circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of ATCG00020_circ_g.396


General Information
CircRNA Name ATCG00020_circ_g.396
ID in PlantcircBase ath_circ_047075
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chrPt: 580-1054  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   e-circRNA
Identification method circRNA_finder
Parent gene ATCG00020
Parent gene annotation Photosystem II protein D1
Parent gene strand -
Alternative splicing Pt_circ_ag.1 Pt_circ_igg.1 Pt_circ_ag.2 Pt_circ_ag.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_ag.5 Pt_circ_igg.6 Pt_circ_igg.7 Pt_circ_igg.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_igg.10 Pt_circ_igg.11 Pt_circ_igg.12 Pt_circ_igg.13 Pt_circ_igg.14 Pt_circ_igg.15 Pt_circ_igg.16 Pt_circ_igg.17 Pt_circ_igg.18 Pt_circ_igg.19 Pt_circ_igg.20 Pt_circ_igg.21 Pt_circ_igg.22 Pt_circ_igg.23 Pt_circ_igg.24 Pt_circ_ig.1 Pt_circ_ig.2 Pt_circ_ig.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_igg.5 Pt_circ_ig.6 Pt_circ_ig.7 Pt_circ_igg.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_ig.10 Pt_circ_ig.11 Pt_circ_igg.12 Pt_circ_igg.13 Pt_circ_ig.14 Pt_circ_igg.15 Pt_circ_igg.16 Pt_circ_igg.17 Pt_circ_igg.18 Pt_circ_igg.19 Pt_circ_igg.20 Pt_circ_igg.21 Pt_circ_igg.22 Pt_circ_ig.23 Pt_circ_ig.24 Pt_circ_ig.25 Pt_circ_ig.26 Pt_circ_igg.27 Pt_circ_igg.28 Pt_circ_igg.29 Pt_circ_igg.30 Pt_circ_igg.31 Pt_circ_igg.32 Pt_circ_igg.33 Pt_circ_igg.34 Pt_circ_igg.35 Pt_circ_igg.36 Pt_circ_igg.37 Pt_circ_igg.38 Pt_circ_igg.39 Pt_circ_igg.40 Pt_circ_igg.41 Pt_circ_igg.42 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Support reads 2
Tissues leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered ATCG00020.1:1
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CAATTGGATAGATCAAGAAAACAGCAGTCGCAGCTGCAACAGGAGCTGAATATGCAACAGCAAT
CCAAGGACGCATACCCAGACGGAAACTAAGTTCCCActaaagcagtaaaccaaatacctactac
cggccaagccgctaagaagaaatgtaaagaacgagaattgttgaaactagcatattggaaaatc
aatcggcc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTAAAGCAGTAAACCAAATACCTACTACCGGCCAAGCCGCTAAGAAGAAATGTAAAGAACGAGA
ATTGTTGAAACTAGCATATTGGAAAATCAATCGGCCAAAATAACCGTGAGCAGCTACAATGTTG
TAAGTTTCTTCTTCTTGCCCGAATCTGTAACCTTCATTAGCAGATTCATTTTCTGTGGTTTCCC
TGATCAAACTAGAAGTTACCAAGGAACCATGCATAGCACTAAAAAGGGAGCCGCCGAATACACC
AGCTACACCTAACATGTGAAATGGGTGCATAAGAATGTTGTGCTCAGCCTGGAATACAATCATA
AAGTTGAAAGTACCAGAGATTCCTAGAGGCATACCATCAGAAAAACTTCCCTGACCAATTGGAT
AGATCAAGAAAACAGCAGTCGCAGCTGCAACAGGAGCTGAATATGCAACAGCAATCCAAGGACG
CATACCCAGACGGAAACTAAGTTCCCA
Conservation Information
Conserved circRNAs osi_circ_001642 osi_circ_001235 osi_circ_001645 osi_circ_001648
osi_circ_001233 osi_circ_001647 osi_circ_001232* osi_circ_001230
osi_circ_001653 osi_circ_001652 osi_circ_001229 osi_circ_001231
osi_circ_001228
PMCS 0.89419316
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017
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