Detail information of BGIOSGA035202_circ_g.1


General Information
CircRNA Name BGIOSGA035202_circ_g.1
ID in PlantcircBase osi_circ_008982
Alias Chr11:15181107_15185262(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr11: 11359685-11363841  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ei-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene BGIOSGA035202
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA035202_circ_g.2
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered BGIOSGA035202-TA:8
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   CCCCCATACATCAATTTGATACCGTGTAGATTTGATAGAGCAAGCAAAAGGGGCCTCTTCAATG
GGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTGgtggaggtgcagctatattcaccaaatc
gaccagttgtagacctttcagcatgcttcttgtggataatggctataggaaccatagtttgtgc
ttcactct
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTGGAGGTGCAGCTATATTCACCAAATCGACCAGTTGTAGACCTTTCAGCATGCTTCTTGTGGA
TAATGGCTATAGGAACCATAGTTTGTGCTTCACTCTGGACTGAATTTGTTGCATGCGAGCAAGT
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ATTATTTCTCTGTGAGGTTTAATTAGCCCTTTCCATATCTGTTGTGTTTACTTATGACTATTTC
AATTATATATATTCAATCATGTTTACCCCCATACATCAATTTGATACCGTGTAGATTTGATAGA
GCAAGCAAAAGGGGCCTCTTCAATGGGTATTTTCTATGGCTGACGGTGGGATATGCTGTTG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021