Detail information of BGIOSGA033130_circ_g.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA033130_circ_g.1
ID in PlantcircBase osi_circ_008512
Alias Chr10:19989812_19994681(ZS97RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr10: 16576836-16581705  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ei-circRNA
Identification method CIRI2
Parent gene BGIOSGA033130
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA033130_circ_g.2 BGIOSGA033130_circ_g.3
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered BGIOSGA033130-TA:14
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CAGTTGATTCTCTTTGTTATGCAGGTCCATAATAAATTTTTCTCGACAGTGTCTAGATCCAGGA
ATCAGGGCAAGGTACTTCAGTCCGCGACTCATGGAGgggttgagttttcagaccaagaaaaagc
tgccatcttctttgaggtacagactgctctgaaagttagacgactccagactgataagtgatgc
tttccttc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGGTTGAGTTTTCAGACCAAGAAAAAGCTGCCATCTTCTTTGAGGTACAGACTGCTCTGAAAGT
TAGACGACTCCAGACTGATAAGTGATGCTTTCCTTCAGTTATTTAGTCCTTAAAATCTCTATCG
GCCTATTTGGCAGAGATCAACTCCTGGATTCTTGCGAAATATGGAGTTTGTAGACTAAAATAAA
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TGTAAAATGCTGCACCGGAACCACGGAGGCACTGTGTTGTGAATTATTTGTGCTGAACTCACAA
CTCAAGTCATATGAGAATTTTCACTGTCAATTAAATGTTGAACAGATACCAGAAGCATTGCAGG
TTGGATTCCCCTATGTAGTTGAAGTAGCACAGCATCCTGTAGTTGCACTCTCATGGTAAGTTTC
TTGTCTAGTTGTCAAATTGCTTGGGAGAGTGACCGTTCTATAGAGCAAGCACTATTGCTGATTT
TGTGTCTACTTAATAGTGTGATCTTGCTACACTGTGCAGTTAGCAATTTTGACACCTGAAAATG
CTTACTGTTATGAATAGTTACTGTAGCATATCTCTGAAAGCTTTTATTTGTTCTGGATGGTGAA
TGTAATACCAAAATTTTCAGCCGATTATTGACTTCTAGACATATAGTGTAGCACACTGCAAACC
GTAGCTGGAATACTATATGGCAATACAAGTTGATCAGTTGATTCTCTTTGTTATGCAGGTCCAT
AATAAATTTTTCTCGACAGTGTCTAGATCCAGGAATCAGGGCAAGGTACTTCAGTCCGCGACTC
ATGGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021