Detail information of GLYMA_18G226500_circ_g.3


General Information
CircRNA Name GLYMA_18G226500_circ_g.3
ID in PlantcircBase gma_circ_009583
Alias novel_circ_000339
Organism Glycine max
Position chr18: 51539430-51544309  JBrowse»
Reference genome v2.0.38
Type   e-circRNA
Identification method find_circ
Parent gene GLYMA_18G226500
Parent gene annotation hypothetical protein
Parent gene strand +
Alternative splicing GLYMA_18G226300_circ_ag.1 GLYMA_18G226300_circ_ag.2 GLYMA_18G226300_circ_ag.3 GLYMA_18G226300_circ_ag.4 GLYMA_18G226300_circ_ag.5 GLYMA_18G226300_circ_ag.6 GLYMA_18G226500_circ_g.1 GLYMA_18G226500_circ_ag.1 GLYMA_18G226500_circ_ag.2 GLYMA_18G226500_circ_ag.4 GLYMA_18G226500_circ_ag.5 GLYMA_18G226500_circ_ag.6 GLYMA_18G226800_circ_ag.1 GLYMA_18G226800_circ_igg.1 GLYMA_18G226900_circ_igg.1 GLYMA_18G226900_circ_g.1
Support reads NA
Tissues root
Exon boundary   No-No
Splicing signals   GT-AG
Number of exons covered KRH00650:3
Experimental Information
Sanger sequencing for BSS   NA
PCR primers for BSS    NA
Sanger sequencing for FL    NA
PCR primers for FL    NA
Sequences
Splice junction sequence   TGAAGGAAATAGTAAAAAAAGAAGAAGAAGATGCTTCTGATGAGATCACATTTGGAAGCCTCAG
AAGAATAATGTTGGATTCATTACCAAGGCTAGTAAGgttttattcagggaatgccactttgcat
ttcaagtgtttggaagaagccacgattgcagaatgccagaatatgaaaacattctcagaaggaa
taatagat
Assembled circRNA sequence   NA
Full-length trsnacripts NA
Genomic sequence GTTTTATTCAGGGAATGCCACTTTGCATTTCAAGTGTTTGGAAGAAGCCACGATTGCAGAATGC
CAGAATATGAAAACATTCTCAGAAGGAATAATAGATGCGCCATTATTAGAGGGGATTAAAACTT
CAACAGAGGATACTGATCACTTAACCTCCCACCATGATCTCAACACCACAATCGAGACCTTGTT
TCACCAACAGGTAAGGAATTCATTATCCAAACTCAATTCTTATTTATTTATAACCAAGTACTGG
ATCATGATAATTAATCAATGTCTCAACAACATTGATTAAAAAAATTGAAGTTAAAATATATTTG
TCATTTTTAATAAATATTTGAATTTTATATTTATTTTCTAATCATTTTTTTTTATTTTTTTCTC
TTACAAAACAAAAATTTGTTCTCTTATAAAAAAAATTGAATCGTTATTTTTACCTTTGAAAAAA
CAGTAATAACAAATACAAATAATTTTTTGGGAGCAAACAATTTTTTTAAATTTATAAGAGATTA
AAAAAGTGTCAATATGACAAAAATAAAAAAAAATTCTATTAGAGACTAATTTAAAAAAAAATTA
TGAAAGAACAAAAAAAATCATATATTTATTAGAGATTAAAAATATATTTTATCCAAAATTTTAA
AATAATTTTTTTAAAAAAATTACTTTGAAAATGATTTGGAAATTAGAATAGGGATGTACCCACT
CTGTTATATAAAATAATAGTATTTTAAGAAACATTTAATTAATATAAATTTAGACAAAATACCC
TTAGTCTTCCAACCACTTTTGCCATAAGTTATCCTACTAGCAATCCAATTTATTTTTATGGTTG
ATATCTTCTTTTAATGCAACTGAACTTATTGTTGTGGTTGACGTCTCTTTTTAAGGCAAGTATA
AATTTAACCTCCTAATTATATATAAGAGTCTTGTTGAAAAACAATTTAAAAAGCTAAAGGACTA
TTATTTTGAAGAAGAAAAAAGCTAACAAGATCTTTTATTGTAACAAATGGAATATTAATAATAC
TTATTAATTAATTAAAAAAAATTCTATTTTAAATTCTTTAACGGGTGTCCTTAGGACATTTATT
AACATTCGCCATAAATTTAATTTTCAAGACACAAATTGATTCTAGAGTAGTAGTTCTCTTTCCT
TATATTTTAAGACAATGTTAAATAATATTCTTAGGGTAGTGATTAAAAAAGTAAAAGATAAAAA
TTTATTGGAATGCTTTAAAATGCTCTCACCTATGATTTTAAAATGTGTTTTCATATGATTTTTA
ACAAAATATTTTTCCTTTTGGTTCTTTAAATAATGTCTTAAAGACACTAGTTAATTAGACCTTT
ATTTTGGAATATGTACTTCCCCCTCTGTTGAGTTTCACTTTAAGTAATTTTCAATGTAGACAAT
ATCTTAATAGTTGTGAATAAATATAAATTAATGTGTCCCTGAGTGTTATATTATCTTTTGCTAT
AACTCTTCATGTCACCACCAACTTATTTTGATAATCTTATAAATTGTTTATCATAGATTTTTAT
ATCCACTTAGTTATTATAAAGACTCCACTTAGTTTATATCCATTCATTCACCAACAAAGTTATC
ATCACCTCTTTGTACTCTCCAACACTTCATTTTGTAGTAATTTATAGGATTAATCCAGTAAAAA
ATTAGTCTTCAAGTATATAAAGCACCGATATCATAAGTGAATAAATATAACATAAATGAAAGAT
TTATAATAAAATGAAGTATAAAATATGTTTTAGATTTGCTGATAAATTAACAAATTTTGTATTT
GTTTCCTAATAAATTTTTTCTTTGTATTGAATCACCTATAAAATAATAATTTTATTTTTTATTC
TTGACATCATTTTTTATTCACTAATAAATTAGCGATTTTTTTTGTACCCTAGTCATTTTTTTTC
AAGTGTTATTAGTCTTTTTAAGGAACTTATAACAAATGAAAAAAAAAAATTATTACAAAGAAAA
CACAAAATTCACAATTTATGAGGGACTGAAAAAGGAATCATGGATAAAAAAAATATTTTATTAG
GGACTCAATACAAAAAAAAAAGTTTGTTAGAGAACAAATATAAAATTTAAGTATTTATTAGAAA
TCGAAAACATATTTTAACCTAAAATAAATATAAAAAAAAGAGCTACTTATAAAAAGAAATGGCA
AAATTGGTTCCCCACTTTATCTCCAATTTTAAATTTGGTCCCCCTATAATTTAATTCACAAATT
TGGTCTCTCAGTTTTCTAAATCCTTGCAAAATTTGTCCTAGAAGCCCAATTTGGACGTTGACCA
TTAACCTCAGACGTTCACAATCACGTGTCAATGCCACGTGTCAACGTCTGAGTGGTTCCCTGTA
AAAGCTTCATTTTTTGGAGGTAAAATTGCACTTTTGGTCCCAAAATTTTACTCCAATTTCGATT
TTGGTCCCCTATAATTTAATTTATACATTGGGTCCCCCAGTTTTATAAATCCATTTATAAATTG
TTCCTGCGAAATTAGTCTTTTGAATGGTTTAGCCATTGGTGTTAGAGACATGGTAGGTCTTGAT
AAATCTCGCACTTCTTTTTCATTGCAAGTTTTTCACTCACTTGGAACCCAAAGAAAAATCACTA
TTTGTCTCTCTCCCACTTCTGGGGTTGTTCAACTTGAAAAAAAAGGGAAGTGTGTGTTTGGGAG
GGTAGTTTAGAGAAAAAAAAATAGAGGAAAACCAAGAAAATATTGTACTAGTAATAAAGGCGAG
TAGAAATAACAGTTTTCTTATTTTTTTTATAAGAAGACTAATGTGAGTCCAAAACATTCTATCA
GACTTCTTTTCTCTTCTCTTCTGTCTACTTTTAGTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCATGCATGGG
CCGAAAAGGTCTTTCATCTTTTTCTCCTTATATTTTTATTTCATTATCATTTTTTTATTTATAT
TTTTTGCATTCTTTAGACACCTGGATCAAAGACCTTAGCCACTATTTTATTCCTATTTTGCTCT
TACTACAATTTAGACCATTGGAATCCACTCTAAAAAATAATAAATAAAATTGTGAATAAAATAA
TATTTAAATTGTGGGCTTCTGACCGAATAACTCTTCTATATTTGCACCGTTATTGGATATGCTC
TTATTTTACCTGACTTGAATAACTGATTTCTACTTGACAATGTAAAAATGATACAAAAATAATA
TATATCAAAATAAAGCTCTTGATTTAATTAGAAAAGCAAGAATGAGAATCGAAATTTAACACGA
GTTAATCGCAGATTTCAATTAATGAGGCACATGTATATATAGTTTTCTACAATCAAATGTAAAT
CCAAGAGGTACACATGAGACTTGTCAAGTATCTGATGTTTAGTTTCTCTCGCTTTTAAGGTTTT
CTTCGAATACTCAAAGCATATGATCCTTGTCGATTACCTTGAGACAGCGGGTGTTACGCACGGC
AAACCTGCTTTTCTGAAGAATTTCTTTGGCAGTTTAAAGAAATTAGAATTTGATGGAGCCATTA
AAAGAGAGATTGTAATTCCATCTGATGTACTTCCTTACTTGAATACCTTAGAAGAATTGAATGT
ACATAGCTCCGATGCAGTGCAGATAATATTTGACATGGATGACACTGATGCCAACACCAAGGGA
ATAGTCCTTCCATTGAAAAAGCTTACTCTAGAGGACTTGTCAAATTTGAAATGTTTATGGAACA
AAAACCCACCAGGAACTCTCAGCTTTCCCAATCTGCAACAAGTGTCCGTTTTTAGTTGTAGAAG
CTTGGCAACACTGTTCCCTTTGTCCCTTGCCCGAAATCTTGGGAAGCTTCAGACCCTTAAAATA
CAGATCTGTCACAAGTTGGTAGAAATTGTTGGAAAGGAAGATGAAATGGAACATGGAACAACTG
AAATGTTTGAATTCCCTTATTTGAGGAATTTGCTTCTTTATGAGCTGTCACTGCTTAGTTGCTT
TTATCCTGGGAAACACCATCTGGAATGCCCCTTATTAGAAAGGTTGGATGTGTCCTATTGTCCT
AAGTTGAAGCTATTCACATCAGAATTTGGAGATAGTCCCAAACAAGCAGTTATAGAGGCTCCAA
TTAGCCAACTACAACAACAACCTCTGTTCTCGATTGAAAAGGTGACAAAACATTATCAGTTAAG
CTTCTTTTTTTTTTTTAATTTCATATTATATTTTCCTCCTTCTAACTACCACCGTGCATTTTCT
TTTGAATTTGTTTGGCCTTGCTAGATTGTTCCCAATCTGAAGGGATTAACACTCAATGAGGAAG
ACATTATGCTGTTGAGCGATGCACATTTGCCACAAGACTTCCTTTTCAAATTAACTGATCTTGA
TCTATCCTTTGAGAATGATGACAATAAGAAAGAGACTTTGCCTTTTGATTTCCTTCAGAAGGTA
CCCAGCTTAGATTATCTTCGAGTGGAAAGGTGCTATGGTCTGAAGGAGATATTTCCCTCTCAGA
AATTCCAAGTTCATGACCGTTCACTTCCCGGATTGAAACAATTAAGACTGTATGATCTTGGAGA
GCTGGAGTCGATAGGGTTAGAGCACCCATGGGTTAAGCCATACTCTCAAAAGCTTCAATTATTA
AAGCTTTGGGGGTGCCCTCAGTTAGAAGAATTAGTGAGCTGTGCAGTGTCTTTCATCAATCTAA
AAGAGTTGGAAGTGACGAACTGTAATAGGATGGAGTATTTATTGAAATGCTCAACTGCCAAAAG
TTTGTTGCAACTTGAGAGCCTATCTATAAGTGAATGTGAATCAATGAAGGAAATAGTAAAAAAA
GAAGAAGAAGATGCTTCTGATGAGATCACATTTGGAAGCCTCAGAAGAATAATGTTGGATTCAT
TACCAAGGCTAGTAAG
Conservation Information
Conserved circRNAs NA
PMCS 0.438225224
Functional Information
Coding potential N
Potential coding position NA
Potential amino acid sequence NA
Sponge-miRNAs NA
circRNA-miRNA-mRNA network  VISUALIZATION
Potential function description NA
Other Information
References lv et al., 2020