Detail information of BGIOSGA023097_circ_g.4


General Information
CircRNA Name BGIOSGA023097_circ_g.4
ID in PlantcircBase osi_circ_006796
Alias 6:22401691|22406010
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr6: 22401691-22406010  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene BGIOSGA023097
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA023097_circ_g.1 BGIOSGA023097_circ_g.2 BGIOSGA023097_circ_g.3 BGIOSGA023097_circ_g.5 BGIOSGA023097_circ_g.6 BGIOSGA023097_circ_g.7 BGIOSGA023097_circ_g.8
Support reads NA
Tissues leaf
Exon boundary   Yes-Yes
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered BGIOSGA023097-TA:9
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGTTTGAGTTTAATATCTGTCTTTTCCTCAGCTATGGGATCTAAACATGGATTCAGGTCCTGTT
TCAACCTTCCAGGTTCATGAACATTTAAGGCCCAAGttgacatcatctctgcaattgagtttga
taaatctggtgatcatcttgccaccggagacagaggaggacgtgttgttttatttgaaaggaca
gatgctcg
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TTGACATCATCTCTGCAATTGAGTTTGATAAATCTGGTGATCATCTTGCCACCGGAGACAGAGG
AGGACGTGTTGTTTTATTTGAAAGGACAGATGCTCGGGATGTAAGCACCATTAGTTGAACTTCT
CTTGCTCAATTTCATTATTTTATACTCATGAAAGTCTATCTGTTAGCAGAATGCCAGTCGGAGA
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GAAAGGAATCCTTAGCTTAACCATTGCAAGCAAATGAAGCATTACATTATTGTGCTATGCTCTT
GTTTTGTTCTTGCTTGAATTACTTGCATATGGAAACTCACATCTATGTTTTTTTGATGAACTGT
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ACATGAGCACTCTCTAGTTACGCAATGGAAATGATTTGTGATACCAGAGTACCAGACGTGATTT
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TCTTTTCTTTTTTCCTCACAAAATATCCACAATCCAAGTATTAGCTGTTTTGACCTTGGTTACA
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TTCCAAATGGTGGATGTTCAGACAAGTCCAGTTTCTTGAACAGTGATATTTTGTTTCCACCTGG
AGGCTACCCGTCATTACGTTTGCCTGTGGTAGTTGTACTTAACCTCTATATATCTTAATCAACA
GAAGATGACTTGATGTCTTGATCAGCTCTAGCACATCTAGCTGGCATATGATAACTTGCACGGC
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AACCAATAGGTAAGTATGATCATTGCATTGAATATTAATCTATTAAGCTGTATCCCTAATGCAT
TTTTTCTCCATGAGTTCATCTGTATCTATTTCTTTTCATGTTGAAATAAAATAATATCGAGCCG
AGCATCCAATTCTCATGGATTGCTCTTATTGTAAAACCAATAGTCAGTGCAATAGTCATGACAC
ATTGAATCAGCTTTAAAATCAGTGCAAACCATTGTTGTAGAGGCATACACTTTTTTATATTACA
ACAGTAACGCAATAGAGTTATCTGCAGTTTTTCTACCTGTATATTCCATATACTTTTTCAATGA
TCTAATTTGTGAACATTGTGCTGATTTGCTTCTCTTTTTCATTTAATTGTCAGTGATGGCGAGA
CATACATATCAGCAGATGATCTGCGTATAAATCTATGGAATTTGGAGATAAATAACCAGAGCTT
CAATATTGTTGACGTGAAGCCTCCAAACATGGAAGACCTAACGGGTAACTCCATTTAGTACCTT
ATTTCTTACATGATTTGTGCTCAACTTTGAATTAATGTACTGCAGCATGGATAAAATTGATTGA
TGGAAGCTTTCTTAATTTCTATTCCTTTTACCGCAAAACATTATCATTTTTCTTGTGTTACATG
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TCTCTGTTCATTTATATTTAGCTTCAAATTGGCATGGACACATCACACATGGCACTAACCAGAT
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TAAGGAGCAGATGTCTATGGGGGATTTATGTTGTGAGAGAATTGATAGTTATTTAGGGAATAAC
CAAATGAATGAGACCAACATTATCCATGTCGTTGCATGACTTTTTATTAAGAAGTTGATCTGCT
ATTTTATCGTACTATTTTTCTAATGATGATATAGAAGTCAAGAGTAGCAGTGCATCTTTATTAT
TGATGTTTAAGATGACCTGGAATCTGATCTTTACACTTACTGTAATTCATGTCCTGGTAATATG
TTGTGCATGATGTAATTTGTTGATATTTCAGAGGTCATTACATGTGCGGAGTTCCACCCAACTC
ATTGTAATACACTGGCCTATAGCAGTTCAAAGGGTTCTATCCGACTCATTGATCTGCGACAATC
AGCTTTGTGTGACAACCATTCCAAGATGTTAGTAATTCATCTTATGCCTTTTACCTGCAACATT
TTATCCGTGTGTACTGGAGGTAGTCGTGGACTTCTTTTGACGGTTGGGACTTGGGGCTGCATAA
GATTCTCTATTCTATACTAGTAATAGAATGTCACAATATCAGCATGAGATAACAAGAACCTTTA
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TATCGGATATAAAATTTTCAAGGGATGGAAGATACATCCTTAGTCGCGATTATATGACTCTCAA
GGTAATACCTTCCCTTCGTATAGTTACCCACAAATAAAAAACTACTTATTTAGTTTTGACACAT
CAGATATCATTCTGTAACTTCTTACCGCGTAACATTTGAATGTTTTGTACATAGAGATCTAATT
TCTGGGTGAATTATAATCTAGATCTGTTAATTGTTAGGTAAAAATAAAGAGCACACTTTCATAT
GCTGCACTCCTAGCATTTATTCACTAGCATATTTTAGTGTTTGAATTGTTTCTTCGAGGTTGAA
CTTGCATTTGAAATAAAATAAGTCAGGTGTTAATGATGTTTATATATATAAAAATGGTATTGTG
GCCTATTTGTCTAGTAACACATGCTTGGTTAGGAATTCTTCGATGCTTTTCATTGTCCTTATTA
ATTAGCAGGAAATAGATTGTCGGGCTAGTATGTTTCTCCTTAACGCCAGGCCTCTTGCAGTCTG
TTCTGCCTTTAATGGTTGATTGACTGCTGATAGTTGGTTTATAGAAATAAATGTTGCCTAACTA
GTAACCTCCGTCCCAAAATATAGCAATCTAGTACTGGATGGGACATATCCTAGAGGCTGGTAGT
ACTGGGATTTGTCCAATCTGGTACTAGGTTGCTATATTTTGGGACGGAGAGAGTAGTAAATATT
CAGTGACTAAGAAAATATGGTAACACCTTTTCTTTTGCTAAAATATTTATTTATATTAAATGTG
AAATTTGCTTGTCCTGTTTTGCCTTATGCATTGAAGTTTATGATACCATTTTATTTTTGCATGG
CTTATGATGAGCATATTTGACTTGTTAATAAGGTAAATTTTAGGTAAAGCGGAATAATTTGGTT
TGAGTTTAATATCTGTCTTTTCCTCAGCTATGGGATCTAAACATGGATTCAGGTCCTGTTTCAA
CCTTCCAGGTTCATGAACATTTAAGGCCCAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_031177*
PMCS
Functional Information
Coding potential Y
Potential coding position 22401736-22405991(-)
22401702-22405081(-)
22401887-22402232(+)
Potential amino acid sequence MITRFIKLNCRDDVNLGLKCS*(-)
MMSTWALNVHEPGRLKQDLNPCLDPIA*(-)
MERQDAPITRHPEFRYKSEFQSHEPEFDYLKSLEIEEKINKIRWCQTANNSLSLLSTNDKTIKY
WKVQEKKVKQVSVMNLDSRSVGTGTSSSASTSSSRGLLPNGGCSDKSSFLNSDILFPPGGYPSL
RLPVVASQDVNLVARCRRVYAHAHDYHINSISTNSDGETYISADDLRINLWNLEINNQSFNIVD
VKPPNMEDLTEVITCAEFHPTHCNTLAYSSSKGSIRLIDLRQSALCDNHSKIFEEHEAPGSRSF
FTEIIASISDIKFSRDGRYILSRDYMTLKLWDLNMDSGPVSTFQVHEHLRPKLTSSLQLSLINL
VIILPPETEEDVLFYLKGQMLGIMPVGEKWRDKMLRLLDTQSFATKVNFRVMNLSLITSKVWK*
(+)
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Huang et al., 2021