Detail information of BGIOSGA023097_circ_g.3


General Information
CircRNA Name BGIOSGA023097_circ_g.3
ID in PlantcircBase osi_circ_016332
Alias Chr06:22068388_22073051(MH63RS2), Chr06:22068388_22073051(MH63RS2)
Organism Oryza sativa ssp. indica
Position chr6: 22401690-22406351  JBrowse»
Reference genome Oryza_indica.ASM465v1.42
Type   ei-circRNA
Identification method CIRI2, CIRI2, CIRCexplorer2
Parent gene BGIOSGA023097
Parent gene annotation NA
Parent gene strand +
Alternative splicing BGIOSGA023097_circ_g.1 BGIOSGA023097_circ_g.2 BGIOSGA023097_circ_g.4 BGIOSGA023097_circ_g.5 BGIOSGA023097_circ_g.6 BGIOSGA023097_circ_g.7 BGIOSGA023097_circ_g.8
Support reads NA
Tissues root, leaf, panicle
Exon boundary   No-Yes
Splicing signals   GT-CA
Number of exons covered BGIOSGA023097-TA:11
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TATTTTTGCATCTGTATTGCAGTAATTTATTTCGGGTTTTTGGCTGTACTCCTGGGAGCACAGA
AGCGACCACTTTGGAGGCAAGCAGAAACCCCATGAGgttgacatcatctctgcaattgagtttg
ataaatctggtgatcatcttgccaccggagacagaggaggacgtgttgttttatttgaaaggac
agatgctc
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTGACATCATCTCTGCAATTGAGTTTGATAAATCTGGTGATCATCTTGCCACCGGAGACAGAG
GAGGACGTGTTGTTTTATTTGAAAGGACAGATGCTCGGGATGTAAGCACCATTAGTTGAACTTC
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TACTGGGATTTGTCCAATCTGGTACTAGGTTGCTATATTTTGGGACGGAGAGAGTAGTAAATAT
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GCTTATGATGAGCATATTTGACTTGTTAATAAGGTAAATTTTAGGTAAAGCGGAATAATTTGGT
TTGAGTTTAATATCTGTCTTTTCCTCAGCTATGGGATCTAAACATGGATTCAGGTCCTGTTTCA
ACCTTCCAGGTTCATGAACATTTAAGGCCCAAGGTGAGACTTTGTCAACCGAATGACTAAAAAG
AAGCCATATGATGACTGATACATAATCTAGCTGTACTCTAATTTTCAGTTATGTGATCTGTATG
AGAACGACTCAATATTTGACAAATTTGAGTGTTGTCTTAGTGGGGATGGACTCCATGTTGCAAC
TGGTTCATATGGGTATTACCTTGCTCTTGTTCTTAGCTACATATGAAAATGTTATACTTAGAAA
TCATGTCTGCTGACACCTTATTTTTGCATCTGTATTGCAGTAATTTATTTCGGGTTTTTGGCTG
TACTCCTGGGAGCACAGAAGCGACCACTTTGGAGGCAAGCAGAAACCCCATGAG
Conservation Information
Conserved circRNAs osa_circ_031178
PMCS
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zhou et al., 2021