Detail information of 1_circ_ag.6


General Information
CircRNA Name 1_circ_ag.6
ID in PlantcircBase ath_circ_005510
Alias NA
Organism Arabidpsis thaliana
Position chr1: 11996462-12001052  JBrowse»
Reference genome TAIR10.38
Type   ag-circRNA
Identification method CIRI
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing 1_circ_ag.3 1_circ_ag.4 1_circ_ag.5
Support reads 12
Tissues root
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TTTAATTTTGAAGGGTGTATGGATAGGAATGCTTTTTGGAATATTCGTTCAGACTTGTGTGCTC
ACCGTCATGACTCTCAGAACAGATTGGGATCAACAGgtatctacgtcgttgaaaaatataaacc
ggtgggttgtaccagaatctagagatgcaaatcaaatttcatcagaggaataattcgtttggat
tatgatat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTATCTACGTCGTTGAAAAATATAAACCGGTGGGTTGTACCAGAATCTAGAGATGCAAATCAAA
TTTCATCAGAGGAATAATTCGTTTGGATTATGATATGAACAAAGATATTATATAATTATGATGT
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AACTTTACTTCTTTAATTTTGAAGGGTGTATGGATAGGAATGCTTTTTGGAATATTCGTTCAGA
CTTGTGTGCTCACCGTCATGACTCTCAGAACAGATTGGGATCAACAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.261113456
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017