Detail information of A01_circ_ag.2


General Information
CircRNA Name A01_circ_ag.2
ID in PlantcircBase ghi_circ_000025
Alias ghi_circ_000007_byXiang
Organism Gossypium hirsutum
Position chrA01: 5986619-5991357  JBrowse»
Reference genome v1.1
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing A01_circ_ag.3 A01_circ_ag.4
Support reads 47/21
Tissues root/stem
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTTCGCGAGAACGCCACGTTCTCTCTCGGGACTGACGGGAACCTTGTCTTGGCTGATGCCGATG
GTCGGATTGCTTGGCAAAGTAACACTGCCAACAAAGgtgtggtagggttccaattgttgcctaa
tggtaacatggtgttacacgattccaatggcaagttcatttggcaaagttttgatcatccaact
gatacact
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTGTGGTAGGGTTCCAATTGTTGCCTAATGGTAACATGGTGTTACACGATTCCAATGGCAAGTT
CATTTGGCAAAGTTTTGATCATCCAACTGATACACTCTTGGTGGGTCAGTCGCTTAGAATCGGA
GGGGCGACGAAGCTTGTGAGTCGGGCTTCTGCTCAAAACAATGTTGACGGAGCCTATAGCTTGG
TGATGGAGCCTAAACAGTTGGTTTTGCAGTACAAGGGAATGAACTCTCCTAAACCACTTGTCTA
CTTCAAATCATCTGTTTGGCCAAGTACACAAGATGGTACTTTACAAACTGTGACACTAAATGTT
GAGGAAACAAATGATGGCTTTGCTTATAACGTTTTGTTAGACTACACAGTGGCTAACTCGTCCA
TCGGGACCGGAAATCTCATCTTGACAAGGCCGAAATACAACAGCACATTGTCGATTCTTCGACT
CGGGATCGATGGAAACCTGAGGGTTTTTACCTACTATGACAAGGTTGATTCACAGGCATGGGAA
GAGACTTTCACTCTCTTCTCTAGGGACTCAATATGGGGCACTGAATGCGAACTGCCGGAGAGGT
GTGGGAACTTTGGACTCTGTGAGGAGAACCAATGCGTTGCTTGCCCGTCAACAAACGGATTACT
CGGTTGGAGCCAGAATTGTCAGCCGAAGAAGGTGAATTGTAGGCCGAATGGTTTCAGCTACTAC
AAGCTAGAAGGAGTTGACCATTTCATGAGCCAGTACAACGAAGGAGAAGGGATAAAGGAGAGTG
ATTGTGGGAGGAAATGCACCTCTGATTGCAAGTGTTTGGGGTACTTTTACCACAGGGAAACATC
CAAATGTTGGATCGCTAATGAGTTGAAAACCCTTGCTAAAACCTCTAACTCTTCCCATGTTGGT
TATATAAAGGCACCCAACAAGTGACGGGAATCCTATTAAGTATTTGTACTTTTTCCTCTGTATT
TTCCAGTTTCTTTATTGTAAGCTAATAAGTATTTGTAAGTTTGAATTACAAATTAAAGTTTTAT
TTAAAAGTATCAATCAAGTGTATTTGTAGTCAATAAACTCAATTCGAAATGCATTGAGTGGATC
AAGTGCAAGTTCTCATGGCTCTTCTCTTTTGGCGCATAAACGAATAGACAGAATGGTACAGAAT
AGTAAAGGAACTCTGTAGTGTTCCCAGAATAGGAAAACTATTTTTGTTAATCAATACTTATTTT
TCTTAAAATCTTAAATTAAATTAAATTAAATTGATACCATTAACTTGAAATATCGTGATCTAAA
ATTTCTATATTGCATCATGCTTTGATTGGTATTATCAATATAATATTGAGAAAAGGGGATGGAA
GATAACAGAATTTAAATTCATATAATTTAAGTGCTTGTGAGAAGCTTTCATTATTGCTCTAAAT
ATCTGTTGGTTTAGTTGATATGATCAAACGTTGAAAAAAATTTTATTTTTTTAAGGAATTTATC
GAAGTGAATTAATCCTTCATATTATGTAAGTTTATTAAGAGATTAAATATTAATCACGATTTTT
AAAGGTGCTTTATACTTAGGACAAGTACCAAAACCTTAATCATTGATGAAGGTAGGAGAAAATT
TTATATCTTCCCTAAACAATTGGAATATATTTAAATTGTGAAGTTGAAATATGAAAGCAATTAA
TAGCTAAAATTTTGTTACCAGATACAGCGCAATCTAAACCACAAGCGAGGGTCCCGTAGAGATG
CTTTGTTGCCTTATCTTCCAACCGGCCCGCCATTTAGATGTAATTGCACCACAGCTAAGCTTGA
TGTCTTCAAGACTTTCAAAGCCGTCACAAAAGACTCAAACCAACGGTGGCTTGCTCGTGTTTAT
CCATTACAATATCTCCTAACACTGAAAAATTAGTAAAGTATATTTTTATAAATAAAGTAATTAT
ATTATTATGAAGGTATTTGTATTTTTTTATATTTTTATATAAAATTAATATAAATTTAATTACG
ATGAAATTTGAATTCATAATATAATGAATTTTAAATATTTAATTTTATTTTTTAAATCACATAT
AATTTCTACCTCAAGTTTTAATAAATATATTATTGTTACATAAATCGTGGGTATGACTTAATTT
AATAAATTGTTAAATAACTTATGAACATCTCTTTTATCACTAAAATTTTAAACTAAAAGTGAAT
AATTTATTTACCTAAATAAATATAAATGTGTAGTTAAGGTTTAGTGCAGGGGCTTTGGCCTCCT
AAAAATTAGAAAATTAAAATTCTAGTTCTCTGTAAATGATCAAATTATAAATTAATATAAGGGA
AAATTCTGCTTTGGTTTTCTAAAAAATTTCCGAATTCACCCCTAGTTTAGGGCATTATTTTCAT
AAACATATTGAATTAGTTAATTAGATCAGTTGAACCGAGAATCAACTGAAGTAGTACTAAATAC
ACAAATCATCATCTATACCTATACCAAAATTATTTTTATCAGATGCACTAACATTGAAAACTAT
TTTTTTTCACAAGTAAGTTGGTGGTGGTGACAAATGTCTCATTTATTTAATTTTTAAAAAAAAT
TAAAACTATTCAAAAGATACTCATCATCATGGTAAGAATACAAGTGAATTTATGATAAACTAAA
TAATTATCTATTACTTATTGGTCGATTGAATTGATGCCACGAGATGAAAATCACTTATAAATAA
TTATAAGACACGTTAAAATATACATATAGTGACCTAAACCTAAGAGACACTACTTTAGTTTCCT
TGCTGAACTTCAAAACTTTATTTGCTTGCCAGTAAATATAGATAAAAATAATAATACAAGTAGG
ATATGATATGATTGGTTATCCCCACGATTGTAGATATAAATTTTGTTTTACAATTAAAAATATA
GAAAGGAAGATCACTTAGACACACTACGTGTCCCAGCTTGCCTTTACGCAAAATGATAATGAAT
TTATTTATTAATGTTTTGATGACCAAGTTTTTCCATAATCTTGACCTCTTAATAAATAATTTAC
ATGATGCTGACCCTCTAAATTTAACTAATTAAATCCTATTTATTTATCAATATTTTATAAATCT
TAAAACATGACAAATTATGAAATAATCTAACAGAGACATGCACGTAACCATAGGGTTTATAAGA
ACTGTCTTGTCTGTAGCAAATTGAAGAAACGTTTTTTGGCGTCTCACCTTCTAAATTATGTCGT
TTTATTATAGTATAAATGATTGATGCTTTAGCTTTGATTTTTGTTTTCCCTTTTATAGGAATAT
TAAAATGCCAAGTGTAGATAATGCAAGACAGGAAATGACAGCGGGTGGGCCTAGAATCCTGAAA
TTATTTTGGTCAAGCAAGGCCCTTGTAATTATTAATTGAGCAGCCAACTTTTGCCAAACTATTA
AAGTTGAGGTCTTATTCTTCCTCCACTCCCTGTAATATCGAGAACTTTAAATTTAAGTCCTACC
TTTCATACTAGTCCCTTTACTTGTTTGTTTGAAAATTAAAGTACAATTGATGACACTTTTATTG
AATTTGAGTTATCAATTGGACTTCATTCAATTTTTAAATCAGACTTTTGATTTTTTTTTAAGTT
TTACTATTACAAATACAATACAAGTACAAATATATGTCCGATCAACTATAATATAGAATCAAAC
CAACACAAAGGCAAAACCCTCACATGGTAAATGTGTATGGTGAGACAAGAGACTCATTGCAATT
ATGCATGATGAACTCAAACTTGGGTATTCAAATTTAAAGAAATTTCATTAATACTATTATCAAT
TAAACTTTAAATTTTAAGTTAAACAACCGGAGGGATTTAATTTTTGGAGCTAAAGACATAGGGA
TTAAATTTTAAAGGTCTTAAGATTACACAGACTGTGGGGAGAATTAAACCAAAATTTAATTACT
CTCTTTTCAATCGACTTAAATATTTAGCCTAAGTCAATCCTAATCCTAAATTTAAGAGAAGCTA
ATTAAACATTTAAATGGCTTACTTCTGAAGGGAAAATTGTTCAGTCGGCGGTGCAATTCGAAGA
ATAATTATAGTTCCATTGTAGCAGCCTCTGCTTTAACTTGGCTGACCAGATTTTGGAATATCAA
CATCGATTGCACCTAAGATAATATAAGGTCAAAATCATTGTGGATCAGATTGATATCTTCTAGT
AGAAGGCAAAGATTGTGTTTTTTTTTTCAAAATATTTTTGAAAACCCAATTTTTTAATCTCATG
AATCTATTTTATTATACCTTTGATGGTATGCAATGTGCCTTCATTGAATCCTTATAAATAGACC
ATGCTTGGTTGCTCCATCTCCATATCATCAAAGCTACCATATCCAAAAATGTCTCTTTACCCTT
CTCTCACCATGTCATTGCTGTCTTTTTCCTTGTTGTTGCTGTTTGCTTTTAGTGCCAAAGCTGT
TGTTCCCCCATCTGAAACTTTTAGGTTTGTCAACGAAGGGGAATTTGGGCCTTTTATTGTTGAA
TATGGTGCAGATTACCGTGTCATAAGCATAGCTAATGCCCCCTTCCAGCTTGCGTTTTATAACA
CCACCCCTAATGCCTTCACCCTTGCGTTACGCATGGCTACAACGCGTTCGGAGTCGCTCTTCCG
ATGGGTTTGGGAGGCCAACAGGGGGAACCCTGTTCGCGAGAACGCCACGTTCTCTCTCGGGACT
GACGGGAACCTTGTCTTGGCTGATGCCGATGGTCGGATTGCTTGGCAAAGTAACACTGCCAACA
AAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Xiang et al., 2018