Detail information of GLYMA_13G117700_circ_ag.1


General Information
CircRNA Name GLYMA_13G117700_circ_ag.1
ID in PlantcircBase gma_circ_009090
Alias novel_circ_000232
Organism Glycine max
Position chr13: 23083027-23087950  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing GLYMA_13G117700_circ_g.1 GLYMA_13G117700_circ_ag.2 GLYMA_13G117700_circ_ag.3 GLYMA_13G117700_circ_ag.4 GLYMA_13G117700_circ_g.5 GLYMA_13G117700_circ_ag.6 GLYMA_13G117700_circ_ag.7 GLYMA_13G117900_circ_g.1 GLYMA_13G117900_circ_g.2 GLYMA_13G117900_circ_g.3
Support reads NA
Tissues root
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TCCTGAATCTTAGCTTTCACATTGTCTATGGTATCTGAACTCTCCACCTCCAAGGTTATGGTCT
TTCCGGTCAAAGTTTTAACGAAAATCTGCATACCACcacgaagcctcaacaccaaatgcagagt
ggattccttctggatattataatcagccagggtacgcccatcttccagctgcttccctgcaaaa
ataagcct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CACGAAGCCTCAACACCAAATGCAGAGTGGATTCCTTCTGGATATTATAATCAGCCAGGGTACG
CCCATCTTCCAGCTGCTTCCCTGCAAAAATAAGCCTCTGCTGGTCTGGTGGAATACCTTCCTTG
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TTGCTTCCCAGCAAAAATAAGCCTCTGCTGATCAGGTGGAATGCCCTCCTTGTCCTGAATCTTT
GCCTTCACATTATCAATGGTATCAGAACTTTCAACCTCCAAAGTTATGGTTTTTCCAGTCAAAG
TCTTAACAAAGATTTGCATGCCACCACGAAGCCGCAACACCAAGTGCAGGGTAGATTCCTTCTG
GATGTTATAGTCAGCAAGGGTTCTTCCATCTTCAAGCTGTTTCCCGGCAAAGATAAGCCTCTGT
TGGTCTGGTGGGATACCTTCCTTGTCCTGAATCTTAGCTTTCACATTGTCTATGGTATCTGAAC
TCTCCACCTCCAAGGTTATGGTCTTTCCGGTCAAAGTTTTAACGAAAATCTGCATACCAC
Conservation Information
Conserved circRNAs ath_circ_029796* ath_circ_029797 ath_circ_029794 ath_circ_029758*
PMCS 0.366767189
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description responsive to low-phosphorus stress
Other Information
References lv et al., 2020