circRNA

Detailed infomation of each circRNA


Detail information of ATCG00130_circ_g.9


General Information
CircRNA Name ATCG00130_circ_g.9
ID in PlantcircBase ath_circ_048242
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chrPt: 11946-12653  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ei-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene ATCG00130
Parent gene annotation ATP synthase subunit b, chloroplastic
Parent gene strand -
Alternative splicing Pt_circ_ag.1 Pt_circ_igg.1 Pt_circ_ag.2 Pt_circ_ag.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_ag.5 Pt_circ_igg.6 Pt_circ_igg.7 Pt_circ_igg.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_igg.10 Pt_circ_igg.11 Pt_circ_igg.12 Pt_circ_igg.13 Pt_circ_igg.14 Pt_circ_igg.15 Pt_circ_igg.16 Pt_circ_igg.17 Pt_circ_igg.18 Pt_circ_igg.19 Pt_circ_igg.20 Pt_circ_igg.21 Pt_circ_igg.22 Pt_circ_igg.23 Pt_circ_igg.24 Pt_circ_ig.1 Pt_circ_ig.2 Pt_circ_ig.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_igg.5 Pt_circ_ig.6 Pt_circ_ig.7 Pt_circ_igg.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_ig.10 Pt_circ_ig.11 Pt_circ_igg.12 Pt_circ_igg.13 Pt_circ_ig.14 Pt_circ_igg.15 Pt_circ_igg.16 Pt_circ_igg.17 Pt_circ_igg.18 Pt_circ_igg.19 Pt_circ_igg.20 Pt_circ_igg.21 Pt_circ_igg.22 Pt_circ_ig.23 Pt_circ_ig.24 Pt_circ_ig.25 Pt_circ_ig.26 Pt_circ_igg.27 Pt_circ_igg.28 Pt_circ_igg.29 Pt_circ_igg.30 Pt_circ_igg.31 Pt_circ_igg.32 Pt_circ_igg.33 Pt_circ_igg.34 Pt_circ_igg.35 Pt_circ_igg.36 Pt_circ_igg.37 Pt_circ_igg.38 Pt_circ_igg.39 Pt_circ_igg.40 Pt_circ_igg.41 Pt_circ_igg.42 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ATCG01200_circ_g.3 Pt_circ_igg.4 Pt_circ_igg.5 ATCG01200_circ_g.6 Pt_circ_ag.7 ATCG01200_circ_g.8 Pt_circ_igg.9 Pt_circ_ag.10 Pt_circ_ig.11 ATCG01210_circ_g.1 ATCG01210_circ_g.2 ATCG01210_circ_g.3 ATCG01210_circ_g.4 ATCG01210_circ_g.5 ATCG01210_circ_g.6 ATCG01210_circ_g.7 ATCG01210_circ_g.8 ATCG01210_circ_g.9 ATCG01210_circ_g.10 ATCG01210_circ_g.11 ATCG01210_circ_g.12 ATCG01210_circ_g.13 ATCG01210_circ_g.14 ATCG01210_circ_g.15 ATCG01210_circ_g.16 ATCG01210_circ_g.17 ATCG01210_circ_g.18 ATCG01210_circ_g.19 ATCG01210_circ_g.20
Support reads 17/16
Tissues root, aerial, seed, whole_plant/seedlings
Exon boundary   No-No
Splicing signals   AC-AG
Number of exons covered ENSRNA049494790-T1:1
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GATTTTTTTATTCAGAAGTAATTCGCGGGATTATGCACTCTTTCCTAGTTATAGTGCCACTGGG
TGAATCCAGCCTATTCTTGAAATGAACAACTCACACtagattatctttccattcattaaaaaaa
aagttctatgatcccttcccgaaccaaacatgaatctttcgattcatttggctctcatgctcac
ttattcca
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 708
Transcript exons: 11946-12653
TAGATTATCTTTCCATTCATTAAAAAAAAAGTTCTATGATCCCTTCCCGAACCAAACATGAATC
TTTCGATTCATTTGGCTCTCATGCTCACTTATTCCAATCAATTATTTATGAGACTTCCCTTCCC
ATCTTTTTCATGCAATGAGCCTACCCTCTCCCGAGTTTTTTTATTCAATTCATATTCAATATAT
ATTTCTATCGAAAAAGATCACCAATCCAAGATAAAAATATTCGGAGGATTCTTCTGACCAATGA
AAAATTAATAATTGTCAGCAAAGTTGTTTCTTTTTTTCTTGAAATCCAAAGAATTCTTATTATT
TTATACGTAGGTTATCAATTCTGCATTATAAAAAAAGACTCAAAAAATTTTATCGACATGAGTG
TTTTATATCGAAAAAAGTATAACAATTCTTTTTGAAAATTTTATTCATTTTTTTATTTAGTCTA
CATTTAGACTATATATAGTAGAAAGAGTACCATGTTGCATCTGAACTTCAAACGGTTTAGCTTT
AACCATGTTAATTAATTGTCCCAATTTTTGGTTAATAGAGAATCAAAGTAAAGCGGACTTACCA
AAGAATAACGAAAGGCTATGGTTCTCAAATATGATTTTTTTATTCAGAAGTAATTCGCGGGATT
ATGCACTCTTTCCTAGTTATAGTGCCACTGGGTGAATCCAGCCTATTCTTGAAATGAACAACTC
ACAC
Genomic sequence TAGATTATCTTTCCATTCATTAAAAAAAAAGTTCTATGATCCCTTCCCGAACCAAACATGAATC
TTTCGATTCATTTGGCTCTCATGCTCACTTATTCCAATCAATTATTTATGAGACTTCCCTTCCC
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ATTTCTATCGAAAAAGATCACCAATCCAAGATAAAAATATTCGGAGGATTCTTCTGACCAATGA
AAAATTAATAATTGTCAGCAAAGTTGTTTCTTTTTTTCTTGAAATCCAAAGAATTCTTATTATT
TTATACGTAGGTTATCAATTCTGCATTATAAAAAAAGACTCAAAAAATTTTATCGACATGAGTG
TTTTATATCGAAAAAAGTATAACAATTCTTTTTGAAAATTTTATTCATTTTTTTATTTAGTCTA
CATTTAGACTATATATAGTAGAAAGAGTACCATGTTGCATCTGAACTTCAAACGGTTTAGCTTT
AACCATGTTAATTAATTGTCCCAATTTTTGGTTAATAGAGAATCAAAGTAAAGCGGACTTACCA
AAGAATAACGAAAGGCTATGGTTCTCAAATATGATTTTTTTATTCAGAAGTAATTCGCGGGATT
ATGCACTCTTTCCTAGTTATAGTGCCACTGGGTGAATCCAGCCTATTCTTGAAATGAACAACTC
ACAC
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_023163 osa_circ_007775* osa_circ_006559 osa_circ_023162
osa_circ_007776 osa_circ_006558
PMCS 0.945196164
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017;Pan et al., 2017
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