Detail information of BGIOSGA015918_circ_g.4


General Information
CircRNA Name BGIOSGA015918_circ_g.4
ID in PlantcircBase osi_circ_015083
Alias Chr04:6793605_6798429(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr4: 4587320-4592147  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ei-circRNA
Identification method CIRCexplorer2
Parent gene BGIOSGA015918
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA015918_circ_g.1 BGIOSGA015918_circ_g.2 BGIOSGA015918_circ_g.3 BGIOSGA015918_circ_g.5 BGIOSGA015918_circ_g.6
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-AA
Number of exons covered BGIOSGA015918-TA:9
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTACATTAGGAACTGACTGTGTCTGCAAATGTTCAGTACTCATATGGTACATGGGAAGTACTCC
AAGACATCGCCATTATTGGTGTGAAATCCTGTGCAGgatggcaaaaatcaaggcagttcttgac
caagagacatgggttgctattgatgttccagaagagttccaagcaattgttctatcactatcat
ccacttat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GATGGCAAAAATCAAGGCAGTTCTTGACCAAGAGACATGGGTTGCTATTGATGTTCCAGAAGAG
TTCCAAGCAATTGTTCTATCACTATCATCCACTTATTCCGTTGCTAATGGCATGGAGATGCCTA
GCACTGATGACAGCTCAAAGCTCCATGAAAATCGGGTTACAAGTCAAGAACCAGTAAATTCAGC
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ATAGAACCAGCATCTGTATTTTTGACTTTTATGCTTGCCCTGAACAAGTTTTCATCTGTTCATA
TAATATGTTTATAATCTACTGTTTTGCTGCAAGGTAATATTGCGTGCCGCTGATTTCTTTCTAC
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AGTTAGAACTCAGTACACCTCAGGCAAAGAACAGGTACTCCTAAACTTGTTGCACTCTCTCCCA
CAGGGAGATGGAAAAAAAAACTAAATTTGATTCTCCTTGTGAGCTGTGGGTGTTCTGTAACATT
TATATTTGACCCGTTATTCAATGATTGATGAAACTCAGATTGTGCCGTGATGTCCAACATATTC
TTGTATGCATTCGGAAGTTGCCTGCTGAGAACTTCAGTGCAGAAGCTATTCCGAATTATGGTCT
TCTTGATGATTTCTTGGCTGAAAAGTTTGGGACAAAAGTTGATGAATGACTGACCTGTACATTA
GGAACTGACTGTGTCTGCAAATGTTCAGTACTCATATGGTACATGGGAAGTACTCCAAGACATC
GCCATTATTGGTGTGAAATCCTGTGCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_023095
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021