Detail information of POPTR_0004s09520_circ_ag.3


General Information
CircRNA Name POPTR_0004s09520_circ_ag.3
ID in PlantcircBase pop_circ_001269
Alias Chr04:8262983|8267962
Organism Populus trichocarpa
Position chr4: 8057702-8062681  JBrowse»
Reference genome Populus trichocarpa genome v3.0
Type   ag-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene NA
Parent gene annotation NA
Parent gene strand NA
Alternative splicing POPTR_0004s09520_circ_ag.1 POPTR_0004s09520_circ_ag.2 POPTR_0004s09520_circ_ag.4 POPTR_0004s09520_circ_ag.5 POPTR_0004s09520_circ_ag.6 POPTR_0004s09520_circ_ag.7 POPTR_0004s09520_circ_ag.8 POPTR_0004s09520_circ_ag.9
Support reads NA
Tissues stem cambium
Exon boundary   NA-NA
Splicing signals   TG-TC
Number of exons covered NA
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   GGGTATTCGATTTCCAAACTTGTTCTGTTCTCTCTCTACATCCATCTCTCCTTTGTTAAGTGTC
ATGGCATCAACCAAGCCAGTAAATGTACTCGAGATCtgccatgttagtccttcctctacctcac
ccgagtcaagcaccgaactatctctgcctctcatcttctctgatatcttcaacctcaaattccc
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Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence TGCCATGTTAGTCCTTCCTCTACCTCACCCGAGTCAAGCACCGAACTATCTCTGCCTCTCATCT
TCTCTGATATCTTCAACCTCAAATTCCCTCCAGTTCAAGGCATCTTTTTCTATAAACTCGCCGA
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GCAGTGCAACTAGTTTTATGAGATTTTAATTTTTTTTTATTTTAAATTAATATTTTTTTATAAT
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AATATATTTCCATACAAAATATAATTTTAAAAACATATATACTTTACCACTATGTAAAGGAAGG
AAAGCAACCTCCACCATCATGCCAACCTTTTAGGGTTATATCTTCTTCTTCTTCTACTACTAGT
GCTTCTTTCTTGTGTATAAAATGCTTTACAAAATCGTAAACACATAACTTCAACTTTATGTATT
GATTTTCCTCTTTAAAAAATTAAAGGTACTTTATTTCATAAGGTTTCTTTATGTTATAAATTAA
TCGTTCTCTTCAGAGAGGGTATTCGATTTCCAAACTTGTTCTGTTCTCTCTCTACATCCATCTC
TCCTTTGTTAAGTGTCATGGCATCAACCAAGCCAGTAAATGTACTCGAGATC
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.591250991
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References Zheng et al., 2020