Detail information of Zm00001d018562_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Zm00001d018562_circ_g.1
ID in PlantcircBase zma_circ_008855
Alias zma_circ_0002033
Organism Zea mays
Position chr5: 223268615-223272983  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   u-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene Zm00001d018562
Parent gene annotation Callose synthase 3
Parent gene strand +
Alternative splicing Zm00001d018562_circ_igg.1 Zm00001d018562_circ_g.2 Zm00001d018562_circ_g.3 Zm00001d018562_circ_g.4 Zm00001d018563_circ_ig.1 Zm00001d018565_circ_igg.1 Zm00001d018565_circ_g.1
Support reads NA
Tissues leaf, root
Exon boundary   Yes-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered Zm00001d018562_T003:10
Zm00001d018562_T006:10
Zm00001d018562_T007:4
Zm00001d018562_T005:9
Zm00001d018562_T001:10
Zm00001d018562_T002:12
Zm00001d018562_T004:10
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AGGAAAGTAACAACAAAGAAGATCATGATCAGATCATCATATTGTTCCAAGACATGCTTGAAGT
GGTTACAAGGGACATAATGGTTGACCAGCTCAGCGAcaatcttggatatcatcttgagctggaa
agcaagaagaaacatgtctcttgttgttaagctacgatacatcttgaagttactatcagctgct
tcttgggt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CAATCTTGGATATCATCTTGAGCTGGAAAGCAAGAAGAAACATGTCTCTTGTTGTTAAGCTACG
ATACATCTTGAAGTTACTATCAGCTGCTTCTTGGGTTGTGATTTTGCCTGTAACTTATGCATAC
ACTTGGAAGAATCCAACTGGTCTTGCAAGAGCAATTAAAAGTTGGCTTGGTGATGGTCAGAATC
AGCCATCATTATACATTTTGGCAGTTGTGATTTATTTGGCACCAAACTTGCTGTCCGCTACACT
ATTTCTTTTCCCTGTAATTAGGAGAGCTCTTGAGAGATCAAATCTTAAAGTCGTAACATTCATA
ATGTGGTGGTCGCAGGTATTTCTTGTTTTACCTTTTTAAGCTGATTTTGTTCTTACTACGCTTT
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GGGCGCATTCTCCCTTTTCAAGTATGCTTGCCTATCTCAGTTTTTTATTTCTTTTAGTTTACCA
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GCTTTTGGCCACTAAATTGGTTGTGAGCTTCTATGTGGAGGTATTATTTGATCAATGTCTTCAT
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CAACAATTCTTTAGATGCAAGTTGGGACCTACAGAGCCTTCTTCATGGGGTCTATCTCCTTTGA
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ACAATTTTGGCATCTCATTTTGTCGTCCATCGGGTTAGGTGACCTCACTCCGTTTGTTGATGAA
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TTCAATAGTGTCATAATTCTTGGGGCTTGGTGCATATGGCTCACTCGTAATAAGGATGTTTTTG
ATGGAGTGAGCCCTTCCATTAGCTCGGTTAAAAGGTTGTTTTTAGATGAGTTGATAAGTTGGAA
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TTATGTCTTGGTTTTCGGGTCCAGTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTCTGCCCTCAGGGCGTTGTAT
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GCTTAAAAAGTGATTAACATTTAAGCGAATAAAATGTGTATCCTACTACTCTCTATGTGAGTTC
TGTCTCATCAAAATCTGCGAAACTTTGTTTATAGTCCCTTGCTCTGTCCGAGGCTGGGGTTAAG
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AAAATTTGGGTTACTCACCTCTCATGTGTACCTATGTCCTATCGTGCAGATCAAACCACTTGTG
CAGCCAACAAAAGATATAATGAAGGAGCCAATACGAACATTTAAGTGGCATGAGTTTTTCCCCC
ATGGTATACCGCGAAATGATGATCTTCTATTAGATATTTTGATATTTGCTTAATTTTCTTTTTA
ATCTGCAGCAAATAACAACATTGGTGTTGTCATTGCGCTTTGGGCTCCTATTATTCTTGTATGC
TTCTTGCCCTTTTTTGTTGTCTTGAATGGTAGGCTCTGTTGCTCCTATTTTGACTTACCCTAGT
TGAGTGCTTTAGGTCTATTTCATGGATACTCAAATTTGGTATGCAATTTTCTCAACGCTAATTG
GTGGTGTCTATGGGGCTTGTCGCCGTCTTGGTGAGGTTAGTAAAGCTTGCCAATAAATTACTTT
ATTATTTTGTAGACTGGGGTTGGTTGTGCTTGTTTCATTGTGTGACGTTATATTTTTAGTTATT
CTCCTATGCAATCTTCAGCAACAAATGAAATATTTGCTTTCCTATCTGGCCTTTTTTCCCAGTC
TCAGTATGCAGTCAGGTTCTGCATCGAAATCTTGTAGCATAATAGATTAGCTCAGTCATGTCCT
CAAATTCATCTATTTTTTTGTGTCTATTTGCACCAGTTTTTGAAATCGGTATCACTGGATATGA
TCTTCAGATTTAAGTGTCACTTTCTTTTAAAATTTTTCTGACACATTTCTCTGTTTGAGTTGAT
AGAAGCTCAAATTCTTCTGACACACCTCTTTTGTGTGTGTTCATGTGTATGAACACTTAGCTTG
TTTCATGCATACAGAGCTTTTGGGCTGCATTGTACTTTTTGATGGTTCTTTATTATTAATTTAT
AAGTGATCTAACTAACTTACCCTGTGCACTGTTGCTGGTTTCATGAGATCAGATAAGGACATTG
GGGATGTTGAGATCTCGGTTCGAATCCCTGCCTAAGGCTTTCAATCAATGCTTGATTCCATCTG
ACACAAGCAAAAGGAGAGGATTCCGGGCTGCTTTCTCCAAACCTTCTAAGGTGTGGATTCTTTT
TTCTAACAGCTTTTACTTGAGCGAAAGGGCCTCTAGCTGAGTTGGTTAGGTGGTCTGAGTAGCA
CTCCTCAGATCCTGGGTTCGAGTCCCCGTGGGAGCGAATTTCAGGCTGTGGTTAAAAAAAATCC
CCTCGTCTGTCCCACGCCAAAGCACAGGTCTAAGGCTCAGCCCCGGTCGTGGTCGTTCTCACAT
GGGCTTCGATGCCGCTGTGTATGGATGGGGCAGGGGTTCGGGGGGTTTTCTCGACCTGTGCGAG
AAGGTCTTCTTCTTAATACAATGCCCGGGGGCTGTCTTACCCATCGCAGGTCGAGTTTTTTTAA
CAGCTTTTACTTGAGGCTACGTCTAATGTAGATTCTTGCCATGGAAAATATGTATTACACTTTT
TTTGTTTGTCACCTGGTACATTTGATTTTTTTAGACATCTGAGGATACCAGAGAACAAGAAAAA
ATAGCCGCAAGATTTGCTCAGATTTGGAATTTAATTATCACAAGCTTCCGTGAGGAAGATTTGA
TAGACGACAGGTGCAACATCCTATCTTTACTCATGCATATATAGACTTCTTTGTTTGCCTTCTT
GCCAAGGTGTTGTTTATGATATTAAAAAAATGGCAGAGAGAAGGACTTGTTACTTGTTCCATAC
TGCAAAGATCGTGATATGGATATAATCCAATGGCCACCATTCCTGCTTGCCAGCAAGGTATATT
ATTCTTGTAACTTGTTTGCCGTCTATTTCTGTGCTATCTATTTCGATGAGTTTTTTTTCCAATT
TTTTTATTGACTGTATTTCAGATTCCAATAGCATTGGATATGGCCGCAGATAGTGGTGGAAAAG
ATCGTGATCTAAAGAAGAGGATGAAATCGGATCCATATTTTACTTATGCTATCAAGGAATGCTA
TGCTTCTTTCAAAAACATCATATATGAACTAGTGATCGATTCACGAGAGAGAGGGTACATTTGA
CATTATTATGCTTTCATTCATATTACTACACCCTTGACTGTTAAGGGCTTGTTTGCTTAGAAGG
GGATTCCCCTCAATCCCCTCCAATCCCCTTCTAAGCAAACAAGCCCTAAAGCTTAAGTTTTGTT
TTGAACCCAATTGATAAAGTTGATATACTATGCGATATTTTCAGTTACATACAAAAGATCTTCG
ATGCGGTGGATGAGCACATAGCAGAAGAGACTTTGATAAAGGAGCTGAACATGAGTAACCTTCC
TACCCTAAGCAAGAAGTTCATTGAGCTGCTTGACTTACTGGTATAAAATTAGTTATCATTGTTC
TAATAAATTCAATGTGGAAAATTTTTATTCTCGTTCTTTCAATGCAGGAAAGTAACAACAAAGA
AGATCATGATCAGATCATCATATTGTTCCAAGACATGCTTGAAGTGGTTACAAGGGACATAATG
GTTGACCAGCTCAGCGA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.077104782
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Ma et al., 2021b