Detail information of orai.003G041300_circ_g.2


General Information
CircRNA Name orai.003G041300_circ_g.2
ID in PlantcircBase gra_circ_000237
Alias Chr03:4886732|4891589
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr03: 4886732-4891589  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   e-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Gorai.003G041300
Parent gene annotation NA
Parent gene strand -
Alternative splicing orai.003G041300_circ_g.1 orai.003G041300_circ_g.3
Support reads 35
Tissues ovule
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered Gorai.003G041300.9:2
Gorai.003G041300.3:2
Gorai.003G041300.8:1
Gorai.003G041300.5:2
Gorai.003G041300.1:2
Gorai.003G041300.6:2
Gorai.003G041300.7:2
Gorai.003G041300.2:1
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   ACTCCGTACCTTGAAATCCTGGGCAATTTCACGAACAAGCCTCTGGAAAGGCAATTTCCTGATA
AGAAGCTCAGTACTCTTCTGGTACTTTCGAATTTCAcgaagagcaacagttccaggacggtatc
gatgaggcttcttcacaccaccggtggttggggcagatttacgggcagcctgttatacaacaga
gatatatt
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CGAAGAGCAACAGTTCCAGGACGGTATCGATGAGGCTTCTTCACACCACCGGTGGTTGGGGCAG
ATTTACGGGCAGCCTGTTATACAACAGAGATATATTCGAAGTTAATCACAAAACAAGAAAGCTC
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CAAATTTAAGCCCATAAATTTTCGCTTCCCCAACCTACCACTACGGCACTACCTAAACATGTCC
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GTCCTTGGGCATTATAGTAACACGCTTGGCGTGGATCGCACACAGGTTGGTGTCTTCAAAGAGA
CCCACAAGGTATGCTTCTGCAGCTTCCTGAAGAGCAAGAACGGCATGGCTCTGGAAACGCAAAT
CAGTCTGCAAACAAATATCATATCAACGATTGTCAACCAGAAGTCAATACCATCAATTGCCAAG
GAATTGACACAATAATAGAGATACTCCGTACCTTGAAATCCTGGGCAATTTCACGAACAAGCCT
CTGGAAAGGCAATTTCCTGATAAGAAGCTCAGTACTCTTCTGGTACTTTCGAATTTCA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 1.114592034
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs gra-miR8743e
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b