Detail information of Os11g0600700_circ_g.3


General Information
CircRNA Name Os11g0600700_circ_g.3
ID in PlantcircBase osa_circ_009749
Alias NA
Organism Oryza sativa
Position chr11: 23066977-23068874  JBrowse»
Reference genome IRGSP-1.0.38
Type   i-circRNA
Identification method CIRCexplorer
Parent gene Os11g0600700
Parent gene annotation Similar to RING domain protein. (Os11t0600700-01);Similar to RIN
G domain protein. (Os11t0600700-02)
Parent gene strand +
Alternative splicing Os11g0600700_circ_g.1 Os11g0600700_circ_g.2 Os11g0600700_circ_g.4 Os11g0600700_circ_g.5 Os11g0600700_circ_g.6
Support reads 1
Tissues root
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GA-AG
Number of exons covered 0
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GTAGTCAACTAACTTATAATGTGTGTTGTCCTTGGCTTGTATACCATATGAGAAAGTACTTGTA
TGTTTTATCTATGTAATTATTTTGTATTCTGGAATTgtccagctcctcctcttttgatgttatt
tccatcttggatatggttcttatgttcctgaaattattgtaggcagcttgttgttcatgcagtg
catgtagt
Assembled circRNA sequence   Yes
Full-length trsnacripts Transcript length: 1898
Transcript exons: 23066977-23068874
GTCCAGCTCCTCCTCTTTTGATGTTATTTCCATCTTGGATATGGTTCTTATGTTCCTGAAATTA
TTGTAGGCAGCTTGTTGTTCATGCAGTGCATGTAGTTACTGGGGCTAAGAATAGGCTAGTTGGG
GTAGTGCTTTTCCTAGTTTCCATTTTGGCTTCATTATGGTTTTTCAATTCTATTTTCATGTTGG
ATAAGTTGATGGTTTTCTTGCACATAAATTGATCTACCATGTTAGATAAAGTTGATTTATCACA
TTAGATTCCCTGATAGGTTATACTACCTCCATTTCAGGTTATAAGACTTTCTAGTATTGCCTAC
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TATCTATCTACCTGTAGAGGATGCTAACCTTTAAACATGCTGTGTACAAAAAAATTGGTTTATC
CAATAACTATGCAGTATCGGGCATGGCATGTATGTACCTTTAAGCATGCTCGTGTGACTGTGTC
CTCACTTTCTCCTGAATCTAGCTGCAAATGGCAAGTTGGATTGTTCTCATATACTTTTTAATGA
AGAACCAACCTTTGATCTCATAGGGAAGTGATGTGGATATGGATATTGCATATCATCTGTTTGT
CACAATCCCTTGTGGAGAACACTTTGCAAAGACAAGTTGAGTCAGCACTCCGTTAAACAAAGCA
GCTATGAATTCCATTTTACAATCTTTATGGGATAAGACATACCAGTGTTTTGTGCAATGGTTTT
TGAAGCAATAGTTGGGTCACCACATTGCTACTTTATGGTATGATGCTACCTTGGACACTAAATT
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GCAAACCCACACTCAAGCAAGCAACCACCAATAGTAAGGCTGTGTTCGGGAGGTGGAATTCCAC
CTCCCCGCAAGAAAAACATGGTGGTTTATTAATGTTTAATTAATTAAGTATTAGCTAAAAATAA
CTTGAAAAATGGATTAATATGATTTTTAAAGCAACTTCCGTATATAATTTTTTTGTAAAAAATG
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AAAAGAACTCAGCCTAAATATATTGGTTTTGAGTTTGATCCAACAACGAAAAATGCATTTTTAT
CTCTTAATATTCTATTGGGAGCATATCAAGGGCTACTCAAACCATCTGTCCCCAACTATCTCCA
TGACTTATCACAGTAATACTTTATTGATCTCTTCTGTACCGTCTGCTGGTACTGTTAAGTCTTG
AGTTATGTCTTGTTATTTCATTTCATTACATTTCTTCCATATTTCTGATAGAAGCTCATGAGAT
GATTAAAGATCCTTAATAATCTTATAATCCATTAACCCAGTCCATTTTGTGTGAAAAACTGGAT
ATTAAATAAGCAAATTTATGAGATTCGTTACTACTTTATCTGCTTTGTTTCTTTTAGCTTGGAA
TTTGCTTTTAAGTCATAGCTATTCTTTGGATATAATGTGTGTTTGACATGAACTTAGAGGCTGC
TTCTGTGTAGTCAACTAACTTATAATGTGTGTTGTCCTTGGCTTGTATACCATATGAGAAAGTA
CTTGTATGTTTTATCTATGTAATTATTTTGTATTCTGGAATT

Genomic sequence GTCCAGCTCCTCCTCTTTTGATGTTATTTCCATCTTGGATATGGTTCTTATGTTCCTGAAATTA
TTGTAGGCAGCTTGTTGTTCATGCAGTGCATGTAGTTACTGGGGCTAAGAATAGGCTAGTTGGG
GTAGTGCTTTTCCTAGTTTCCATTTTGGCTTCATTATGGTTTTTCAATTCTATTTTCATGTTGG
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TGACTTATCACAGTAATACTTTATTGATCTCTTCTGTACCGTCTGCTGGTACTGTTAAGTCTTG
AGTTATGTCTTGTTATTTCATTTCATTACATTTCTTCCATATTTCTGATAGAAGCTCATGAGAT
GATTAAAGATCCTTAATAATCTTATAATCCATTAACCCAGTCCATTTTGTGTGAAAAACTGGAT
ATTAAATAAGCAAATTTATGAGATTCGTTACTACTTTATCTGCTTTGTTTCTTTTAGCTTGGAA
TTTGCTTTTAAGTCATAGCTATTCTTTGGATATAATGTGTGTTTGACATGAACTTAGAGGCTGC
TTCTGTGTAGTCAACTAACTTATAATGTGTGTTGTCCTTGGCTTGTATACCATATGAGAAAGTA
CTTGTATGTTTTATCTATGTAATTATTTTGTATTCTGGAATT
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.219906371
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Chu et al., 2017