Detail information of Os04g0212200_circ_g.8


General Information
CircRNA Name Os04g0212200_circ_g.8
ID in PlantcircBase osa_circ_023095
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr4: 7512128-7516952  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   u-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os04g0212200
Parent gene annotation Similar to protein binding protein. (Os04t0212200-01)
Parent gene strand +
Alternative splicing Os04g0212200_circ_g.3 Os04g0212200_circ_g.4 Os04g0212200_circ_g.5 Os04g0212200_circ_g.6 Os04g0212200_circ_g.7 Os04g0212200_circ_g.9 Os04g0212200_circ_g.10 Os04g0212200_circ_g.11 Os04g0212200_circ_g.12 Os04g0212200_circ_g.13
Support reads 1
Tissues root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os04t0212200-01:8
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTACATTAGGAACTGACTGTGTCTGCAAATGTTCAGTACTCATATGGTACATGGGAAGTACTCC
AAGACATCGCCGTTATTGGCGTGAAATCCTGTGCAGatggcaaaaatcaaggcagttcttgacc
aagagacatgggttgctattgatgttccagaagagttccaagcaattgttctatcactatcatc
cacttatt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATGGCAAAAATCAAGGCAGTTCTTGACCAAGAGACATGGGTTGCTATTGATGTTCCAGAAGAGT
TCCAAGCAATTGTTCTATCACTATCATCCACTTATTCCGTTGCTAATGGCATGGAGATGCCTAG
CACTGATGACAGCTCAAAGCTCCATGAAAATCGGGTTACAAGTCAAGAACCAGTAAATTCAGCT
GAAAATAATACTGATAATGGCAACGCAGTATCTACTTCTCCTTCGACTGAAAACAATGTTGGGC
ATGCTAGATCAACACAGCAAACCATTGTGCATGGGGGTGTAGGCTATCATATGGTAAACTGGTT
AGTCATCTATATTTTCTACTTAATAGTTCAGGTCAAGTTGCATTCTCTTCTTGCGCACCTTGCA
GTGTTGCAACGTGACACTTTTATTTCCCAACATTTTGATAGCTAGAGTCGTAAACCATCCCTCT
ATTGATTTGTGGTCAACCTTGTTTTATTTGTTGTGTCTTTTTGTTAACTTGTGTTCTCATTACG
TGAGATTCTCAATTTAAATCATGTTCACCCTTGCAGTGGTTTGATATTGTTGAAGATGTTATCG
GAATATGTTGACATCAGTAAATGCTTGCCATCATTATCTTTTGAGGTGGTCCAACGTGTTGTTG
AAATATTGAAGCTCTTCAACACTAGGACGTGCCAACTGGTTCTTGGTGCAGGTGCCATGCAGGT
AGTATAACTGTTACATGCAATTTGAGTCATTAAGTTGTTAACAGTATAAAGTCTTTTCTCTATA
TCTGTACTCATTTAAAAGGGAGTAGCGGTGGTGGTGAGTCTGCCACCACCCCCACCACCAACTC
TATTTTTTTGTGAGAAGGAAGGACAATGTAAGGCTAGAGGACCCACATGTCAGTAACAAATATA
TCCAGAAATTTAGAGATATATGCAGAAAATTATGGTAATAACAGGTTAATGATAATTTTCTTTA
ATCAAAACTAGTTGAATGCCCGTGCATTGCAATGGGAATTAAATAAGAAAACCACACCGTACAC
TCTAAAGCCTCAAAAATTAAAATAAAACTACCCTCATTCTAAAATCTTAGGGTCATATATTTGT
CATCATTTTCACCTCACTTCAAAAGAAGTTTTTCCTGTTTGATGGCTTGAGGTTAGGAAGGGAC
AAAAGTCCATCCACCTCACTGTTTGGGGGACCCACATGGTAGTGGTGGTGGGTGGTGGCAGATT
TACCACTCACCACCACCATTGAGGTCTTTGAAAAGAGTATATAGATCCTGTTGTAACGCGAGGG
CGATATGCTAGTTTTTTTACAACATATGTAAACACAACTCTCGTGTTTTCATGGGTATGTAACA
CGGGTTAAGGACACTAGAAGTTCTTATGGATCATCTGCTCACTTAGGCTGCATTCATTTCTGGA
GATTGAGAGAGAAACCCATTCGTTTTCCACACCCACAATACTTTTTTGCAAAAATTTTCTATAG
GAAAGTTGCTTTAAAAAATCATATTAATCCATTTTTGAAATTTAAAATAGTTAATACTCAACTC
TCCTTGTGGGCAAGATTTTACCATCAGTTATGGGTTAGTGTGCTATCAAAAGCAAGATTTGCAT
GCTTTTATCAAATGCTAACCTTGCTTGGAAAAGCATATTGCCTTAGCTTTTAGATCCATGCACA
CCTTAAGGCTTGGCTGGGTGTCCTTGGACATAAGTGGTGCAGTGGCACCATGGAACCATCTGCG
CCTAAGGCAGGGAGGGAGATGGGATTATGAGACTAATGAACTTCTGTTTGTTCTTGTTTGATTA
AGATATAATGATGTCCTTTTAATAGGATAGCCTTAGGCTGGACATAGCACCTCGTTTACTGAAT
GCTGTACCTCATAGCGTACCATGTTTTTCCATTGTTTTGTGTAATCTTTATCTCCATTCTCGAA
TAGTATGAGTTGTTTATGCTCAATGAACAATTTGTATCACTTTGTTGCACAAAAAAACTATTTG
TGCAATTTGTTCTACCTATATGGAAATGCTGTTGCAAACAGTTAATTATTCTGTTTGAACAATC
GTACTTCAATGTCTGATTAGTTTAAATGCTTCTGATCCTGATCAATCTCGATAGCTGATTTTGT
GTAGCTACTCAACTTGTTTTCCACTAGTTCGGATTGGTGAGTTATATTCTCCATTGTTTTGATT
TTCAGGTGTCTGGTCTGAAATCAATTACGTCTAAGCATTTAGCTTTGGCAAGTCAGATAATCAG
CTTTATATATTCTTTAATTCCAGGTAAGCACTGTTTTTTACTCTTCTATAAAGCATGATGTGAT
GGTACTCTGTCCTGGTGTTGGCTATGTCCATGTTTGCTCACTCAACATTTTCATCATACTGCAG
ATATCCGGCGTGTACTTTTCCTGAAAATACCCGAGGCACGCAAACAACTGTTAATGTCTGAACT
GGATAGAGTGACTCAGGTATGATCATTAATTTACATACTAACATTTTGTTAGTTCAAGCAACTC
ATGAATGCTACTACTATCTTTTAGTTGTTTTTCTATCAATGCCATTTCTTACATGTTTCAAGGA
ATAACAGGATTACAAGATTCATCGAGATGAAATTCACACCAAGCTAGTCCAGATAATGAGAGAG
AGATTACTAGCAAATCTGAGAAAATTACCGCAAATTGTGGAAAGTTGGAATGGGCCTGAAGATA
CTGATTTGCAGCCAAGTCAATTTGCCAAGTCTGTTACGAAGGTACATTGTTTAACTGTTATCGT
TGTAAATAATGTTATCATATGGTTGCATATTTCTACTTGTATGTGGTTGTTTAAAGGGTTTTGC
CATGATTTAAGTAAGTTAAGTTCACGTGTTGCTAGGTGAAAATAACACGTGGTTTATGGTCTTT
TTGTTATGTGACCATTACTTTCATTTATCTCTTTGGTAGTTTGAATCCACGCAAGGGATATGTT
TTTTCCAGGTTTCAGGTGTTTTAACTTATTTATGCTAACTGTTAAATTTTTTCACAAAAAAAAC
TATTGCAGGAAGTTAGTTACTTGCATCGCATCCTTTCTCAAACATTGCTTGAGGCAGATGTGCA
ATTGATATTCAGGTATTTTTTTTATACTTTTTACTACTGACTTTAGCTCCATGCTATCATTATA
ATCATTGCACCATTTTATATTTCAGATGAGTGATTTTTAGCTACAACATATGCAGGTCTTTACC
TGTTTTAATTTCCAATTATAAGTAATAAATTCATTTAGGGCCCTGCTTGGAAGCCTGGTTTTGG
GCCCAAACCAGTCTAAAATATTGGCTAGTAATTTTTTTGAGCTGAGCTGTAAATGAGTGCTTGG
ATGGGCTAGTTTTCGGATTAAAATACATGGGAGAAAGCTCATTACGACTGGAAAAAAAAAGCAT
TGCCCTGGAAATATGATGGAAGCTGGGCTCACTTAGTGTGTCCCAGCCGCCACTCTGACTCCCC
ACACTGATAATCATCTTAAGCTTGTCGTCTGCCCTGCTCTCCACCCTTCCCCATCCCAACATTC
CTTCGCCCTCCTCCCTGCCGCCTAACATCTCTACCCGATCTCCCGCTGCTCTTACCTTGCTTTG
TTCCTAGCTGATGGCTCCTGGGTATGCATCGAGCTTAGGATCCTGGATCTGCACAACAGCAGCC
TCATTCTGCCTCACCACCACACCCATCGTGTAGGAGTCCAACGTGTTCCTTAATTCTGCAGCAA
CAGCAGCTACTGCGACACTGGAGACATGCTCTGGACCAAGGTGTGGAACCAGTTTTGGCCAGTG
GATTTCGGTTGGAATTTGTTGCTGACTTTTACTGTTTTATTTTGATTATTGGTCTGCAATTCGA
TAATGTTCACTATTTACTCTTTCATGAATTGATTCTGAGTCCTAAATCCTCCTGCTATCTAATC
TTCTTGATGATATGCACTTGATAGTGCAGTGGCAAGGAGTGTGTGGTTTCAACTTTGAGGTCCC
GTGTTCAATCCCCAACACGCTCACAATTTCTTAAAAAAAAAAAAGTTTGGAGGGACGTCTCTCC
TTCCAAATCTCATCTAATCTTCTTGATTTCCACATGCTTGTTAATATCCATAATCCAAATGGTC
AGTATGCCAGGCATTTGTATTTCACTGGTAATGGTAATTATGGGTAACACGAAATTACTCTTGT
ATTTCAATCACAATATTATATAAAATACACAACTCCCAAGCAGGCCATATTTGTCATGAGTTAT
AGAACCAGCATCTGTATTTTTGACTTTTATGCTTGCCCTGAACAAGTTTTCATCTGTTCATATA
ATATGTTTATAATCTACTGTTTTGCTGCAAGGTAATATTGCGTGCCGCTGATTTCTTTCTACCC
TCTTGTTCAATGCAGGCAAGTAGTTCAAATATTCCATTCACATATCACAGAAGCATTTTCGAAG
TTAGAACTCAGTACACCTCAGGCAAAGAACAGGTACTCCTAAACTTGTTGCACTCTCTCCCACA
GGGAGATGGAAAAAAAACTAAATTTGATTCTCCTTGTGAGCTGTGGGTGTTCTGTAACATTTAT
ATTTGACCCGTTATTCAATGATTGATGAAACTCAGATTGTGCCGTGATGTCCAACATATTCTTG
TATGCATTCGGAAGTTGCCTGCTGAGAACTTCAGTGCAGAAGCTATTCCGAATTATGGTCTTCT
TGATGATTTCTTGGCTGAAAAGTTTGGGACAAAAGTTGATGAATGACTGACCTGTACATTAGGA
ACTGACTGTGTCTGCAAATGTTCAGTACTCATATGGTACATGGGAAGTACTCCAAGACATCGCC
GTTATTGGCGTGAAATCCTGTGCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs osi_circ_015083
PMCS 0.102501568
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 7516904-7512308(+)
Potential amino acid sequence MGSTPRHRRYWREILCRWQKSRQFLTKRHGLLLMFQKSSKQLFYHYHPLIPLLMAWRCLALMTA
QSSMKIGLQVKNQ*(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017