Detail information of Niben101Scf00472g06013_circ_igg.1


General Information
CircRNA Name Niben101Scf00472g06013_circ_igg.1
ID in PlantcircBase nbe_circ_000191
Alias NA
Organism Nicotiana benthamiana
Position chrNiben101Scf00472: 643871-646431  JBrowse»
Reference genome Niben.genome.v1.0.1
Type   igg-circRNA
Identification method DCC
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Niben101Scf00472g06013_circ_igg.2
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GA-CG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ATGCTATTCTTCCAGGATGTTTTTGTATCAAGTGATGGTGAAGATTCTTTTAATGCCAAAAGTG
ACAATGTCAGTGGTAATGGTGCAAGTGGCAGTGGTAagatattttaacaacgatgaaggttcca
aagaagagtagccttcagaaaaaactgcagaaaggtgtaaagaaagaagaaacagataacttat
tggaaaaa
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AGATATTTTAACAACGATGAAGGTTCCAAAGAAGAGTAGCCTTCAGAAAAAACTGCAGAAAGGT
GTAAAGAAAGAAGAAACAGATAACTTATTGGAAAAACAGAAAATTGAAGAGGCGGTAGAAACAA
GCAAAGACGAGGAAGAAGAAGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAAATTCAGTAGAATCTCCTGTTGT
CTCTGACGCTGATGACGAGGTAATAATTCGAAATCACTGTTTAAGAAATCAAAACAAACTATTT
TCGGTGTACGTTTAACGTAAAAAGATTCAGTTTTTATCATAGCAATAGTGGATTACTTCTTTTT
TCTTCTCCTCCTTGATGATTGAAAATGTCTCAAAGCTTCGTTGTAGCATGACTCTAAGCCTTGG
GTTAAGCTCACGGTACCTAAATTTAGTTAGCAATTTTGACTTAAAAAAGCTTCGACTCATTTAA
AAATATGGGTTGGCATCCTTTTTCCTAATTGTTGAAAATGCCCTTATTTAAGTTGTACTATAAT
GGTAAGCACGGCAGAGCTTAGTTCAAGTGGCAAAGGGTGAGAGACTTGTGACTTAGGTCACATA
TTCGACCCTAGTATTTATAGCAGAGAAGGATAGATGCTGGTGGTGGTGTGGTGTGTGTGTGTGT
GGGGGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNTGCGATTAGCTTCTGTAGTATAATGGTAGAATTGATTGGTCTTTCAGTA
TCAGGGCCTGATTACCCTATTTTTGAATAGCAATTAGGCCTTGTGTTGGTAATTGAGACAACCA
CATTAGTCCCCTAATATATCTAAAGATTTGTTCTTAATTAATTCGGAGAAATTGATGATCCCGA
GTTTGAATACTGTGCATGATGGTTTCAGGTTTTCTCTGATGATGATGGATCACTAAGTGAATCT
GGATCAGAAGAGAGTCATCTATCTGGGGAAGAGGTACATGGTAATTTCCACTGTTTGTTAGGTC
GGTGTAAGATAAACCGGCATACATGCGTACCTCATTCATAGGATTGCAACTAACTGGAACTTTG
TTTTATGCTTTAGTTTTTACTAATCAAAGATGTTTTATACTTATGCTATGATTTTTCAAAAGGT
TTGCTACTTAATTTACGAGTGGCAATATTATGCTATTCTTCCAGGATGTTTTTGTATCAAGTGA
TGGTGAAGATTCTTTTAATGCCAAAAGTGACAATGTCAGTGGTAATGGTGCAAGTGGCAGTGGT
A
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Guria et al., 2019