circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of Pt_circ_igg.75


General Information
CircRNA Name Pt_circ_igg.75
ID in PlantcircBase ath_circ_046672
Alias Ath_circ_FC0092, Ath_circ_FC0093, Ath_circ_FC0094, Ath_circ_FC4123, Ath_circ_FC4124, Ath_circ_FC4130, Ath_circ_FC4131
Organism Arabidpsis thaliana
Position chrPt: 376-731  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   igg-circRNA
Identification method circRNA_finder
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Pt_circ_ag.1 Pt_circ_igg.1 Pt_circ_ag.2 Pt_circ_ag.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_ag.5 Pt_circ_igg.6 Pt_circ_igg.7 Pt_circ_igg.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_igg.10 Pt_circ_igg.11 Pt_circ_igg.12 Pt_circ_igg.13 Pt_circ_igg.14 Pt_circ_igg.15 Pt_circ_igg.16 Pt_circ_igg.17 Pt_circ_igg.18 Pt_circ_igg.19 Pt_circ_igg.20 Pt_circ_igg.21 Pt_circ_igg.22 Pt_circ_igg.23 Pt_circ_igg.24 Pt_circ_ig.1 Pt_circ_ig.2 Pt_circ_ig.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_igg.5 Pt_circ_ig.6 Pt_circ_ig.7 Pt_circ_igg.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_ig.10 Pt_circ_ig.11 Pt_circ_igg.12 Pt_circ_igg.13 Pt_circ_ig.14 Pt_circ_igg.15 Pt_circ_igg.16 Pt_circ_igg.17 Pt_circ_igg.18 Pt_circ_igg.19 Pt_circ_igg.20 Pt_circ_igg.21 Pt_circ_igg.22 Pt_circ_ig.23 Pt_circ_ig.24 Pt_circ_ig.25 Pt_circ_ig.26 Pt_circ_igg.27 Pt_circ_igg.28 Pt_circ_igg.29 Pt_circ_igg.30 Pt_circ_igg.31 Pt_circ_igg.32 Pt_circ_igg.33 Pt_circ_igg.34 Pt_circ_igg.35 Pt_circ_igg.36 Pt_circ_igg.37 Pt_circ_igg.38 Pt_circ_igg.39 Pt_circ_igg.40 Pt_circ_igg.41 Pt_circ_igg.42 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Support reads 2
Tissues whole_plant
Exon boundary   No-No
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
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Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TAAAGAACGAGAATTGTTGAAACTAGCATATTGGAAAATCAATCGGCCAAAATAACCGTGAGCA
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aggttagc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TAACGAATTATCCATTTGTAGATGGAGCCTCAACAGCAGCTAGGTCTAGAGGGAAGTTGTGAGC
ATTACGTTCATGCATAACTTCCATACCAAGGTTAGCACGGTTAATAATATCAGCCCAAGTATTA
ATAACACGTCCTTGACTATCAACTACTGATTGGTTGAAATTGAAACCATTTAGGTTGAAAGCCA
TAGTACTAATACCTAAAGCAGTAAACCAAATACCTACTACCGGCCAAGCCGCTAAGAAGAAATG
TAAAGAACGAGAATTGTTGAAACTAGCATATTGGAAAATCAATCGGCCAAAATAACCGTGAGCA
GCTACAATGTTGTAAGTTTCTTCTTCTTGCCCGAAT
Conservation Information
Conserved circRNAs osi_circ_001152 osi_circ_001153 osi_circ_001242 osi_circ_001154
osi_circ_001241
PMCS 0.884248778
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017;Chen et al., 2017a
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