGCTTTATACTTAGGACAAGTACCAA
AACCTTAATCATTGATGAAGGTAGGAGAAAATTTTATATCTTCCCTAAACAATTGGAATATATT
TAAATTGTGAAGTTGAAATATGAAAGCAATTAATAGCTAAAATTTTGTTACCAGATACAGCGCA
ATCTAAACCACAAGCGAGGGTCCCGTAGAGATGCTTTGTTGCCTTATCTTCCAACCGGCCCGCC
ATTTAGATGTAATTGCACCACAGCTAAGCTTGATGTCTTCAAGACTTTCAAAGCCGTCACAAAA
GACTCAAACCAACGGTGGCTTGCTCGTGTTTATCCATTACAATATCTCCTAACACTGAAAAATT
AGTAAAGTATATTTTTATAAATAAAGTAATTATATTATTATGAAGGTATTTGTATTTTTTTATA
TTTTTATATAAAATTAATATAAATTTAATTACGATGAAATTTGAATTCATAATATAATGAATTT
TAAATATTTAATTTTATTTTTTAAATCACATATAATTTCTACCTCAAGTTTTAATAAATATATT
ATTGTTACATAAATCGTGGGTATGACTTAATTTAATAAATTGTTAAATAACTTATGAACATCTC
TTTTATCACTAAAATTTTAAACTAAAAGTGAATAATTTATTTACCTAAATAAATATAAATGTGT
AGTTAAGGTTTAGTGCAGGGGCTTTGGCCTCCTAAAAATTAGAAAATTAAAATTCTAGTTCTCT
GTAAATGATCAAATTATAAATTAATATAAGGGAAAATTCTGCTTTGGTTTTCTAAAAAATTTCC
GAATTCACCCCTAGTTTAGGGCATTATTTTCATAAACATATTGAATTAGTTAATTAGATCAGTT
GAACCGAGAATCAACTGAAGTAGTACTAAATACACAAATCATCATCTATACCTATACCAAAATT
ATTTTTATCAGATGCACTAACATTGAAAACTATTTTTTTTCACAAGTAAGTTGGTGGTGGTGAC
AAATGTCTCATTTATTTAATTTTTAAAAAAAATTAAAACTATTCAAAAGATACTCATCATCATG
GTAAGAATACAAGTGAATTTATGATAAACTAAATAATTATCTATTACTTATTGGTCGATTGAAT
TGATGCCACGAGATGAAAATCACTTATAAATAATTATAAGACACGTTAAAATATACATATAGTG
ACCTAAACCTAAGAGACACTACTTTAGTTTCCTTGCTGAACTTCAAAACTTTATTTGCTTGCCA
GTAAATATAGATAAAAATAATAATACAAGTAGGATATGATATGATTGGTTATCCCCACGATTGT
AGATATAAATTTTGTTTTACAATTAAAAATATAGAAAGGAAGATCACTTAGACACACTACGTGT
CCCAGCTTGCCTTTACGCAAAATGATAATGAATTTATTTATTAATGTTTTGATGACCAAGTTTT
TCCATAATCTTGACCTCTTAATAAATAATTTACATGATGCTGACCCTCTAAATTTAACTAATTA
AATCCTATTTATTTATCAATATTTTATAAATCTTAAAACATGACAAATTATGAAATAATCTAAC
AGAGACATGCACGTAACCATAGGGTTTATAAGAACTGTCTTGTCTGTAGCAAATTGAAGAAACG
TTTTTTGGCGTCTCACCTTCTAAATTATGTCGTTTTATTATAGTATAAATGATTGATGCTTTAG
CTTTGATTTTTGTTTTCCCTTTTATAGGAATATTAAAATGCCAAGTGTAGATAATGCAAGACAG
GAAATGACAGCGGGTGGGCCTAGAATCCTGAAATTATTTTGGTCAAGCAAGGCCCTTGTAATTA
TTAATTGAGCAGCCAACTTTTGCCAAACTATTAAAGTTGAGGTCTTATTCTTCCTCCACTCCCT
GTAATATCGAGAACTTTAAATTTAAGTCCTACCTTTCATACTAGTCCCTTTACTTGTTTGTTTG
AAAATTAAAGTACAATTGATGACACTTTTATTGAATTTGAGTTATCAATTGGACTTCATTCAAT
TTTTAAATCAGACTTTTGATTTTTTTTTAAGTTTTACTATTACAAATACAATACAAGTACAAAT
ATATGTCCGATCAACTATAATATAGAATCAAACCAACACAAAGGCAAAACCCTCACATGGTAAA
TGTGTATGGTGAGACAAGAGACTCATTGCAATTATGCATGATGAACTCAAACTTGGGTATTCAA
ATTTAAAGAAATTTCATTAATACTATTATCAATTAAACTTTAAATTTTAAGTTAAACAACCGGA
GGGATTTAATTTTTGGAGCTAAAGACATAGGGATTAAATTTTAAAGGTCTTAAGATTACACAGA
CTGTGGGGAGAATTAAACCAAAATTTAATTACTCTCTTTTCAATCGACTTAAATATTTAGCCTA
AGTCAATCCTAATCCTAAATTTAAGAGAAGCTAATTAAACATTTAAATGGCTTACTTCTGAAGG
GAAAATTGTTCAGTCGGCGGTGCAATTCGAAGAATAATTATAGTTCCATTGTAGCAGCCTCTGC
TTTAACTTGGCTGACCAGATTTTGGAATATCAACATCGATTGCACCTAAGATAATATAAGGTCA
AAATCATTGTGGATCAGATTGATATCTTCTAGTAGAAGGCAAAGATTGTGTTTTTTTTTTCAAA
ATATTTTTGAAAACCCAATTTTTTAATCTCATGAATCTATTTTATTATACCTTTGATGGTATGC
AATGTGCCTTCATTGAATCCTTATAAATAGACCATGCTTGGTTGCTCCATCTCCATATCATCAA
AGCTACCATATCCAAAAATGTCTCTTTACCCTTCTCTCACCATGTCATTGCTGTCTTTTTCCTT
GTTGTTGCTGTTTGCTTTTAGTGCCAAAGCTGTTGTTCCCCCATCTGAAACTTTTAGGTTTGTC
AACGAAGGGGAATTTGGGCCTTTTATTGTTGAATATGGTGCAGATTACCGTGTCATAAGCATAG
CTAATGCCCCCTTCCAGCTTGCGTTTTATAACACCACCCCTAATGCCTTCACCCTTGCGTTACG
CATGGCTACAACGCGTTCGGAGTCGCTCTTCCGATGGGTTTGGGAGGCCAACAGGGGGAACCCT
GTTCGCGAGAACGCCACGTTCTCTCTCGGGACTGACGGGAACCTTGTCTTGGCTGATGCCGATG
GTCGGATTGCTTGGCAAAGTAACACTGCCAACAAAGGTGTGGTAGGGTTCCAATTGTTGCCTAA
TGGTAACATGGTGTTACACGATTCCAATGGCAAGTTCATTTGGCAAAGTTTTGATCATCCAACT
GATACACTCTTGGTGGGTCAGTCGCTTAGAGCCGGAGGGGCGACGAAGCTTGTGAGTCGGGCTT
CTGCTCAAAACAATGTCAACGGAGCCTATAGCTTGGTGATGGAGCCTAAACAGTTGGTTTTGCA
GTACAAGGGAATGAACTCTCCTAAACCACTTGTCTACTTCAAATCATCCGTTTGGCCAAGTACA
CAAGATGGTACTTTACAAACTGTGACACTAAATGTCGAGGAAACAAATGATGGTTTTGCTTATG
ACGTTTTGTTAGACTACACAGCGGCTAACTCGGCCATCGGGACCGGAAATCTCATCTTGATAAG
GCCGAAATATAACAGCACATTGTCGATTCTTCGACTCGGGATCGATGGAAACCTGAGGGTTTTT
ACCTACTATGACAAGGTTGATTCACAAGCATGGGAAGAGACTTTCACTCTCTTCTCTAGGGACT
CAATATGGGGCAATGAATGCGAACTGCCGGAGAGGTGTGGGAACTTTGGACTCTGTGAGGAGAA
CCAATGCGTTGCTTGCCCGTCACCAAACGGATTACTCGGTTGGAGCCAGAATTGTCAGCCGAAG
AAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Xiang et al., 2018