Detail information of 4_circ_ag.3


General Information
CircRNA Name 4_circ_ag.3
ID in PlantcircBase ath_circ_029702
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr4: 2420722-2425596  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI, find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing AT4G04750_circ_g.1 AT4G04750_circ_g.2 4_circ_ag.4 4_circ_ag.5
Support reads 6
Tissues root, leaf, aerial, inflorescences
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACAAGAAAATGTACTAATGGTTTTTCTTTGAACAGGATGTATACCTTCTCTAATGGTTCTGCCT
CTTCTTTTCTTCATCCCCGAATCTCCTAGATGGCTAgctaaagttgggagggaaaaggaggttg
aaggggttttattaagcttgcgaggagcaaaatctgatgtatcagatgaagcagcaacgatatt
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GCTAAAGTTGGGAGGGAAAAGGAGGTTGAAGGGGTTTTATTAAGCTTGCGAGGAGCAAAATCTG
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TCGATTTGCAAAAATCGAAAACTTCTCATTTCTCGAAGTACAAGAAAATGTACTAATGGTTTTT
CTTTGAACAGGATGTATACCTTCTCTAATGGTTCTGCCTCTTCTTTTCTTCATCCCCGAATCTC
CTAGATGGCTA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.477740388
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs ath-miR5650
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017