Detail information of orai.003G041300_circ_g.1


General Information
CircRNA Name orai.003G041300_circ_g.1
ID in PlantcircBase gra_circ_000236
Alias Chr03:4886545|4891407
Organism Gossypium raimondii
Position chrChr03: 4886545-4891407  JBrowse»
Reference genome Graimondii_221
Type   ue-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene Gorai.003G041300
Parent gene annotation NA
Parent gene strand -
Alternative splicing orai.003G041300_circ_g.2 orai.003G041300_circ_g.3
Support reads 10/7
Tissues leaf/ovule
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   CT-AC
Number of exons covered Gorai.003G041300.6:3
Gorai.003G041300.9:1
Gorai.003G041300.1:3
Gorai.003G041300.7:1
Gorai.003G041300.3:3
Gorai.003G041300.4:1
Gorai.003G041300.5:1
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGATCGCACACAGGTTGGTGTCTTCAAAGAGACCCACAAGGTATGCTTCTGCAGCTTCCTGAAG
AGCAAGAACGGCATGGCTCTGGAAACGCAAATCAGTcttgaagtcctgggcaatttcacgaaca
agcctctggaaaggcaatttcctgataagaagctcagtactcttctggtatttacgaatttcac
tgtacaaa
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence CTTGAAGTCCTGGGCAATTTCACGAACAAGCCTCTGGAAAGGCAATTTCCTGATAAGAAGCTCA
GTACTCTTCTGGTATTTACGAATTTCACTGTACAAATAAATTATAATATGTCAAAAGCCTATAA
AACGAAACACCCACACTCACAAGAACAAAAAATCATGTAATGAAAATATGAAAGAATACCGAAG
AGCAACAGTTCCAGGACGGTATCGATGAGGCTTCTTCACACCACCGGTGGTTGGGGCAGATTTA
CGGGCAGCCTGTTATACAACAGAGATATATTCGAAGTTAATCACAAAACAAGAAAGCTCAAATT
TGGTAAACCGGATATTGTCTTGAATGCAATACAATGAATCACCTTGGTAGCAAGTTGCTTCCTT
GGAGCCTTCCCACCAGTCGACTTACGGGCGGTTTGCTTGGTACGGGCCATCTCTGCAAAGATAT
GAATAATTTCAGAAGACAAACAAAAAAAAAAAAACATTTTCTCATGAACCAAAAATAACACACA
AAATCCAGATCTTAGATAATTACTGAATAATTCCCAAAAGCCCTAATTTTCAAACTAGAAAACT
TCTAAGCCAAAATAGAAAATCAGAAAGGGAATTAAAACAGAAGTCGAAGGTCCTAAATGAACTC
AGAAACTATAAAAGGTACCCTAATTATAAACAAATTCAACCTAATTCTACCTTACCTCCCCTAT
TTCCCTAATTCAACTTACACTACATGAAATACAAAAACAAATTAAAAGAATCAGAATTTACAAA
CCCTAATTTATCATAAAAGTAAACAAATAAATAAAAGCTAAGAGAGCGAGAGAAGGTGACTAAC
CCTGAGATCTTAGACAAACGCTTTATTATCTTCCTGTTCAAACGTTTGAAAAGGTAAGCAATTA
AGAGGTATTTATAGAAGGTTGGGGGTTTTGATAATGAAGTTGATCCGACGGTTAAGATTTACAA
TCCGTGTGTTTCTTTTGTACGAAATCTGACGGTAAAAACTGTCACAAGTTGTGTTTTCTGAGAG
GAAAAGGACGGTTGGGATTAGATTATAGTGGGAAGACACGGATCGTGATGGTTTGAGTGCTTGA
TTCTTATTGGTCGACTAAAATTGCTTTTTAGCACAAATGTTTTTAAGGTTGGATTAATGAATTA
ACACAAAATTAAAAGTAGTAAATTTTGTCCTTCTATTTATAAGTTGGGAGGGGTTTTGGATAGT
TCTAAATATTGTGTAAAAAAAACAGAAATGATTATAGTCTCTAATGAGATTATTAAAAAATATA
TATAGCAAATTTGATTTGGCATTAACATTTACTTATAAATAGGGTTAAATTATGAAAGTTGTAA
TTTGGTATTAGTCCTTAATAGATTTAAGAAAGAATTTTGAATATTTTGAACTTAGATTTTATTA
TAAATTTGATATTAAAATTATAAGATTATTTAAATTTATAAACACCATAAATTTTTTTGGCAAA
AGGGATTAAATAAAATCTTAATAAAAATTAATAAATCAATTTACATCTTAAAAAAAAAATGCAC
ACAATTAAAGTCCCAAAAGCAAAAATAAAAAATAAAACTCTTTCATTACCAAAAACTTCTGTTT
AAAAGAGGGGAGAAATAGACATCTAAGCTCCTTTTGATGTAACATATAAATTTGTTTCGCTTCA
TTCCAAACACAATTCAAATATATATTCTAAAAAAATGGTAAAAAAATTATAATAAATAAAATTT
AAAAAAGAGTAAGAAGTGTTTTCTTTTCTTTTATTTTAGTCCTTAATAACATGTGATATTTTGG
TTTATAATTGACTATTTTGACAAATCTTTTCATAGTTAACAATATTTATAATCTTTAATGATTT
TTAACATTCTTTATAATTTCATACAAGATTTTAAATATATTATAATATTTTCAACTAGGTTGAG
CCTTTATTTATCTAAGATTGATTTTTGGGCAAATTTTTTTTCTGAAAATATTAACTAATTAATT
ATATAGAAGTACTCAGAAAAGAAAAAAAACATCCTCTCACTTGTCTAGTCCTAGAAAGGTTAGA
AACGACATAGGAAGGGTACCAAAAATCTACAAATCCTTTTTTTTTCTTTTATATTAAAGTTAGT
TTGCTTAAACAGTTCGTAGCTTGATTTTGCTCTCTAGAAATATAAAACAAGAGCCACCGTTTTT
TTTTGTGCCAAAATATTTTGTATACATCTAATCAAAGTTGAATTCGACATGTTAGACTGCAAGG
AACGCTTCCTTGATTAGCTTTAACAATTTTCAAACTATAAGATTTGATTACTCCATCATCAAAG
GCCTCATAGCCTCTACATTGGGTTAGCTTGAGACCGTCCAAAATATCCTGAAGTTCGGTGTCAA
TGAACGAACACTTCCCTAAGTAACGGTTATAGCCAGACACCCATTCCCATTCTCATCACAAATT
ACTCCCCGAAAACTACATTACCTAATTAATTTCTTTCCAAGGCTCATTTGGCTAAATTTGTTTT
TAGAAATAATGATTTTTTTACGTACCAATTTAATAAAAAAAGTTAGTTTAATTAACCATTTAAT
TATTCCATTCTTCAATTCTAGAAGTTAAGTTTCTTTTATCAAAACATCTTGAAATTTTTAACAC
TTCACTGTGAATCTCCACATTTGTAATTAATTAATTTTTAATATATTTATTTAACAAAATTTTT
AAATAATTCTAAGAATTTTCTATATTTTAAAAAATAATTAATTGTTGATGTTATAGTTTTAACT
TTAATTTTTCCATCCAATATCGAGTAGTTTGAAAAATTACAAATATAAATATTAAAAAATAAAA
AAAATTTAAAAGCTAAAATGATTTTTTTTTACGAAGTTAGAGCCTAAATAAGTAATTATAGATT
TTTTCTAATATCTCAAATTATCAAACAAGAATTATCTTAATTAAATATAGATTCAACTTCAAAA
TCTTGAACCGAAAAATTCACCTTAAATGCTTTTTTTCATCCTATATTTGAAAAAACATTCCATT
AGGATTTTCACACCATTACTCGATGCCACTTGTAAGCACAAAACATCTTGATCCAGTTAACAAA
AGCACCAATATCAGGGTAATTTACCAATAAAAGTTTTTTTTTCAAAATTTATCGAAATGGACCA
ACTATTTAATTATTTACCGAAATGGTCTATTTTTCGCGAAATCGCATCCACGTCAGCGCAATGT
CAGGGTACGCGCCAGGAAATCGCGTCCACGTCAGCGCGACTTGCTGACGTGGACAGAAATCGCG
CCTTAGAGGACACGATTTGCTGACGTGGCATGAACAGTTTATTTTTTTAGCTTAAAAAACTTTG
AAAGGCCATAACTTTTGGCTCGGTTGTCCAATTGAGACGATTTTTTTATTTCGAATAACTTTTC
GAGATCTACGCACTGACAAACTTCTTAGAGATGAATAGGGACTAATTTGTAAAGTATAATTTGT
TAGTTACGAGTATAGGGACTAAAATATAATTATTTCAAAATTAACATGAAATTTTTGTATTTAA
GAATATTTTAATGTTATGGAAGGATGAATTTGAATTTGAATTGAAAAACAAAGCTTAGATTTGA
AAATATGACTATTTAGGTTTTAGAGACTAAATTGAATAAAATAAAAAATTTTAGGAAACTTCTC
AAAAGTCAAATGAGCTGACTTATAAAAAAATATCCAGTGTTTACTTCAAATAAATAAGTAAAAT
AATAATTTAAATGTTTAAAAATTTAATTTTAAACCGAAAAAATCAAAATTTAGGGACAAAAAAG
ATCTTTTTTGACAAAATCTGCAACAAATCACCTTCAACAATTTATCAGCGCGTAAATCTCAAAA
AATTATTTAAAATAAAAAAAATATTTAAAATAAAAAAAATCGAACAACCGAGCGAAAATTTATG
GCCTTTCAAAATTTTACAAACTTAAAAATATAAACTATTCATCCACGTCAGCAAATCGCGTCCT
CATAGGCGCAATTTCTGTCCACGTAAGCAAATCACGTTGACGTAAACGCAATGTCCTGACACGT
ACCCTGACATTATACAGACGTGAATGCGATTTCGCAAAAAATATCCTCTTCCGGTAAATAATCA
AAAAATCAGCCCACTTCAATAAATTAAAAAAAAAAACTTTTATTGATAAATTACCCCAATATCA
CTCGTCTATTTTACGCTAACCATAGTAATAAGATATACGCTGAAAGACACGCGTCCCACTTTTC
ACATGGGACACATTTTCATTACCGACATGAGAGGGTAATCGCTCTTTCCGGCCAGTCAACAAAT
TTAAGCCCATAAATTTTCGCTTCCCCAACCTACCACTACGGCACTACCTAAACATGTCCCCTCC
ACAATATCCTCTTTTAACGGACCGATTCCACAACACTACTAAACAACATTTGCATTTACAATAC
ACGAAAAAATATTCGAAGTCACTAGTTTTGATTAGGAAGCACATTAAAACAAACTATACCAGAC
ATGAGATCTTATCCATTAAAATATCAGACATCACACTCTCCACCATAACCCCATTTCATCATAA
CATTGAACCTACGCACTAAGATAAACCTATCATTCAATCTAGTAATAAAAGAGGATTAAAAATA
AACATAAAAAAATAGTACAACACATCTGCCTAACAACAAACAATAGTTTCTCCATTCTAAGTGA
GTGATTAACACACTTGGAAATTAAGCACGCTCGCCCCTGATCCTACGAGCCAACTGAATGTCCT
TGGGCATTATAGTAACACGCTTGGCGTGGATCGCACACAGGTTGGTGTCTTCAAAGAGACCCAC
AAGGTATGCTTCTGCAGCTTCCTGAAGAGCAAGAACGGCATGGCTCTGGAAACGCAAATCAGT
Conservation Information
Conserved circRNAs ghi_circ_000844* ghi_circ_000535* ath_circ_038865
PMCS 1.113582785
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs gra-miR8743e
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhao et al., 2017b