Detail information of BGIOSGA004748_circ_g.4


General Information
CircRNA Name BGIOSGA004748_circ_g.4
ID in PlantcircBase osi_circ_010899
Alias Chr01:37018284_37022836(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr1: 39173491-39178043  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ei-circRNA
Identification method CIRCexplorer2
Parent gene BGIOSGA004748
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA004748_circ_g.1 BGIOSGA004748_circ_g.2 BGIOSGA004748_circ_g.3 BGIOSGA004748_circ_g.5 BGIOSGA004748_circ_g.6 BGIOSGA004748_circ_g.7
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered BGIOSGA004748-TA:9
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATTACTCTCCGTTCAGATACTTTTGTTGCTTATGGCTATTGTAGCTGTTCCGTGGATGCTCTTC
CCAAAGCCTTTTATCTTGAAGAAACTTCACAAGGAGggtagagaaaactgttttcgtagttttc
ttttctggggatcaggctaaagcaaaaatattaaagatttgcggttcatttggagcaagttgct
accctgtt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGTAGAGAAAACTGTTTTCGTAGTTTTCTTTTCTGGGGATCAGGCTAAAGCAAAAATATTAAAG
ATTTGCGGTTCATTTGGAGCAAGTTGCTACCCTGTTCCCGAGGAGATGGTTAAGCAGAGACAGA
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GATGACCAGCTGTATCAAAGATTTGTCCCTGAAGATCTAATATTCTGACCTGTGTGATTCAGTG
ATGCACATACTGCTGGGCTCATTAAAGTCCGTGATCCCTATCCTTTTGGAGTGGACCCAAGTTG
GCGTGGAAGTCGATCTGAGCTACCCTTTCTAAACTCCTTGAAGATGAAGATGTCTATACTAATG
GGTGTAACCCAGATGAACTTGGGGATTGTATTGAGTTATTTTGATGCAAAGTTTCATGGAAATG
CTCTTGACATAAGGTGCTGTATTTTGTTTGCATAGTTTTCTTCTTTTGCTGCAAGCTAATTGAA
GGGGAGGATAAGGGCGATCTTTTTAACTGTGTGAGTTCCTCAGGTATCAATTCATACCACAGAT
GATCTTTCTGAACAGCCTCTTTGGCTACTTAGCACTCCTAATTCTCATCAAGTGGTGCACGGGC
TCTCAAGCTGACCTATATCATGTGATGATATATATGTTCCTTGATCCTTCTGGCAATCTTGGAG
AAAATCAACTATTTTGGGGCCAGAAGGAACTTCAGGTTTGTATAACCTTTTATTAACAAGAAAA
AGGCTTCACTACCTCATTTTCCTGCCAGCTAACAATTATTACTCTCCGTTCAGATACTTTTGTT
GCTTATGGCTATTGTAGCTGTTCCGTGGATGCTCTTCCCAAAGCCTTTTATCTTGAAGAAACTT
CACAAGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021