Detail information of Zm00001d020843_circ_igg.2


General Information
CircRNA Name Zm00001d020843_circ_igg.2
ID in PlantcircBase zma_circ_005470
Alias pollen_test_circ_001937
Organism Zea mays
Position chr7: 134476006-134480869  JBrowse»
Reference genome AGPv4.38
Type   igg-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing Zm00001d020843_circ_igg.1 Zm00001d020843_circ_g.1
Support reads NA
Tissues pollen
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   GT-AA
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GCTGATGCCCCCTCCGCCGACGCCCCCGCCCCCGCTGCTGACGCACCTGCCGATGGACCTAGCG
GACCGGCGGGTGCACCTGGTCCCCAGGGCGTCGAGGggcctgtcaggcaatgaggatgacgatg
atgactccaccaactgaggccacacatgtcggcccggttaaatttggaacaagacatggaagaa
aaatgaga
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GGCCTGTCAGGCAATGAGGATGACGATGATGACTCCACCAACTGAGGCCACACATGTCGGCCCG
GTTAAATTTGGAACAAGACATGGAAGAAAAATGAGAGCAATGTCTTTAAAACCATGAATCCATA
ATAATGTGTGGTCATCCATGGATACATCCTTGCTCTCCCTCTTTTTCTTTCTGTTTGATTTTCA
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TCGAGTCCTTAATCTAGTTGATAAAAAATTAGTAAATTAGGACTCCTATTGGAGACAATTTTTA
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GTTGTTTAGCCACCACGATGTATATTTTGATTAGGCCAAATCTTATTTTGATTAGGCCAAATCT
GTGTCAACGACCCTCACTCCCTCGGTTGAAACCCAAGTCTCGCACACTTTGCATTGGGGCTTTG
TCTGACTGCTACAATCACGCTAGGCCGCATACGCCATGGACGGCCAAAGGTTCCCTACCTATAA
TAGCCCGCCTCCACCACCATATAAACTTGGCCTCACCACCCTCGTCCCTCACCGCACCACAACA
AGCATAGAGACACCAAGCGTCAAACTTGCCAAGCAGCTAGCAACCAACCCAAGAAAGCTAGACA
CCATACCCATGGCTCGCGCTAGCGTCGTCTTCGTCATTGCTACTCTCCTCTTCGTCGCCATGGT
TGTGGCACCGATGGCCGAGGCAAAGTCCGCTGATGCCCCCTCCGCCGACGCCCCCGCCCCCGCT
GCTGACGCACCTGCCGATGGACCTAGCGGACCGGCGGGTGCACCTGGTCCCCAGGGCGTCGAGG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.057456067
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Tang et al., 2018