Detail information of Niben101Scf00472g06013_circ_igg.2


General Information
CircRNA Name Niben101Scf00472g06013_circ_igg.2
ID in PlantcircBase nbe_circ_000192
Alias NA
Organism Nicotiana benthamiana
Position chrNiben101Scf00472: 643873-646433  JBrowse»
Reference genome Niben.genome.v1.0.1
Type   igg-circRNA
Identification method DCC
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Niben101Scf00472g06013_circ_igg.1
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   TA-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GCTATTCTTCCAGGATGTTTTTGTATCAAGTGATGGTGAAGATTCTTTTAATGCCAAAAGTGAC
AATGTCAGTGGTAATGGTGCAAGTGGCAGTGGTAGAatattttaacaacgatgaaggttccaaa
gaagagtagccttcagaaaaaactgcagaaaggtgtaaagaaagaagaaacagataacttattg
gaaaaaca
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence ATATTTTAACAACGATGAAGGTTCCAAAGAAGAGTAGCCTTCAGAAAAAACTGCAGAAAGGTGT
AAAGAAAGAAGAAACAGATAACTTATTGGAAAAACAGAAAATTGAAGAGGCGGTAGAAACAAGC
AAAGACGAGGAAGAAGAAGCAGCAGCAGCAGAAGAAGAAAATTCAGTAGAATCTCCTGTTGTCT
CTGACGCTGATGACGAGGTAATAATTCGAAATCACTGTTTAAGAAATCAAAACAAACTATTTTC
GGTGTACGTTTAACGTAAAAAGATTCAGTTTTTATCATAGCAATAGTGGATTACTTCTTTTTTC
TTCTCCTCCTTGATGATTGAAAATGTCTCAAAGCTTCGTTGTAGCATGACTCTAAGCCTTGGGT
TAAGCTCACGGTACCTAAATTTAGTTAGCAATTTTGACTTAAAAAAGCTTCGACTCATTTAAAA
ATATGGGTTGGCATCCTTTTTCCTAATTGTTGAAAATGCCCTTATTTAAGTTGTACTATAATGG
TAAGCACGGCAGAGCTTAGTTCAAGTGGCAAAGGGTGAGAGACTTGTGACTTAGGTCACATATT
CGACCCTAGTATTTATAGCAGAGAAGGATAGATGCTGGTGGTGGTGTGGTGTGTGTGTGTGTGG
GGGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN
NNNNNNNNNNNNNTGCGATTAGCTTCTGTAGTATAATGGTAGAATTGATTGGTCTTTCAGTATC
AGGGCCTGATTACCCTATTTTTGAATAGCAATTAGGCCTTGTGTTGGTAATTGAGACAACCACA
TTAGTCCCCTAATATATCTAAAGATTTGTTCTTAATTAATTCGGAGAAATTGATGATCCCGAGT
TTGAATACTGTGCATGATGGTTTCAGGTTTTCTCTGATGATGATGGATCACTAAGTGAATCTGG
ATCAGAAGAGAGTCATCTATCTGGGGAAGAGGTACATGGTAATTTCCACTGTTTGTTAGGTCGG
TGTAAGATAAACCGGCATACATGCGTACCTCATTCATAGGATTGCAACTAACTGGAACTTTGTT
TTATGCTTTAGTTTTTACTAATCAAAGATGTTTTATACTTATGCTATGATTTTTCAAAAGGTTT
GCTACTTAATTTACGAGTGGCAATATTATGCTATTCTTCCAGGATGTTTTTGTATCAAGTGATG
GTGAAGATTCTTTTAATGCCAAAAGTGACAATGTCAGTGGTAATGGTGCAAGTGGCAGTGGTAG
A
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Guria et al., 2019