Detail information of 1_circ_ag.5


General Information
CircRNA Name 1_circ_ag.5
ID in PlantcircBase ath_circ_005509
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr1: 11995701-12000292  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 1_circ_ag.3 1_circ_ag.4 1_circ_ag.6
Support reads 8
Tissues root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   AATATATTATAAATCGACTAATCTTTTCCATTTATCTTCGCAGCATCAGCATAAATGCACTGGA
GATGATGATAGCACTTGGGTTTTTGGCAGCAGTAAGtgtaagagtgtccaacgagctcggtagg
ggaaaccccgaaggcgccaaatttgcaacaatcgtagcggttttcacgtcactctctataggat
tagttcta
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TGTAAGAGTGTCCAACGAGCTCGGTAGGGGAAACCCCGAAGGCGCCAAATTTGCAACAATCGTA
GCGGTTTTCACGTCACTCTCTATAGGATTAGTTCTATTCTTCGTCTTCTTGTTTCTAAGGGGAA
GAATTTCGTACATTTTCACTACAAGTGAAGCTGTGGCAGCCGAAGTCGCTGATCTTTCTCCACT
TTTAGCATTTTCCATCCTCTTGAACAGTGTTCAACCCGTTCTCTCAGGTATATACATTAGCTAG
TTCAAGCGTGATGGTTATCATCGTATCGAATTCGAACTGATATTTGAAACGTAGTATATGCCTT
TAATTGGTTTCAAACCTTATCAGGAGTGGCAGTGGGAGCGGGATGGCAAGGATATGTGGCTTAC
ATTAACCTTGCTTGCTATTACCTTCTCGGAATTCCTGTTGGTCTTGTCCTTGGTTACGTTGTTG
GTTTGCAAGTCAAAGTAAGTTTTTCTCTTTATATATTTTTTCTTCATAATGAACAAAAGTAATA
AAATTAACAATTGAAAACAACATAAAACTTTACTTATCTTTTTTTGAAGGGTGTATGGATAGGA
ATGCTTTTTGGAATATTTGTTCAGACTTGTGTGCTTACCATCATGACTCTCAGAACAGATTGGG
ATCAACAGGTTTAAATAAACAAAATTGTAGTTTCCCCTTCCAAAATAATTAGTTTGTTCAAGCA
AGCTATGTTATTGGTTTGGAGCTTAATTATATTGTTTGTTGCCACTTTTTTCTGTAGGTATCTA
CGTCGTTGAAAAATATAAACCGGTGGGTTGTACCAGAATCTAGAGATGCAAATCAAATTTCATC
AGAGGAATAATTCGTTTGGATTATGATATGAACAAAGATATTATATAATTATGATGTTATTTTG
GGCAATAGTTCTTTCTAACTCAGATTTTCAATATGAAATAAATTTTGATGGTAATTTATTAGGC
TTTTTGTTGTTGTTGTTGTTGTTGTGGTACAATGAAAAAAGAGAGTACAATCTATATAATTTAT
TATAATCAAAGAAGAGGATAACTAAAATTTATTAATGAGCTATTTAAAAGATAAAATCCCTTTT
AGTTCTTTAATTTCACCAACATGTTAACTCATAGTAAAATTAAACTTTGGTAGAATTTTGAGAT
ATACTAGTTATTGAAATAGTGCGAATTAGGGTATGACCAATAAAAAGAAGAGAGTACCTTTGGA
ATTTTGGGGAAATTTGTGTGCTTACTACTATGATGACACTAAAAGAGATTAAAATAATCATGTT
TTATAAACTGATTACCATTTAAAAAAAATGAAATTTCTTCGTTTATCATAGGAAAAGTACAAAC
ATGTTTAAAGAAATTATATTGGTAATTATTTTTAAAAGATCTTCGTGGCTAAAACGTTAAATTG
ATTGATTCATTTTGACAAAGAAAAATAAACGTTTGATTCTGGAAATCCTCATAATAAATATATA
CGACAATCTTAATTCACTAAAAATTGTAATTGCTTACGTTGCTTAGAACAAGAATTTGACTATT
GTAGTTTGATATGCTCGTTTCTTGATTTTTTTTTTATATTTTTATTTTTTTTAAATGGGTTTAT
TATGCAACACATAGACACGAGACTCACGACCAAGAAATATGTATATGAATAATTATATTTTTGA
TAAAAATATTTTGTTTTATTCCAATATACTTTCCAAACACACACTTTTTAAGCATATATAAAGA
TAAAGTTTAGATATGAATTATAGATAATTGCATTTAAACAAATGATCGATGAATGCACGATCTT
AGGTGATCTTAAAATGCATCTATTTCTTAGAGTATTTTCATCACTTAGTCACTCACTGCTACAA
AAGGCGTTGACGACCTTTTGTTTCCCAGCTGAAATATAAAAAAAATTGCTTCTTAAACTCAAAC
TCTCTGCTCTCTCTTTCTTCTATTTATTTCCTCCTATCAGATAAAAACACATAGACTCCACGAT
GGCCGGAAGAGGAGGAGAGCTCACGGAGGCTCTGGTGAAAAAGACCGGCAGAGAAGAAGAGGAT
GAGTTGGGGATGAAGGAGAAGGTTTGGATTGAATCAAAGAAACTGTGGGTTGTGGCGGCGCCAG
CGATCTTCACAAGATACTCTACGTTCGGAGTTTCAATGGTAACTCAAGCTTTCATTGGCCATCT
TGGCCCAACCGAGTTGGCCGCTTACTCTATCACCTTCACCATTCTCCTCCGTTTCAGTAATGGT
ATCTTGGTGAGTTTACTATAGCGATCTTGGTAATGGTATACGTAGCTTCATTTATATCAATTTT
TCCAATTTTATTTAATCTAATGAATCCCTTGATTACTATGGATTCTTCTCCGCTTCAGTAATGG
TATCGTGGTGGTGAGTACTACTTCAATTTTTATTTAATCTAATCTCTTGATTATTAGTGATTAA
GAAATAACTATATTACAAGGTCAGACCATGTAGGTGAAAATTAAAAAAAAAAAACATGTAGGTG
AATTTATGCTATAACTAAGTTGCATGGAAACGGAAACAGAAACGCGGATGCGAAACGTTTCAGA
AACGGGAATCAATTTTTTATTAAAATTAGAGATTAGAAACGTTTTAAAAACATATAAATATATA
TATATATATACATAAAACTATATTAAATAAAAAATGATTTAAACAATATAAGTCTAAACTATCA
ATATTAAATAAGCTAACTAAAATTCTAAAAGATAAAGATTAAAATTTAAAAGATTCAAATTTTA
ATATCTAATTTAGACCAACATTTTTATTCTTATTTTCATTAGTTTCATCAAAGATAATATAAAA
CTCTCTTCAAATCTGGTTTATCAAGAAAAAAATCTTAAAACTAAGAGTTTTCCAAAATTAGTTA
TATGTATTAATAATCTTAATATTTCCAATTTTAGTTATTAAATTTTCAAAGTCAATAAAAAATA
TTTGTCGTATGTCTATTTCAAAAACGCGAGTTTTCATCGTGTTTCCAAACATGGATTTTTAGGA
AACGCGTTTCCGTAATAATTTTTGCGTTTCCGAAACGTTTTCAAAATAAGTTAGACCAAAACTA
TATTATAAAATTTGGTCTCACTTATTTGAATTTTTAATACAGATTAGGTGGTCGTGTGAAGAAA
CTATTATCAAACTCAATTAAAATTTGTATAAGTTTATATGGTTTTGGAGTATTTTTTGGATATG
TAATTCCGGTTAACATTTATTTTGAAACTACACAATGCAAAACTACAGCTGTCTCAAATTTGGT
TATAACTATTGTTCTACTGCAGTTAGGTATGGCCGGTGCACTAGGAACATTATGTGGTCAAGCC
TACGGAGCCAAACAATACCAGATGCTCGGGATCTACCTCCAAAGGTCATGGATCGTCCTCACAG
GTGGTACCATTTGCCTCATGCCCGTCTTCATCTTTGCGGGCCCTATCCTCTTAGCTTTAGGTCA
AGAGGAACGCATTGTTCGTGTGGCTCGGGTCTTAGCCCTATGGGTCATAGGCATCAACTTCTCC
TTCGTGCCCTCCTTCACTTGCCAAATGTTTCTCCAAGCTCAGAGCAAGAACAAGATTATTTCCT
ACGTGACTGCTGTCTCCTTAGGGCTCCATGTCTTCTTCTCGTGGCTCCTAGTGGCTCATTTCAA
TTTTGGGATCACTGGTGCGATGACCTCTATGCTAATTGCGTTCTGGTTGCCTATCATTGTGCAG
CTCTTGTATGTAACATGTGGTGGATGTAAGGATACATGGAGAGGATTCTCTATGTTGGCCTTCA
AAGATTTGTGGCCCGTCTTAAAACTATCTTTGTCTTCCGGTGGAATGCTTTGGTAAGGTTTCCT
ATTTTTGTTTTGTGTTTTGAACACTTAATTAAGGAATTAGCTAGTAGTGGATCAACCAAATGTT
TTCATACTGATAGCTTTAGTTTTCATTGTCATTGTTGGTCAAAACAAGAGATTGGTTCCACTTG
ATGCATATACTTAGTCCATGTATTAGTTTTCAGGCTGTAAACTATATAATATAATTATCAATCT
TGTAGGATTTGATCCGACTGTTACATTTACGCATATACTCCTGAGAATGTTAGGAGTATATTAT
ACACACTTTTAGGAGTATATTTTTTTTTTGGTGAATTACTTTTAGGAGTATATTATATTCACTG
ATAATTTAATGATAGTTCTAGTTACTTTTTTCTTTTGTTTTTTTTTTTCTTTCTAATTTACTTA
TCTTTTTAAAAATTGATGATGATTACTTTGTGGTCGTTATTTTTTACAGCTTGGAGTTATGGTA
CAACTCGGTATTGGTATTGCTCACTGGAAATTTGAAAAACGCAGAGGTGGCTCTTGATGCACTA
GCAATCTGGTAAATAAACAAGAATTGACCTTCTATATCTATTCTGATCTCCATACAAAACATTG
AAACATAAATACATTTTCTTTAGTACTAACTTGACTCATAAGTTATAGTATTGTATGAGTAATG
GTACATACAAATAATATATTATAAATCGACTAATCTTTTCCATTTATCTTCGCAGCATCAGCAT
AAATGCACTGGAGATGATGATAGCACTTGGGTTTTTGGCAGCAGTAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.220893591
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017