Detail information of Os03g0784400_circ_g.2


General Information
CircRNA Name Os03g0784400_circ_g.2
ID in PlantcircBase osa_circ_022134
Alias Os03circ28553
Organism Oryza sativa
Position chr3: 32555354-32558815  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   e-circRNA
Identification method SMALT, Segemehl
Parent gene Os03g0784400
Parent gene annotation Protein of unknown function DUF1692 domain containing protein. (
Os03t0784400-01);Similar to predicted protein. (Os03t0784400-02)
Parent gene strand +
Alternative splicing Os03g0784400_circ_g.1 Os03g0784400_circ_g.3 Os03g0784400_circ_g.4 Os03g0784400_circ_g.5 Os03g0784400_circ_g.6 Os03g0784400_circ_g.7
Support reads 2
Tissues panicle
Exon boundary   Yes-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os03t0784400-01:7
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTGTGCTACCTATAAATAAGTGTTTTATGCTTTTATTTGTATTGTTATTACTCTCTATGTAAAT
TTTCATTTTCATCTGTTGTATGTAGATTTTTGATGGtcacgattttcggactaattataatggt
tacgttatttgcgcacgagctcaaattttatcttaccacctatactgttcatcaggtatggttg
gttgtttc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TCACGATTTTCGGACTAATTATAATGGTTACGTTATTTGCGCACGAGCTCAAATTTTATCTTAC
CACCTATACTGTTCATCAGGTATGGTTGGTTGTTTCCTTTTCTTCTATGTCTAGCATGTGCAAC
TTTACTGTAATTTTGCATATAAGTTGGTTATTTTGCCACTCAATAACAGCTTTTAATGATATTT
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TGGTGCAGTCATAGTATTCATGCACCTAGAAGGGAACATTTTCTTTTAGCCGTTGACTGGCAGT
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GATGTAGAACTTACCATCACTGTCATTAACTCGAATACTTTTAGTAGAGATAAAAAACAATCAA
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ATGCTTTTTGCTGTGAAATATGTTAATTTCTTTTTGTATGAAGTTGCCAGGATTATTGTATAAG
CTTCTAGGTTTTCAGTTTATGACAGATCATGTTCACAAGGGTTTAAAATTATTCAACTAAAAAT
CCCTTCAGAAACTATTGAAACCAGCCAGCTCCTACTTCCTGGTAATGCCATATTGGACAAGTGC
TTTGTGCATCTTGTACAAGACTTCCTAAAACTGTCCACAATTAGGATAATGTTTTAATGGTAAA
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TGCCGCATAGGTGGCTTGCTAGCCCCGTCTTATGGTGTACTACACTCTGGTATGCCGCCTAACT
AGCACATAAAGGCCTCAGTGATTTCAACCTCTTTTTGTGCTACCTATAAATAAGTGTTTTATGC
TTTTATTTGTATTGTTATTACTCTCTATGTAAATTTTCATTTTCATCTGTTGTATGTAGATTTT
TGATGG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.108346741
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Lu et al., 2015