Detail information of Os09g0460250_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Os09g0460250_circ_g.1
ID in PlantcircBase osa_circ_039471
Alias Os_ciR11833
Organism Oryza sativa
Position chr9: 17408320-17412993  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   u-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene Os09g0460250
Parent gene annotation Hypothetical gene. (Os09t0460250-01)
Parent gene strand -
Alternative splicing Os09g0460250_circ_g.2 Os09g0460250_circ_g.3
Support reads 2
Tissues root
Exon boundary   Yes-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Os09t0460250-01:9
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATGATGTGAGCTTCCAGGTCTTCATGGACCATCTCATGCGGCTAGCAGTCCAATAGGATATGAA
TAATTTTGTACGATCAGTAATTTCTTCTGCTGTGCAattgtatccaaatccttgttagagccaa
ttcgctcacacaaagatcttgataaagactcagctccactttatgataaagctgtcaagttcta
tgatcaga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATTGTATCCAAATCCTTGTTAGAGCCAATTCGCTCACACAAAGATCTTGATAAAGACTCAGCTC
CACTTTATGATAAAGCTGTCAAGTTCTATGATCAGATTGCAAAGCAACTTGTGCACCAGGGGCA
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ATTGCCATCCAGTGCTGAACCTTTCATGATATTCAGGTATTTGCCCAATTGTTAAAATCTCCAC
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GTATGGGTCTCAGGTATAACTTTTGTTCTGTACTATTTGCAGTTGATCTGGAATTCTGGATGGG
TTTGATAGTTCTTGGCTATTTAATGAACACGTTCAAAAATCAATTTATATATTACTTTTCTCTA
AAATTTCAGGCTCGATTTTTACTGGCAAAGCTTAATCCATCTGTCACATATAATTCTGATAATT
CTTCTCATGGAGGAGACGTCATATTCACAGATGATGTGAGCTTCCAGGTCTTCATGGACCATCT
CATGCGGCTAGCAGTCCAATAGGATATGAATAATTTTGTACGATCAGTAATTTCTTCTGCTGTG
CA
Conservation Information
Conserved circRNAs osi_circ_007167
PMCS 0.213447737
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ye et al., 2015