Detail information of Zm00001d027265_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Zm00001d027265_circ_g.1
ID in PlantcircBase zma_circ_000497
Alias circ86
Organism Zea mays
Position chr1: 1016682-1021126  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   ui-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Zm00001d027265
Parent gene annotation ATPase 7 plasma membrane-type
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d027265_circ_g.2
Support reads 2
Tissues seedling leaves
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-AA
Number of exons covered Zm00001d027265_T007:2
Zm00001d027265_T005:2
Zm00001d027265_T002:2
Zm00001d027265_T004:2
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCTTCTTCATCATTGCTGGGTGACAAAAAAGGTGACATCGCAGTTCTACCAGTGGACGAATTGA
TTGAGCAAGCGGATGGATTTGCTGGAGTTTTCCCAGggaagtacctgaagggactaaggaaagt
tctggtgggccttggcaatttattggtcttctcccactctttgatcctcctcgccatgacagtg
ctgaaact
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGAAGTACCTGAAGGGACTAAGGAAAGTTCTGGTGGGCCTTGGCAATTTATTGGTCTTCTCCCA
CTCTTTGATCCTCCTCGCCATGACAGTGCTGAAACTATACGCAGAGCTCTTGACCTTGGAGTCA
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GAGGTTCACCTATGGGAGATGGCTGGTGCAAAAAAACTGTCTTTGCTCACCGCCCCCATTCCAG
GCATCCCTGCTAGTTAGCTAGCATTGTGGTTATTTGTGTTAGGTTCTTCTTTAGACATGGATGG
GTTTCTGTATGCCTGTTACTGGCCGCCATAGGCGCCTCTTTTGTTTTCTTCTGTAATTGTCCTT
CTTCTTTAATATAATATCGCGCAGTTCTCCTGCGCTTTCGAGAAAAAAAAACTACCAACTTGCT
ATTTTTTTTGCTTCATTCCCGCACATCATTGTGAAGTTGCCCCTTCAAATCCTTTTCAGGTGAT
CAGTTGGCTATAGCTAAGGAGACTGGCCGGAGACTAGGAATGGGCACAAACATGTATCCTTCTT
CATCATTGCTGGGTGACAAAAAAGGTGACATCGCAGTTCTACCAGTGGACGAATTGATTGAGCA
AGCGGATGGATTTGCTGGAGTTTTCCCAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.020509124
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chen et al., 2017b