Detail information of Niben101Scf04675g01003_circ_g.1


General Information
CircRNA Name Niben101Scf04675g01003_circ_g.1
ID in PlantcircBase nbe_circ_007280
Alias NA
Organism Nicotiana benthamiana
Position chrNiben101Scf04675: 133815-138698  JBrowse»
Reference genome Niben.genome.v1.0.1
Type   ue-circRNA
Identification method DCC
Parent gene Niben101Scf04675g01003
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing Niben101Scf04675g01003_circ_g.2
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   No-No
Splicing signals   AA-CA
Number of exons covered Niben101Scf04675g01003.1:11
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTAACACTGTTGATCCATTTGCTTCAGTTCCACTAAATACTTTTGGCAACTCTGATCCTTTTGG
TGCATTTGTTTCTCAACCTGTATCAATGCCCGATGAaattcagattcatttatcccaaatcaac
ttaaatatcaattaggcagatccaaccatggatttcatgaaggtcttcgatcaaacggtccgcg
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence AATTCAGATTCATTTATCCCAAATCAACTTAAATATCAATTAGGCAGATCCAACCATGGATTTC
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TCTTTTCTGCAGAAGGGCGTGGATCTATTTGCCTCCCAGCCTGCCCCTTCAGCTGCAGCTTCAA
CGATAGATTTTTTCGCTGCACCAGATCCTGTTGTACAGTCTAATAACGGATTTTCAAAACCACA
GATTACGGGTGTAACTTCCCAAACTCCAGTATGAATCCCTCCATCACCCTGTTAAAATCTTGCT
CTTAATATTGCTTAGTTTGTTACAAAGTAACCACTTGTTTTTTCTGCAGAAGGGTGTGGATCTG
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CTGTTGTACAATCTGATAACAGATCTTCAAAACTAGACCAGATGAACATTAACACTGTTGATCC
ATTTGCTTCAGTTCCACTAAATACTTTTGGCAACTCTGATCCTTTTGGTGCATTTGTTTCTCAA
CCTGTATCAATGCCCGATGA
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential NA
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Guria et al., 2019